data_8UV8
#
_model_server_result.job_id            uVfwhiL5NGl590BOWgTWtg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-31 04:55:13' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8uv8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    8UV8 
#
_exptl.entry_id    8UV8 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              483.156 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8UV8 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8UV8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F MG MG . A MG 602 1_555 G O1A CTP . A CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc2 F MG MG . A MG 602 1_555 G O3A CTP . A CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc3 F MG MG . A MG 602 1_555 G O2B CTP . A CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? 
metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 602 1_555 G O3B CTP . A CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 602 1_555 G O1G CTP . A CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.824 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 602 1_555 G O2G CTP . A CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . B MG 601 1_555 I O3A CTP . B CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . B MG 601 1_555 I O1A CTP . B CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.997 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . B MG 601 1_555 I O3B CTP . B CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . B MG 601 1_555 I O2G CTP . B CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . B MG 601 1_555 I O1G CTP . B CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.823 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . B MG 601 1_555 I O2B CTP . B CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? 
metalc ? metalc13 L MG MG . C MG 602 1_555 M O2A CTP . C CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? 
metalc ? metalc14 L MG MG . C MG 602 1_555 M O3A CTP . C CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc15 L MG MG . C MG 602 1_555 M O3B CTP . C CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . C MG 602 1_555 M O1G CTP . C CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . C MG 602 1_555 M O3G CTP . C CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . C MG 602 1_555 M O1B CTP . C CTP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? 
metalc ? metalc19 N MG MG . D MG 601 1_555 O O1B CTP . D CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.933 ? 
metalc ? metalc20 N MG MG . D MG 601 1_555 O O3B CTP . D CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc21 N MG MG . D MG 601 1_555 O O1G CTP . D CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc22 N MG MG . D MG 601 1_555 O O2A CTP . D CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? 
metalc ? metalc23 N MG MG . D MG 601 1_555 O O3A CTP . D CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc24 N MG MG . D MG 601 1_555 O O3G CTP . D CTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.819 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H16 N3 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    483.156 
_chem_comp.id                CTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 CTP sing 70 n n 
N1 C6 CTP sing 71 n n 
N1 C1' CTP sing 72 n n 
C2 N3 CTP sing 73 n n 
C2 O2 CTP doub 74 n n 
N3 C4 CTP doub 75 n n 
C4 C5 CTP sing 76 n n 
C4 N4 CTP sing 77 n n 
C5 C6 CTP doub 78 n n 
C5 H5 CTP sing 79 n n 
C6 H6 CTP sing 80 n n 
N4 HN41 CTP sing 81 n n 
N4 HN42 CTP sing 82 n n 
C1' C2' CTP sing 83 n n 
C1' O4' CTP sing 84 n n 
C1' H1' CTP sing 85 n n 
C2' O2' CTP sing 86 n n 
C2' C3' CTP sing 87 n n 
C2' H2' CTP sing 88 n n 
O2' HO2' CTP sing 89 n n 
C3' C4' CTP sing 90 n n 
C3' O3' CTP sing 91 n n 
C3' H3' CTP sing 92 n n 
C4' O4' CTP sing 93 n n 
C4' C5' CTP sing 94 n n 
C4' H4' CTP sing 95 n n 
O3' HO3' CTP sing 96 n n 
C5' O5' CTP sing 97 n n 
C5' "H5'1" CTP sing 98 n n 
C5' "H5'2" CTP sing 99 n n 
O5' PA CTP sing 100 n n 
PA O1A CTP doub 101 n n 
PA O2A CTP sing 102 n n 
PA O3A CTP sing 103 n n 
O2A HOA2 CTP sing 104 n n 
O3A PB CTP sing 105 n n 
PB O1B CTP doub 106 n n 
PB O2B CTP sing 107 n n 
PB O3B CTP sing 108 n n 
O2B HOB2 CTP sing 109 n n 
O3B PG CTP sing 110 n n 
PG O1G CTP doub 111 n n 
PG O2G CTP sing 112 n n 
PG O3G CTP sing 113 n n 
O2G HOG2 CTP sing 114 n n 
O3G HOG3 CTP sing 115 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8UV8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 CTP A 1 601 602 CTP CTP . 
F 3 MG A 1 602 3 MG MG . 
G 2 CTP A 1 603 601 CTP CTP . 
H 3 MG B 1 601 3 MG MG . 
I 2 CTP B 1 602 601 CTP CTP . 
J 2 CTP B 1 603 602 CTP CTP . 
K 2 CTP C 1 601 602 CTP CTP . 
L 3 MG C 1 602 3 MG MG . 
M 2 CTP C 1 603 601 CTP CTP . 
N 3 MG D 1 601 3 MG MG . 
O 2 CTP D 1 602 601 CTP CTP . 
P 2 CTP D 1 603 602 CTP CTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 CTP . . . O 2 170.579 160.581 164.76 1 57.08 ? N1 CTP 602 D 1 
HETATM 2 C C2 CTP . . . O 2 170.628 160.651 166.147 1 57.08 ? C2 CTP 602 D 1 
HETATM 3 N N3 CTP . . . O 2 169.928 161.69 166.846 1 57.08 ? N3 CTP 602 D 1 
HETATM 4 C C4 CTP . . . O 2 169.215 162.608 166.147 1 57.08 ? C4 CTP 602 D 1 
HETATM 5 C C5 CTP . . . O 2 169.166 162.538 164.715 1 57.08 ? C5 CTP 602 D 1 
HETATM 6 C C6 CTP . . . O 2 169.843 161.527 164.035 1 57.08 ? C6 CTP 602 D 1 
HETATM 7 O O2 CTP . . . O 2 171.36 159.702 166.861 1 57.08 ? O2 CTP 602 D 1 
HETATM 8 N N4 CTP . . . O 2 168.506 163.658 166.853 1 57.08 ? N4 CTP 602 D 1 
HETATM 9 C C1' CTP . . . O 2 171.274 159.544 164.09 1 57.08 ? C1' CTP 602 D 1 
HETATM 10 C C2' CTP . . . O 2 170.326 158.532 163.55 1 57.08 ? C2' CTP 602 D 1 
HETATM 11 O O2' CTP . . . O 2 169.94 157.614 164.567 1 57.08 ? O2' CTP 602 D 1 
HETATM 12 C C3' CTP . . . O 2 171.127 157.862 162.517 1 57.08 ? C3' CTP 602 D 1 
HETATM 13 C C4' CTP . . . O 2 172.021 158.926 161.977 1 57.08 ? C4' CTP 602 D 1 
HETATM 14 O O4' CTP . . . O 2 171.964 160.035 162.914 1 57.08 ? O4' CTP 602 D 1 
HETATM 15 O O3' CTP . . . O 2 171.937 156.848 163.105 1 57.08 ? O3' CTP 602 D 1 
HETATM 16 C C5' CTP . . . O 2 171.541 159.345 160.626 1 57.08 ? C5' CTP 602 D 1 
HETATM 17 O O5' CTP . . . O 2 172.536 160.11 160.02 1 57.08 ? O5' CTP 602 D 1 
HETATM 18 P PA CTP . . . O 2 172.071 161.24 158.927 1 57.08 ? PA CTP 602 D 1 
HETATM 19 O O1A CTP . . . O 2 171.752 160.608 157.655 1 57.08 ? O1A CTP 602 D 1 
HETATM 20 O O2A CTP . . . O 2 173.195 162.086 158.554 1 57.08 ? O2A CTP 602 D 1 
HETATM 21 O O3A CTP . . . O 2 170.801 162.11 159.496 1 57.08 ? O3A CTP 602 D 1 
HETATM 22 P PB CTP . . . O 2 169.277 161.898 158.934 1 57.08 ? PB CTP 602 D 1 
HETATM 23 O O1B CTP . . . O 2 169.191 160.627 158.23 1 57.08 ? O1B CTP 602 D 1 
HETATM 24 O O2B CTP . . . O 2 168.308 161.716 160.005 1 57.08 ? O2B CTP 602 D 1 
HETATM 25 O O3B CTP . . . O 2 168.874 163.141 157.94 1 57.08 ? O3B CTP 602 D 1 
HETATM 26 P PG CTP . . . O 2 169.773 163.545 156.626 1 57.08 ? PG CTP 602 D 1 
HETATM 27 O O1G CTP . . . O 2 169.432 162.805 155.419 1 57.08 ? O1G CTP 602 D 1 
HETATM 28 O O2G CTP . . . O 2 169.684 164.947 156.239 1 57.08 ? O2G CTP 602 D 1 
HETATM 29 O O3G CTP . . . O 2 171.196 163.294 156.8 1 57.08 ? O3G CTP 602 D 1 
HETATM 30 H H5 CTP . . . O 2 168.597 163.271 164.158 1 57.08 ? H5 CTP 602 D 1 
HETATM 31 H H6 CTP . . . O 2 169.804 161.476 162.954 1 57.08 ? H6 CTP 602 D 1 
HETATM 32 H HN41 CTP . . . O 2 168.166 163.494 167.781 1 57.08 ? HN41 CTP 602 D 1 
HETATM 33 H HN42 CTP . . . O 2 168.354 164.546 166.412 1 57.08 ? HN42 CTP 602 D 1 
HETATM 34 H H1' CTP . . . O 2 171.978 159.068 164.756 1 57.08 ? H1' CTP 602 D 1 
HETATM 35 H H2' CTP . . . O 2 169.462 159.014 163.109 1 57.08 ? H2' CTP 602 D 1 
HETATM 36 H HO2' CTP . . . O 2 170.713 157.228 164.951 1 57.08 ? HO2' CTP 602 D 1 
HETATM 37 H H3' CTP . . . O 2 170.491 157.457 161.738 1 57.08 ? H3' CTP 602 D 1 
HETATM 38 H H4' CTP . . . O 2 173.036 158.554 161.912 1 57.08 ? H4' CTP 602 D 1 
HETATM 39 H HO3' CTP . . . O 2 172.737 156.76 162.611 1 57.08 ? HO3' CTP 602 D 1 
HETATM 40 H "H5'1" CTP . . . O 2 171.367 158.45 160.038 1 57.08 ? "H5'1" CTP 602 D 1 
HETATM 41 H "H5'2" CTP . . . O 2 170.625 159.92 160.716 1 57.08 ? "H5'2" CTP 602 D 1 
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