data_8TCG # _model_server_result.job_id 1SgvkREQV2T4Etq0dSreAQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-30 05:32:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8tcg # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":2003}' # _entry.id 8TCG # _exptl.entry_id 8TCG _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 K N N ? 7 L N N ? 7 M N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 4 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 4 4 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n D NAG 1 D 1 NAG A 2006 NAG 4 n D NAG 2 D 2 NAG A 2007 NAG 4 n D BMA 3 D 3 BMA A 2008 BMA 4 n D MAN 4 D 4 MAN A 2009 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 59 A CYS 59 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 A SG CYS 155 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 401 A CYS 401 1_555 B SG CYS 158 B CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 68 B CYS 180 1_555 B SG CYS 75 B CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 123 B CYS 235 1_555 B SG CYS 164 B CYS 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 1 C CYS 3 1_555 C SG CYS 71 C CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 44 A ASN 44 1_555 I C1 NAG . A NAG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 260 A ASN 260 1_555 J C1 NAG . A NAG 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 266 A ASN 266 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? covale ? covale4 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.495 ? covale ? covale5 D O4 NAG . D NAG 2 1_555 D C1 BMA . D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.51 ? covale ? covale6 D O6 BMA . D BMA 3 1_555 D C1 MAN . D MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 232 A ASN 232 1_555 H CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 234 A ASP 234 1_555 H CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 234 A ASP 234 1_555 H CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc4 A O ILE 236 A ILE 236 1_555 H CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 H CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 238 A ASP 238 1_555 H CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 284 A ASP 284 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 286 A ASN 286 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 288 A ASP 288 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 288 A ASP 288 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc11 A O TYR 290 A TYR 290 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 292 A ASP 292 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 292 A ASP 292 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 349 A ASP 349 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 351 A ASP 351 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 353 A ASP 353 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc17 A O PHE 355 A PHE 355 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 357 A ASP 357 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 357 A ASP 357 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 414 A ASP 414 1_555 G CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 416 A ASP 416 1_555 G CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASN 418 A ASN 418 1_555 G CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc23 A O TYR 420 A TYR 420 1_555 G CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc24 A OD1 ASP 422 A ASP 422 1_555 G CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc25 A OD2 ASP 422 A ASP 422 1_555 G CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc26 B OG SER 13 B SER 125 1_555 L MN MN . B MN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc27 B O SER 15 B SER 127 1_555 K MN MN . B MN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc28 B OG SER 15 B SER 127 1_555 L MN MN . B MN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 18 B ASP 130 1_555 K MN MN . B MN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 18 B ASP 130 1_555 K MN MN . B MN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc31 B OD2 ASP 19 B ASP 131 1_555 K MN MN . B MN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.814 ? metalc ? metalc32 B OE2 GLU 50 B GLU 162 1_555 M MN MN . B MN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.852 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASN 106 B ASN 218 1_555 M MN MN . B MN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc34 B O ASP 108 B ASP 220 1_555 M MN MN . B MN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc35 B OD1 ASP 108 B ASP 220 1_555 M MN MN . B MN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.8 ? metalc ? metalc36 B O PRO 110 B PRO 222 1_555 M MN MN . B MN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.881 ? metalc ? metalc37 B OE2 GLU 111 B GLU 223 1_555 L MN MN . B MN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.79 ? metalc ? metalc38 B OD2 ASP 142 B ASP 254 1_555 K MN MN . B MN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.82 ? metalc ? metalc39 L MN MN . B MN 2002 1_555 C OD1 ASP 10 C ASP 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.815 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8TCG _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 CA A 1 2001 2001 CA CA . F 5 CA A 1 2002 2002 CA CA . G 5 CA A 1 2003 2003 CA CA . H 5 CA A 1 2004 2004 CA CA . I 6 NAG A 1 2005 2005 NAG NAG . J 6 NAG A 1 2006 2010 NAG NAG . K 7 MN B 1 2001 2001 MN MN . L 7 MN B 1 2002 2002 MN MN . M 7 MN B 1 2003 2003 MN MN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 196.45 _atom_site.Cartn_y 206.98 _atom_site.Cartn_z 225.161 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 79.11 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 2003 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 9 _model_server_stats.query_time_ms 350 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #