data_8UEU # _model_server_result.job_id 0LH9oDA-JuLvFJ8gX8A9Bw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 21:00:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ueu # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"XA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 8UEU # _exptl.entry_id 8UEU _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 46 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8UEU _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8UEU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 46 UA N N ? 46 XA N N ? 46 YA N N ? 46 ZA N N ? 46 DB N N ? 46 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 X SG CYS 46 1X CYS 45 1_555 X SG CYS 56 1X CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 X SG CYS 78 1X CYS 77 1_555 X SG CYS 110 1X CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf3 Y SG CYS 18 1Y CYS 17 1_555 Y SG CYS 75 1Y CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 Y SG CYS 95 1Y CYS 94 1_555 Y SG CYS 115 1Y CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 EA SG CYS 33 1e CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 1e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 EA SG CYS 43 1e CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 1e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf7 PA SG CYS 113 1p CYS 112 1_555 PA SG CYS 125 1p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 A C FME 1 1A FME 1 1_555 A N ASN 2 1A ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 H C FME 1 1H FME 1 1_555 H N PHE 2 1H PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale3 J C FME 1 1J FME 1 1_555 J N THR 2 1J THR 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 K C FME 1 1K FME 1 1_555 K N PRO 2 1K PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale5 L C FME 1 1L FME 1 1_555 L N ASN 2 1L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale6 M C FME 1 1M FME 1 1_555 M N LEU 2 1M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 N C FME 1 1N FME 1 1_555 N N ASN 2 1N ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 DA C ACE 1 1d ACE -2 1_555 DA N MET 2 1d MET -1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale9 RA C ACE 2 1r ACE 0 1_555 RA N ALA 3 1r ALA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 133 1B CYS 54 1_555 UA FE1 SF4 . 1B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 134 1B CYS 55 1_555 UA FE3 SF4 . 1B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 198 1B CYS 119 1_555 UA FE4 SF4 . 1B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 228 1B CYS 149 1_555 UA FE2 SF4 . 1B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 135 1E CYS 103 1_555 VA FE1 FES . 1E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 140 1E CYS 108 1_555 VA FE1 FES . 1E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 176 1E CYS 144 1_555 VA FE2 FES . 1E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 180 1E CYS 148 1_555 VA FE2 FES . 1E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc9 E SD MET 185 1E MET 153 1_555 VA FE1 FES . 1E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 379 1F CYS 359 1_555 XA FE2 SF4 . 1F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 382 1F CYS 362 1_555 XA FE1 SF4 . 1F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 385 1F CYS 365 1_555 XA FE4 SF4 . 1F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc13 F SG CYS 425 1F CYS 405 1_555 XA FE3 SF4 . 1F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 64 1G CYS 41 1_555 AB FE1 FES . 1G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc15 G N CYS 75 1G CYS 52 1_555 AB FE1 FES . 1G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 75 1G CYS 52 1_555 AB FE1 FES . 1G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc17 G SG CYS 78 1G CYS 55 1_555 AB FE2 FES . 1G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 92 1G CYS 69 1_555 AB FE2 FES . 1G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc19 G NE2 HIS 124 1G HIS 101 1_555 YA FE3 SF4 . 1G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 128 1G CYS 105 1_555 YA FE1 SF4 . 1G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 131 1G CYS 108 1_555 YA FE4 SF4 . 1G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc22 G OE1 GLN 133 1G GLN 110 1_555 BB K K . 1G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 137 1G CYS 114 1_555 YA FE2 SF4 . 1G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 176 1G CYS 153 1_555 ZA FE3 SF4 . 1G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 179 1G CYS 156 1_555 ZA FE4 SF4 . 1G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 182 1G CYS 159 1_555 ZA FE1 SF4 . 