data_8SRG
#
_model_server_result.job_id            p78WX8pfmMn4UtwMaEGVBg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-27 15:52:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8srg 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":1501}' 
#
_entry.id    8SRG 
#
_exptl.entry_id    8SRG 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              230.11 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8SRG 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8SRG 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 N N N 
? 2 W N N 
? 2 HA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 997 A CYS 997 1_555 A SG CYS 1006 A CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 997 B CYS 997 1_555 B SG CYS 1006 B CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 997 C CYS 997 1_555 C SG CYS 1006 C CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 997 D CYS 997 1_555 D SG CYS 1006 D CYS 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc1 A O LEU 621 A LEU 621 1_555 H MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc2 A O GLY 623 A GLY 623 1_555 H MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 850 A GLU 850 1_555 G MG MG . A MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLN 853 A GLN 853 1_555 G MG MG . A MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASN 869 A ASN 869 1_555 G MG MG . A MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 1114 A GLU 1114 1_555 H MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 1114 A GLU 1114 1_555 H MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
metalc ? metalc8 A O GLY 1370 A GLY 1370 1_555 I MG MG . A MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc9 A OE1 GLU 1390 A GLU 1390 1_555 I MG MG . A MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc10 A OE2 GLU 1390 A GLU 1390 1_555 I MG MG . A MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc11 A OE2 GLU 1390 A GLU 1390 1_555 J MG MG . A MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc12 A OD2 ASP 1460 A ASP 1460 1_555 J MG MG . A MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc13 E O1X RP5 . A RP5 1501 1_555 I MG MG . A MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc14 E O1X RP5 . A RP5 1501 1_555 J MG MG . A MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc15 B O LEU 621 B LEU 621 1_555 Q MG MG . B MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc16 B O GLY 623 B GLY 623 1_555 Q MG MG . B MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 850 B GLU 850 1_555 P MG MG . B MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc18 B OE1 GLN 853 B GLN 853 1_555 P MG MG . B MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASN 869 B ASN 869 1_555 P MG MG . B MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc20 B OE1 GLU 1114 B GLU 1114 1_555 Q MG MG . B MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc21 B OE2 GLU 1114 B GLU 1114 1_555 Q MG MG . B MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
metalc ? metalc22 B O GLY 1370 B GLY 1370 1_555 R MG MG . B MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc23 B OE1 GLU 1390 B GLU 1390 1_555 R MG MG . B MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc24 B OE2 GLU 1390 B GLU 1390 1_555 R MG MG . B MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc25 B OE2 GLU 1390 B GLU 1390 1_555 S MG MG . B MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc26 B OD2 ASP 1460 B ASP 1460 1_555 S MG MG . B MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc27 N O1X RP5 . B RP5 1501 1_555 R MG MG . B MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc28 N O1X RP5 . B RP5 1501 1_555 S MG MG . B MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc29 C O LEU 621 C LEU 621 1_555 Z MG MG . C MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc30 C O GLY 623 C GLY 623 1_555 Z MG MG . C MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc31 C OE1 GLU 850 C GLU 850 1_555 Y MG MG . C MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc32 C OE1 GLN 853 C GLN 853 1_555 Y MG MG . C MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASN 869 C ASN 869 1_555 Y MG MG . C MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc34 C OE1 GLU 1114 C GLU 1114 1_555 Z MG MG . C MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc35 C OE2 GLU 1114 C GLU 1114 1_555 Z MG MG . C MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
metalc ? metalc36 C O GLY 1370 C GLY 1370 1_555 AA MG MG . C MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc37 C OE1 GLU 1390 C GLU 1390 1_555 AA MG MG . C MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc38 C OE2 GLU 1390 C GLU 1390 1_555 AA MG MG . C MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc39 C OE2 GLU 1390 C GLU 1390 1_555 BA MG MG . C MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc40 C OD2 ASP 1460 C ASP 1460 1_555 BA MG MG . C MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc41 W O1X RP5 . C RP5 1501 1_555 AA MG MG . C MG 1505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc42 W O1X RP5 . C RP5 1501 1_555 BA MG MG . C MG 1506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc43 D O LEU 621 D LEU 621 1_555 KA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc44 D O GLY 623 D GLY 623 1_555 KA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc45 D OE1 GLU 850 D GLU 850 1_555 JA MG MG . D MG 6005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc46 D OE1 GLN 853 D GLN 853 1_555 JA MG MG . D MG 6005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc47 D OD1 ASN 869 D ASN 869 1_555 JA MG MG . D MG 6005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc48 D OE1 GLU 1114 D GLU 1114 1_555 KA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc49 D OE2 GLU 1114 D GLU 1114 1_555 KA MG MG . D MG 6006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
metalc ? metalc50 D O GLY 1370 D GLY 1370 1_555 LA MG MG . D MG 6007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc51 D OE1 GLU 1390 D GLU 1390 1_555 LA MG MG . D MG 6007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc52 D OE2 GLU 1390 D GLU 1390 1_555 LA MG MG . D MG 6007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc53 D OE2 GLU 1390 D GLU 1390 1_555 MA MG MG . D MG 6008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc54 D OD2 ASP 1460 D ASP 1460 1_555 MA MG MG . D MG 6008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc55 HA O1X RP5 . D RP5 6003 1_555 LA MG MG . D MG 6007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc56 HA O1X RP5 . D RP5 6003 1_555 MA MG MG . D MG 6008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H11 O8 P' 
_chem_comp.formula_weight    230.11 
_chem_comp.id                RP5 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     '[(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE;5-O-phosphono-beta-D-ribose;5-O-phosphono-D-ribose;5-O-phosphono-ribose' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O4 RP5 sing 391 n n 
C1 C2 RP5 sing 392 n n 
C1 O1 RP5 sing 393 n n 
C1 H1 RP5 sing 394 n n 
O4 C4 RP5 sing 395 n n 
C2 O2 RP5 sing 396 n n 
C2 C3 RP5 sing 397 n n 
C2 H2 RP5 sing 398 n n 
O2 HO2 RP5 sing 399 n n 
C3 O3 RP5 sing 400 n n 
C3 C4 RP5 sing 401 n n 
C3 H3 RP5 sing 402 n n 
O3 HO3 RP5 sing 403 n n 
C4 C5 RP5 sing 404 n n 
C4 H4 RP5 sing 405 n n 
C5 O5 RP5 sing 406 n n 
C5 H51 RP5 sing 407 n n 
C5 H52 RP5 sing 408 n n 
O5 P' RP5 sing 409 n n 
P' O1X RP5 doub 410 n n 
P' O2X RP5 sing 411 n n 
P' O3X RP5 sing 412 n n 
O2X HO' RP5 sing 413 n n 
O3X HOA RP5 sing 414 n n 
O1 HO1 RP5 sing 415 n n 
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id            RP5 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier         b-D-Ribf5PO3 
_pdbx_chem_comp_identifier.type               'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' 
_pdbx_chem_comp_identifier.program            PDB-CARE 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version    1 
#
_atom_sites.entry_id                     8SRG 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 RP5 A 1 1501 1501 RP5 RP5 . 
F 3 AMP A 1 1502 1601 AMP AMP . 
G 4 MG A 1 1503 3001 MG MG . 
H 4 MG A 1 1504 3002 MG MG . 
I 4 MG A 1 1505 3101 MG MG . 
J 4 MG A 1 1506 3102 MG MG . 
K 5 CLR A 1 1507 6003 CLR CLR . 
L 5 CLR A 1 1508 6001 CLR CLR . 
M 5 CLR A 1 1509 6002 CLR CLR . 
N 2 RP5 B 1 1501 1501 RP5 RP5 . 
O 3 AMP B 1 1502 1601 AMP AMP . 
P 4 MG B 1 1503 3001 MG MG . 
Q 4 MG B 1 1504 3002 MG MG . 
R 4 MG B 1 1505 3101 MG MG . 
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