data_8S84 # _model_server_result.job_id dCYyZV2OPywW_bIzwJDwNg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 05:43:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8s84 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":101}' # _entry.id 8S84 # _exptl.entry_id 8S84 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8S84 _cell.length_a 110.97 _cell.length_b 152.462 _cell.length_c 70.125 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8S84 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 L N N ? 8 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 506 A CYS 506 1_555 A SG CYS 509 A CYS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 4 A ASP 4 1_555 H MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 343 A ASP 343 1_555 H MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 370 A ASN 370 1_555 I MG MG . A MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 404 A ASP 404 1_555 E MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 404 A ASP 404 1_555 F MG MG . A MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc6 A O PHE 405 A PHE 405 1_555 E MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 500 A GLU 500 1_555 J MN MN . A MN 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 542 A ASP 542 1_555 E MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.911 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 542 A ASP 542 1_555 F MG MG . A MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc10 D MG MG . A MG 801 1_555 G O1B XG4 . A XG4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc11 D MG MG . A MG 801 1_555 G O1G XG4 . A XG4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? metalc ? metalc12 E MG MG . A MG 802 1_555 G O3B XG4 . A XG4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc13 F MG MG . A MG 803 1_555 G O1A XG4 . A XG4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc14 F MG MG . A MG 803 1_555 G O3G XG4 . A XG4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc15 F MG MG . A MG 803 1_555 N O HOH . A HOH 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc16 F MG MG . A MG 803 1_555 B O3' DA 13 P DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? metalc ? metalc17 J MN MN . A MN 807 1_555 C OP1 DT 4 T DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 DG 1 P DG 1 1_555 C N3 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 DG 1 P DG 1 1_555 C O2 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 DG 1 P DG 1 1_555 C N4 DC 16 T DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DA 2 P DA 2 1_555 C N3 DT 15 T DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N6 DA 2 P DA 2 1_555 C O4 DT 15 T DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N3 DC 3 P DC 3 1_555 C N1 DG 14 T DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N4 DC 3 P DC 3 1_555 C O6 DG 14 T DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O2 DC 3 P DC 3 1_555 C N2 DG 14 T DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N3 DC 4 P DC 4 1_555 C N1 DG 13 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N4 DC 4 P DC 4 1_555 C O6 DG 13 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O2 DC 4 P DC 4 1_555 C N2 DG 13 T DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N1 DA 5 P DA 5 1_555 C N3 DT 12 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N6 DA 5 P DA 5 1_555 C O4 DT 12 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N3 DC 6 P DC 6 1_555 C N1 DG 11 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N4 DC 6 P DC 6 1_555 C O6 DG 11 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O2 DC 6 P DC 6 1_555 C N2 DG 11 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N1 DG 7 P DG 7 1_555 C N3 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N2 DG 7 P DG 7 1_555 C O2 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O6 DG 7 P DG 7 1_555 C N4 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N1 DG 8 P DG 8 1_555 C N3 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N2 DG 8 P DG 8 1_555 C O2 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O6 DG 8 P DG 8 1_555 C N4 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 9 P DC 9 1_555 C N1 DG 8 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 9 P DC 9 1_555 C O6 DG 8 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 9 P DC 9 1_555 C N2 DG 8 T DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 DC 10 P DC 10 1_555 C N1 DG 7 T DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N4 DC 10 P DC 10 1_555 C O6 DG 7 T DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O2 DC 10 P DC 10 1_555 C N2 DG 7 T DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N1 DA 11 P DA 11 1_555 C N3 DT 6 T DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N6 DA 11 P DA 11 1_555 C O4 DT 6 T DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N3 DC 12 P DC 12 1_555 C N1 DG 5 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N4 DC 12 P DC 12 1_555 C O6 DG 5 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B O2 DC 12 P DC 12 1_555 C N2 DG 5 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N1 DA 13 P DA 13 1_555 C N3 DT 4 T DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N6 DA 13 P DA 13 1_555 C O4 DT 4 T DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 278 n n C1 C2 GOL sing 279 n n C1 H11 GOL sing 280 n n C1 H12 GOL sing 281 n n O1 HO1 GOL sing 282 n n C2 O2 GOL sing 283 n n C2 C3 GOL sing 284 n n C2 H2 GOL sing 285 n n O2 HO2 GOL sing 286 n n C3 O3 GOL sing 287 n n C3 H31 GOL sing 288 n n C3 H32 GOL sing 289 n n O3 HO3 GOL sing 290 n n # _atom_sites.entry_id 8S84 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009011 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006559 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01426 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 MG A 1 801 15 MG MG . E 4 MG A 1 802 16 MG MG . F 4 MG A 1 803 17 MG MG . G 5 XG4 A 1 804 14 XG4 XG4 . H 4 MG A 1 805 1 MG MG . I 4 MG A 1 806 2 MG MG . J 6 MN A 1 807 3 MN MN . K 7 IMD A 1 808 6 IMD IMD . L 8 GOL P 1 101 4 GOL GOL . M 8 GOL T 1 101 5 GOL GOL . N 9 HOH A 1 901 1 HOH HOH . N 9 HOH A 2 902 14 HOH HOH . N 9 HOH A 3 903 2 HOH HOH . N 9 HOH A 4 904 10 HOH HOH . N 9 HOH A 5 905 11 HOH HOH . N 9 HOH A 6 906 15 HOH HOH . N 9 HOH A 7 907 4 HOH HOH . N 9 HOH A 8 908 3 HOH HOH . O 9 HOH T 1 201 7 HOH HOH . O 9 HOH T 2 202 6 HOH HOH . O 9 HOH T 3 203 9 HOH HOH . O 9 HOH T 4 204 12 HOH HOH . O 9 HOH T 5 205 8 HOH HOH . O 9 HOH T 6 206 13 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . M 8 25.402 -13.959 18.014 1 92.52 ? C1 GOL 101 T 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . M 8 25.853 -12.783 17.384 1 94.25 ? O1 GOL 101 T 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . M 8 24.939 -14.948 16.964 1 92.26 ? C2 GOL 101 T 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . M 8 25.872 -14.955 15.907 1 102.56 ? O2 GOL 101 T 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . M 8 23.547 -14.587 16.471 1 98.4 ? C3 GOL 101 T 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . M 8 23.567 -13.23 16.086 1 104.56 ? O3 GOL 101 T 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 309 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 6 #