data_8UXL # _model_server_result.job_id Ghx5A3c_21KRAAqV-jKHLg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 01:22:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8uxl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":5001}' # _entry.id 8UXL # _exptl.entry_id 8UXL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8UXL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8UXL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 M N N ? 4 U N N ? 4 Y N N ? 4 CA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 4806 A CYS 4806 1_555 A SG CYS 4812 A CYS 4812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 G SG CYS 4806 B CYS 4806 1_555 G SG CYS 4812 B CYS 4812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf3 H SG CYS 4806 C CYS 4806 1_555 H SG CYS 4812 C CYS 4812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 I SG CYS 4806 D CYS 4806 1_555 I SG CYS 4812 D CYS 4812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 3922 A GLU 3922 1_555 O CA CA . A CA 5003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 4888 A CYS 4888 1_555 M ZN ZN . A ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 4891 A CYS 4891 1_555 M ZN ZN . A ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 4908 A HIS 4908 1_555 M ZN ZN . A ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 4913 A HIS 4913 1_555 M ZN ZN . A ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc6 F OD1 ASP 21 I ASP 21 1_555 Q CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc7 F OD2 ASP 21 I ASP 21 1_555 Q CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc8 F OD1 ASP 23 I ASP 23 1_555 Q CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc9 F OD2 ASP 25 I ASP 25 1_555 Q CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc10 F OE1 GLU 32 I GLU 32 1_555 Q CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc11 F OD1 ASP 57 I ASP 57 1_555 R CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc12 F OD1 ASN 61 I ASN 61 1_555 R CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc13 F O THR 63 I THR 63 1_555 R CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc14 F OD2 ASP 65 I ASP 65 1_555 R CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.074 ? metalc ? metalc15 F OE1 GLU 68 I GLU 68 1_555 R CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc16 F OE2 GLU 68 I GLU 68 1_555 R CA CA . I CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc17 F OD1 ASP 94 I ASP 94 1_555 S CA CA . I CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc18 F OD2 ASP 94 I ASP 94 1_555 S CA CA . I CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc19 F OD2 ASP 134 I ASP 134 1_555 T CA CA . I CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc20 G OE1 GLU 3922 B GLU 3922 1_555 W CA CA . B CA 5003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 4888 B CYS 4888 1_555 U ZN ZN . B ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 4891 B CYS 4891 1_555 U ZN ZN . B ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc23 G NE2 HIS 4908 B HIS 4908 1_555 U ZN ZN . B ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc24 G ND1 HIS 4913 B HIS 4913 1_555 U ZN ZN . B ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc25 H OE1 GLU 3922 C GLU 3922 1_555 AA CA CA . C CA 5003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc26 H SG CYS 4888 C CYS 4888 1_555 Y ZN ZN . C ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc27 H SG CYS 4891 C CYS 4891 1_555 Y ZN ZN . C ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc28 H NE2 HIS 4908 C HIS 4908 1_555 Y ZN ZN . C ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc29 H ND1 HIS 4913 C HIS 4913 1_555 Y ZN ZN . C ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc30 I OE1 GLU 3922 D GLU 3922 1_555 EA CA CA . D CA 5003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 4888 D CYS 4888 1_555 CA ZN ZN . D ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 4891 D CYS 4891 1_555 CA ZN ZN . D ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc33 I NE2 HIS 4908 D HIS 4908 1_555 CA ZN ZN . D ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc34 I ND1 HIS 4913 D HIS 4913 1_555 CA ZN ZN . D ZN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc35 J OD1 ASP 21 J ASP 21 1_555 GA CA CA . J CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? metalc ? metalc36 J OD2 ASP 21 J ASP 21 1_555 GA CA CA . J CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc37 J OD1 ASP 23 J ASP 23 1_555 GA CA CA . J CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc38 J OD2 ASP 25 J ASP 25 1_555 GA CA CA . J CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc39 J OE1 GLU 32 J GLU 32 1_555 GA CA CA . J CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc40 J OD1 ASP 57 J ASP 57 1_555 HA CA CA . J CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc41 J OD1 ASN 61 J ASN 61 1_555 HA CA CA . J CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc42 J O THR 63 J THR 63 1_555 HA CA CA . J CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc43 J OD2 ASP 65 J ASP 65 1_555 HA CA CA . J CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.074 ? metalc ? metalc44 J OE1 GLU 68 J GLU 68 1_555 HA CA CA . J CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc45 J OE2 GLU 68 J GLU 68 1_555 HA CA CA . J CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc46 J OD1 ASP 94 J ASP 94 1_555 IA CA CA . J CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc47 J OD2 ASP 94 J ASP 94 1_555 IA CA CA . J CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc48 J OD2 ASP 134 J ASP 134 1_555 JA CA CA . J CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc49 K OD1 ASP 21 L ASP 21 1_555 KA CA CA . L CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc50 K OD2 ASP 21 L ASP 21 1_555 KA CA CA . L CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc51 K OD1 ASP 23 L ASP 23 1_555 KA CA CA . L CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc52 K OD2 ASP 25 L ASP 25 1_555 KA CA CA . L CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc53 K OE1 GLU 32 L GLU 32 1_555 KA CA CA . L CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? metalc ? metalc54 K OD1 ASP 57 L ASP 57 1_555 LA CA CA . L CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc55 K OD1 ASN 61 L ASN 61 1_555 LA CA CA . L CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc56 K O THR 63 L THR 63 1_555 LA CA CA . L CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc57 K OD2 ASP 65 L ASP 65 1_555 LA CA CA . L CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.074 ? metalc ? metalc58 K OE1 GLU 68 L GLU 68 1_555 LA CA CA . L CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc59 K OE2 GLU 68 L GLU 68 1_555 LA CA CA . L CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc60 K OD1 ASP 94 L ASP 94 1_555 MA CA CA . L CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc61 K OD2 ASP 94 L ASP 94 1_555 MA CA CA . L CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc62 K OD2 ASP 134 L ASP 134 1_555 NA CA CA . L CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc63 L OD1 ASP 21 K ASP 21 1_555 OA CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc64 L OD2 ASP 21 K ASP 21 1_555 OA CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc65 L OD1 ASP 23 K ASP 23 1_555 OA CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc66 L OD2 ASP 25 K ASP 25 1_555 OA CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc67 L OE1 GLU 32 K GLU 32 1_555 OA CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc68 L OD1 ASP 57 K ASP 57 1_555 PA CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc69 L OD1 ASN 61 K ASN 61 1_555 PA CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc70 L O THR 63 K THR 63 1_555 PA CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc71 L OD2 ASP 65 K ASP 65 1_555 PA CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? metalc ? metalc72 L OE1 GLU 68 K GLU 68 1_555 PA CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc73 L OE2 GLU 68 K GLU 68 1_555 PA CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc74 L OD1 ASP 94 K ASP 94 1_555 QA CA CA . K CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc75 L OD2 ASP 94 K ASP 94 1_555 QA CA CA . K CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc76 L OD2 ASP 134 K ASP 134 1_555 RA CA CA . K CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8UXL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 ZN A 1 5001 5001 ZN ZN . N 5 ATP A 1 5002 5002 ATP ATP . O 6 CA A 1 5003 5003 CA CA . P 5 ATP A 1 5004 5005 ATP ATP . Q 6 CA I 1 201 202 CA CA . R 6 CA I 1 202 203 CA CA . S 6 CA I 1 203 204 CA CA . T 6 CA I 1 204 205 CA CA . U 4 ZN B 1 5001 5001 ZN ZN . V 5 ATP B 1 5002 5002 ATP ATP . W 6 CA B 1 5003 5003 CA CA . X 5 ATP B 1 5004 5005 ATP ATP . Y 4 ZN C 1 5001 5001 ZN ZN . Z 5 ATP C 1 5002 5002 ATP ATP . AA 6 CA C 1 5003 5003 CA CA . BA 5 ATP C 1 5004 5005 ATP ATP . CA 4 ZN D 1 5001 5001 ZN ZN . DA 5 ATP D 1 5002 5002 ATP ATP . EA 6 CA D 1 5003 5003 CA CA . FA 5 ATP D 1 5004 5005 ATP ATP . GA 6 CA J 1 201 202 CA CA . HA 6 CA J 1 202 203 CA CA . IA 6 CA J 1 203 204 CA CA . JA 6 CA J 1 204 205 CA CA . KA 6 CA L 1 201 202 CA CA . LA 6 CA L 1 202 203 CA CA . MA 6 CA L 1 203 204 CA CA . NA 6 CA L 1 204 205 CA CA . OA 6 CA K 1 201 202 CA CA . PA 6 CA K 1 202 203 CA CA . QA 6 CA K 1 203 204 CA CA . RA 6 CA K 1 204 205 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id U _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 201.659 _atom_site.Cartn_y 204.098 _atom_site.Cartn_z 180.023 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 115.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 5001 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 55 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 210 _model_server_stats.query_time_ms 272 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #