data_8SGJ # _model_server_result.job_id k5PVPUofhAnT9AfZY6j06w _model_server_result.datetime_utc '2024-10-25 20:28:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8sgj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1008}' # _entry.id 8SGJ # _exptl.entry_id 8SGJ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8SGJ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8SGJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 J N N ? 5 K N N ? 5 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 55 A CYS 20 1_555 A SG CYS 802 A CYS 792 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 22 L CYS 21 1_555 B SG CYS 90 L CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 22 H CYS 22 1_555 C SG CYS 96 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc1 A O ALA 141 A ALA 106 1_555 L NA NA . A NA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc2 A O SER 144 A SER 109 1_555 J NA NA . A NA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc3 A OG SER 144 A SER 109 1_555 L NA NA . A NA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc4 A OG SER 145 A SER 110 1_555 L NA NA . A NA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 148 A GLU 113 1_555 J NA NA . A NA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 148 A GLU 113 1_555 J NA NA . A NA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 148 A GLU 113 1_555 K NA NA . A NA 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc8 A OG SER 174 A SER 139 1_555 K NA NA . A NA 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc9 A O ILE 221 A ILE 186 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc10 A O ILE 225 A ILE 190 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc11 A O SER 226 A SER 191 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? metalc ? metalc12 A OG SER 226 A SER 191 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc13 A O VAL 229 A VAL 194 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 234 A GLU 199 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 234 A GLU 199 1_555 D CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 277 A GLU 242 1_555 E CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc17 A OE2 GLU 277 A GLU 242 1_555 E CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc18 A OE2 GLU 395 A GLU 385 1_555 G CA CA . A CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc19 A OE1 GLU 395 A GLU 385 1_555 H CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc20 A OE1 GLU 395 A GLU 385 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? metalc ? metalc21 A OE2 GLU 395 A GLU 385 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 431 A ASP 421 1_555 F CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc23 A OD2 ASP 431 A ASP 421 1_555 F CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 431 A ASP 421 1_555 G CA CA . A CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc25 A OD1 ASP 456 A ASP 446 1_555 H CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc26 A OD1 ASP 457 A ASP 447 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc27 A O ILE 459 A ILE 449 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc28 A OE2 GLU 461 A GLU 451 1_555 F CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc29 A OE1 GLU 461 A GLU 451 1_555 G CA CA . A CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc30 A OE1 GLU 461 A GLU 451 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? metalc ? metalc31 A OE1 GLU 464 A GLU 454 1_555 F CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc32 A OE2 GLU 464 A GLU 454 1_555 F CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? metalc ? metalc33 A OD1 ASP 508 A ASP 498 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.16 ? metalc ? metalc34 A OD2 ASP 508 A ASP 498 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc35 A OD1 ASP 509 A ASP 499 1_555 H CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc36 A OD1 ASP 510 A ASP 500 1_555 H CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc37 A OD2 ASP 510 A ASP 500 1_555 H CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.092 ? metalc ? metalc38 A OD2 ASP 510 A ASP 500 1_555 I CA CA . A CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc39 A OD2 ASP 587 A ASP 577 1_555 E CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.096 ? metalc ? metalc40 A OE2 GLU 589 A GLU 579 1_555 E CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc41 A O ALA 817 A ALA 807 1_555 K NA NA . A NA 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc42 A O THR 820 A THR 810 1_555 J NA NA . A NA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc43 A OG1 THR 820 A THR 810 1_555 K NA NA . A NA 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc44 A OG SER 821 A SER 811 1_555 K NA NA . A NA 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc45 A OD1 ASP 824 A ASP 814 1_555 J NA NA . A NA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc46 A OD2 ASP 824 A ASP 814 1_555 L NA NA . A NA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc47 A OG SER 848 A SER 838 1_555 L NA NA . A NA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8SGJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 CA A 1 1001 2 CA CA . E 4 CA A 1 1002 3 CA CA . F 4 CA A 1 1003 1001 CA CA . G 4 CA A 1 1004 1002 CA CA . H 4 CA A 1 1005 1003 CA CA . I 4 CA A 1 1006 1004 CA CA . J 5 NA A 1 1007 1101 NA NA . K 5 NA A 1 1008 1103 NA NA . L 5 NA A 1 1009 1104 NA NA . M 6 HOH A 1 1101 1102 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 137.944 _atom_site.Cartn_y 149.874 _atom_site.Cartn_z 170.272 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 49.46 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1008 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 70 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #