data_8V6J # _model_server_result.job_id FP1G8GtyCU5RD-RxYjs2kg _model_server_result.datetime_utc '2025-01-04 06:21:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8v6j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8V6J # _exptl.entry_id 8V6J _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 10 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8V6J _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8V6J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 10 _struct_asym.id K _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 F O3' GTP 1 F GTP 1 1_555 F P G 2 F G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? covale ? covale2 F O3' DG 19 F DG 19 1_555 F P DOC 20 F DOC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 528 A ASP 859 1_555 J MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc2 A O PHE 529 A PHE 860 1_555 J MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 669 A ASP 1000 1_555 J MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 949 A CYS 1280 1_555 G ZN ZN . A ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 952 A CYS 1283 1_555 G ZN ZN . A ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 976 A CYS 1307 1_555 G ZN ZN . A ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 981 A CYS 1312 1_555 G ZN ZN . A ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 1014 A CYS 1345 1_555 H ZN ZN . A ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 1019 A CYS 1350 1_555 H ZN ZN . A ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 1037 A CYS 1368 1_555 H ZN ZN . A ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 1040 A CYS 1371 1_555 H ZN ZN . A ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc12 I O1G DGT . A DGT 1503 1_555 J MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc13 I O2B DGT . A DGT 1503 1_555 J MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc14 I O1A DGT . A DGT 1503 1_555 J MG MG . A MG 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 293 C CYS 293 1_555 K FE4 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 373 C CYS 373 1_555 K FE1 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 390 C CYS 390 1_555 K FE2 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 430 C CYS 430 1_555 K FE3 SF4 . C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc19 D SG CYS 126 D CYS 123 1_555 L ZN ZN . D ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc20 D SG CYS 127 D CYS 124 1_555 L ZN ZN . D ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc21 D SG CYS 133 D CYS 130 1_555 L ZN ZN . D ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc22 D SG CYS 136 D CYS 133 1_555 L ZN ZN . D ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc23 F O1G GTP 1 F GTP 1 1_555 M MG MG . F MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc24 F O2B GTP 1 F GTP 1 1_555 M MG MG . F MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc25 F O1A GTP 1 F GTP 1 1_555 M MG MG . F MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N1 DG 17 E DG 17 1_555 F N3 DOC 20 F DOC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N2 DG 17 E DG 17 1_555 F O2 DOC 20 F DOC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E O6 DG 17 E DG 17 1_555 F N4 DOC 20 F DOC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E N3 DC 18 E DC 18 1_555 F N1 DG 19 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N4 DC 18 E DC 18 1_555 F O6 DG 19 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E O2 DC 18 E DC 18 1_555 F N2 DG 19 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E N3 DT 19 E DT 19 1_555 F N1 DA 18 F DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E O4 DT 19 E DT 19 1_555 F N6 DA 18 F DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N1 DA 20 E DA 20 1_555 F N3 DT 17 F DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E N6 DA 20 E DA 20 1_555 F O4 DT 17 F DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N1 DG 22 E DG 22 1_555 F N3 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N2 DG 22 E DG 22 1_555 F O2 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E O6 DG 22 E DG 22 1_555 F N4 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N3 DT 23 E DT 23 1_555 F N1 DA 14 F DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E O4 DT 23 E DT 23 1_555 F N6 DA 14 F DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E N3 DT 24 E DT 24 1_555 F N1 DA 13 F DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E O4 DT 24 E DT 24 1_555 F N6 DA 13 F DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N3 DC 25 E DC 25 1_555 F N1 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N4 DC 25 E DC 25 1_555 F O6 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E O2 DC 25 E DC 25 1_555 F N2 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N1 DA 26 E DA 26 1_555 F N3 DT 11 F DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E N6 DA 26 E DA 26 1_555 F O4 DT 11 F DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N3 DC 27 E DC 27 1_555 F N1 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N4 DC 27 E DC 27 1_555 F O6 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E O2 DC 27 E DC 27 1_555 F N2 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N1 DG 28 E DG 28 1_555 F N3 C 9 F C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N2 DG 28 E DG 28 1_555 F O2 C 9 F C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O6 DG 28 E DG 28 1_555 F N4 C 9 F C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N3 DC 29 E DC 29 1_555 F N1 G 8 F G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N4 DC 29 E DC 29 1_555 F O6 G 8 F G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E O2 DC 29 E DC 29 1_555 F N2 G 8 F G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N1 DA 30 E DA 30 1_555 F N3 U 7 F U 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N6 DA 30 E DA 30 1_555 F O4 U 7 F U 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N1 DG 31 E DG 31 1_555 F N3 C 6 F C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N2 DG 31 E DG 31 1_555 F O2 C 6 F C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E O6 DG 31 E DG 31 1_555 F N4 C 6 F C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N3 DT 32 E DT 32 1_555 F N1 A 5 F A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E O4 DT 32 E DT 32 1_555 F N6 A 5 F A 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N1 DA 33 E DA 33 1_555 F N3 U 4 F U 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E N6 DA 33 E DA 33 1_555 F O4 U 4 F U 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E N3 DT 34 E DT 34 1_555 F N1 A 3 F A 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 E O4 DT 34 E DT 34 1_555 F N6 A 3 F A 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 E N3 DC 35 E DC 35 1_555 F N1 G 2 F G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 E N4 DC 35 E DC 35 1_555 F O6 G 2 F G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 E O2 DC 35 E DC 35 1_555 F N2 G 2 F G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 E N3 DC 36 E DC 36 1_555 F N1 GTP 1 F GTP 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 E N4 DC 36 E DC 36 1_555 F O6 GTP 1 F GTP 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 E O2 DC 36 E DC 36 1_555 F N2 GTP 1 F GTP 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 685 n n FE1 S3 SF4 sing 686 n n FE1 S4 SF4 sing 687 n n FE2 S1 SF4 sing 688 n n FE2 S3 SF4 sing 689 n n FE2 S4 SF4 sing 690 n n FE3 S1 SF4 sing 691 n n FE3 S2 SF4 sing 692 n n FE3 S4 SF4 sing 693 n n FE4 S1 SF4 sing 694 n n FE4 S2 SF4 sing 695 n n FE4 S3 SF4 sing 696 n n # _atom_sites.entry_id 8V6J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 7 ZN A 1 1501 1500 ZN ZN . H 7 ZN A 1 1502 1501 ZN ZN . I 8 DGT A 1 1503 1301 DGT DGT . J 9 MG A 1 1504 1302 MG MG . K 10 SF4 C 1 601 772 SF4 SF4 . L 7 ZN D 1 500 500 ZN ZN . M 9 MG F 1 101 1303 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . K 10 156.017 143.1 198.67 1 209.57 ? FE1 SF4 601 C 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . K 10 153.399 143.578 198.017 1 209.57 ? FE2 SF4 601 C 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . K 10 154.024 142.411 200.409 1 209.57 ? FE3 SF4 601 C 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . K 10 154.353 141.023 198.077 1 209.57 ? FE4 SF4 601 C 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . K 10 152.391 141.767 198.959 1 209.57 ? S1 SF4 601 C 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . K 10 155.818 141.143 199.814 1 209.57 ? S2 SF4 601 C 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . K 10 155.006 142.695 196.669 1 209.57 ? S3 SF4 601 C 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . K 10 154.578 144.517 199.728 1 209.57 ? S4 SF4 601 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 142 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 91 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 8 #