1G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc27 G O ILE 223 1G ILE 200 1_555 BB K K . 1G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 226 1G CYS 203 1_555 ZA FE2 SF4 . 1G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc29 G O CYS 226 1G CYS 203 1_555 BB K K . 1G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc30 G O VAL 228 1G VAL 205 1_555 BB K K . 1G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc31 G O LEU 231 1G LEU 208 1_555 BB K K . 1G K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.146 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 140 1I CYS 77 1_555 EB FE4 SF4 . 1I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc33 I SG CYS 143 1I CYS 80 1_555 EB FE1 SF4 . 1I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc34 I SG CYS 146 1I CYS 83 1_555 EB FE3 SF4 . 1I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 150 1I CYS 87 1_555 DB FE2 SF4 . 1I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc36 I SG CYS 179 1I CYS 116 1_555 DB FE1 SF4 . 1I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc37 I SG CYS 182 1I CYS 119 1_555 DB FE3 SF4 . 1I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc38 I SG CYS 185 1I CYS 122 1_555 DB FE4 SF4 . 1I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc39 I SG CYS 189 1I CYS 126 1_555 EB FE2 SF4 . 1I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc40 MB O2G GTP . 1O GTP 401 1_555 NB MG MG . 1O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc41 MB O1B GTP . 1O GTP 401 1_555 NB MG MG . 1O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc42 MB O3A GTP . 1O GTP 401 1_555 NB MG MG . 1O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.744 ? metalc ? metalc43 MB O1A GTP . 1O GTP 401 1_555 NB MG MG . 1O MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc44 R SG CYS 86 1R CYS 59 1_555 PB ZN ZN . 1R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc45 R NE2 HIS 95 1R HIS 68 1_555 PB ZN ZN . 1R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc46 R SG CYS 111 1R CYS 84 1_555 PB ZN ZN . 1R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc47 R SG CYS 114 1R CYS 87 1_555 PB ZN ZN . 1R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 1309 n n FE1 S3 SF4 sing 1310 n n FE1 S4 SF4 sing 1311 n n FE2 S1 SF4 sing 1312 n n FE2 S3 SF4 sing 1313 n n FE2 S4 SF4 sing 1314 n n FE3 S1 SF4 sing 1315 n n FE3 S2 SF4 sing 1316 n n FE3 S4 SF4 sing 1317 n n FE4 S1 SF4 sing 1318 n n FE4 S2 SF4 sing 1319 n n FE4 S3 SF4 sing 1320 n n # _atom_sites.entry_id 8UEU _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 PC1 1A 1 201 52 PC1 PC1 . UA 46 SF4 1B 1 201 201 SF4 SF4 . VA 47 FES 1E 1 301 301 FES FES . WA 48 FMN 1F 1 501 501 FMN FMN . XA 46 SF4 1F 1 502 502 SF4 SF4 . YA 46 SF4 1G 1 801 801 SF4 SF4 . ZA 46 SF4 1G 1 802 802 SF4 SF4 . AB 47 FES 1G 1 803 803 FES FES . BB 49 K 1G 1 804 804 K K . CB 45 PC1 1H 1 401 58 PC1 PC1 . DB 46 SF4 1I 1 201 202 SF4 SF4 . EB 46 SF4 1I 1 202 203 SF4 SF4 . FB 45 PC1 1I 1 203 57 PC1 PC1 . GB 50 3PE 1L 1 701 60 3PE 3PE . HB 50 3PE 1L 1 702 105 3PE 3PE . IB 51 PGT 1M 1 501 67 PGT PGT . JB 45 PC1 1M 1 502 85 PC1 PC1 . KB 50 3PE 1N 1 401 68 3PE 3PE . LB 52 CDL 1N 1 402 69 CDL CDL . MB 53 GTP 1O 1 401 401 GTP GTP . NB 54 MG 1O 1 402 402 MG MG . OB 55 NDP 1P 1 501 501 NDP NDP . PB 56 ZN 1R 1 201 201 ZN ZN . QB 57 EHZ 1W 1 201 101 EHZ EHZ . RB 50 3PE 1Y 1 201 71 3PE 3PE . SB 50 3PE 1Y 1 202 99 3PE 3PE . TB 50 3PE 1b 1 101 50 3PE 3PE . UB 45 PC1 1g 1 201 82 PC1 PC1 . VB 58 MYR 1l 1 201 201 MYR MYR . WB 57 EHZ 1n 1 201 101 EHZ EHZ . XB 52 CDL 1r 1 201 89 CDL CDL . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . XA 46 160.744 98.365 303.42 1 165.45 ? FE1 SF4 502 1F 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . XA 46 158.533 98.391 305.03 1 165.45 ? FE2 SF4 502 1F 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . XA 46 160.66 96.787 305.653 1 165.45 ? FE3 SF4 502 1F 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . XA 46 159.087 96.196 303.493 1 165.45 ? FE4 SF4 502 1F 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . XA 46 158.458 96.21 305.681 1 165.45 ? S1 SF4 502 1F 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . XA 46 161.361 96.177 303.575 1 165.45 ? S2 SF4 502 1F 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . XA 46 158.567 98.289 302.755 1 165.45 ? S3 SF4 502 1F 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . XA 46 160.64 99.068 305.585 1 165.45 ? S4 SF4 502 1F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 96 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 87 _model_server_stats.query_time_ms 244 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 8 #