data_8SRD
#
_model_server_result.job_id            K1KSkr8WOLz4r0fJnahDOg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 04:13:06' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          8srd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":1706}' 
#
_entry.id    8SRD 
#
_exptl.entry_id    8SRD 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    21 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            8SRD 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8SRD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 AA N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 DA N N 
? 3 EA N N 
? 3 MA N N 
? 3 NA N N 
? 3 OA N N 
? 3 PA N N 
? 3 QA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 997 A CYS 997 1_555 A SG CYS 1006 A CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 997 B CYS 997 1_555 B SG CYS 1006 B CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 997 C CYS 997 1_555 C SG CYS 1006 C CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 997 D CYS 997 1_555 D SG CYS 1006 D CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc1 A O GLY 623 A GLY 623 1_555 G MG MG . A MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 853 A GLN 853 1_555 F MG MG . A MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASN 869 A ASN 869 1_555 F MG MG . A MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 872 A ASP 872 1_555 F MG MG . A MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 1114 A GLU 1114 1_555 G MG MG . A MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 1114 A GLU 1114 1_555 G MG MG . A MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 1370 A GLY 1370 1_555 H MG MG . A MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 1386 A GLU 1386 1_555 I MG MG . A MG 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 1386 A GLU 1386 1_555 I MG MG . A MG 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.978 ? 
metalc ? metalc10 A OE2 GLU 1386 A GLU 1386 1_555 J MG MG . A MG 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc11 A OE1 GLU 1390 A GLU 1390 1_555 H MG MG . A MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc12 A OE2 GLU 1390 A GLU 1390 1_555 H MG MG . A MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 1704 1_555 L O2B APR . A APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 1705 1_555 L O1A APR . A APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc15 J MG MG . A MG 1706 1_555 L O2A APR . A APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
metalc ? metalc16 O MG MG . A MG 1711 1_555 TA O HOH . A HOH 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.896 ? 
metalc ? metalc17 O MG MG . A MG 1711 1_555 UA O HOH . B HOH 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.896 ? 
metalc ? metalc18 O MG MG . A MG 1711 1_555 VA O HOH . C HOH 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? 
metalc ? metalc19 O MG MG . A MG 1711 1_555 VA O HOH . C HOH 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc20 O MG MG . A MG 1711 1_555 WA O HOH . D HOH 6102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? 
metalc ? metalc21 B O GLY 623 B GLY 623 1_555 R MG MG . B MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc22 B OE1 GLN 853 B GLN 853 1_555 Q MG MG . B MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASN 869 B ASN 869 1_555 Q MG MG . B MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 872 B ASP 872 1_555 Q MG MG . B MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc25 B OE1 GLU 1114 B GLU 1114 1_555 R MG MG . B MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc26 B OE2 GLU 1114 B GLU 1114 1_555 R MG MG . B MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc27 B O GLY 1370 B GLY 1370 1_555 S MG MG . B MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc28 B OE1 GLU 1386 B GLU 1386 1_555 T MG MG . B MG 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc29 B OE2 GLU 1386 B GLU 1386 1_555 T MG MG . B MG 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.978 ? 
metalc ? metalc30 B OE2 GLU 1386 B GLU 1386 1_555 U MG MG . B MG 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc31 B OE1 GLU 1390 B GLU 1390 1_555 S MG MG . B MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc32 B OE2 GLU 1390 B GLU 1390 1_555 S MG MG . B MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? 
metalc ? metalc33 S MG MG . B MG 1704 1_555 W O2B APR . B APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc34 T MG MG . B MG 1705 1_555 W O1A APR . B APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc35 U MG MG . B MG 1706 1_555 W O2A APR . B APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
metalc ? metalc36 C O GLY 623 C GLY 623 1_555 BA MG MG . C MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc37 C OE1 GLN 853 C GLN 853 1_555 AA MG MG . C MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc38 C OD1 ASN 869 C ASN 869 1_555 AA MG MG . C MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc39 C OD2 ASP 872 C ASP 872 1_555 AA MG MG . C MG 1702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc40 C OE1 GLU 1114 C GLU 1114 1_555 BA MG MG . C MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc41 C OE2 GLU 1114 C GLU 1114 1_555 BA MG MG . C MG 1703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc42 C O GLY 1370 C GLY 1370 1_555 CA MG MG . C MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc43 C OE1 GLU 1386 C GLU 1386 1_555 DA MG MG . C MG 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc44 C OE2 GLU 1386 C GLU 1386 1_555 DA MG MG . C MG 1705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.978 ? 
metalc ? metalc45 C OE2 GLU 1386 C GLU 1386 1_555 EA MG MG . C MG 1706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc46 C OE1 GLU 1390 C GLU 1390 1_555 CA MG MG . C MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc47 C OE2 GLU 1390 C GLU 1390 1_555 CA MG MG . C MG 1704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? 
metalc ? metalc48 CA MG MG . C MG 1704 1_555 GA O2B APR . C APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc49 DA MG MG . C MG 1705 1_555 GA O1A APR . C APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
metalc ? metalc50 EA MG MG . C MG 1706 1_555 GA O2A APR . C APR 1708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
metalc ? metalc51 D O GLY 623 D GLY 623 1_555 NA MG MG . D MG 6005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? 
metalc ? metalc52 D OE1 GLN 853 D GLN 853 1_555 MA MG MG . D MG 6004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc53 D OD1 ASN 869 D ASN 869 1_555 MA MG MG . D MG 6004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc54 D OD2 ASP 872 D ASP 872 1_555 MA MG MG . D MG 6004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc55 D OE1 GLU 1114 D GLU 1114 1_555 NA MG MG . D MG 6005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc56 D OE2 GLU 1114 D GLU 1114 1_555 NA MG MG . D MG 6005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc57 D O GLY 1370 D GLY 1370 1_555 OA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc58 D OE1 GLU 1386 D GLU 1386 1_555 PA MG MG . D MG 6007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc59 D OE2 GLU 1386 D GLU 1386 1_555 PA MG MG . D MG 6007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.978 ? 
metalc ? metalc60 D OE2 GLU 1386 D GLU 1386 1_555 QA MG MG . D MG 6008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc61 D OE1 GLU 1390 D GLU 1390 1_555 OA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc62 D OE2 GLU 1390 D GLU 1390 1_555 OA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc63 OA MG MG . D MG 6006 1_555 SA O2B APR . D APR 6010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc64 PA MG MG . D MG 6007 1_555 SA O1A APR . D APR 6010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
metalc ? metalc65 QA MG MG . D MG 6008 1_555 SA O2A APR . D APR 6010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8SRD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 APR A 1 1701 1701 APR APR . 
F 3 MG A 1 1702 3001 MG MG . 
G 3 MG A 1 1703 3002 MG MG . 
H 3 MG A 1 1704 3101 MG MG . 
I 3 MG A 1 1705 3102 MG MG . 
J 3 MG A 1 1706 3103 MG MG . 
K 4 CLR A 1 1707 6003 CLR CLR . 
L 2 APR A 1 1708 1702 APR APR . 
M 4 CLR A 1 1709 6001 CLR CLR . 
N 4 CLR A 1 1710 6002 CLR CLR . 
O 3 MG A 1 1711 1 MG MG . 
P 2 APR B 1 1701 1701 APR APR . 
Q 3 MG B 1 1702 3001 MG MG . 
R 3 MG B 1 1703 3002 MG MG . 
S 3 MG B 1 1704 3101 MG MG . 
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CA 3 MG C 1 1704 3101 MG MG . 
DA 3 MG C 1 1705 3102 MG MG . 
EA 3 MG C 1 1706 3103 MG MG . 
FA 4 CLR C 1 1707 6003 CLR CLR . 
GA 2 APR C 1 1708 1702 APR APR . 
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