data_8VA1
#
_model_server_result.job_id            Y87uLlUGU1Lm0Ip-4-lSQw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 15:39:04' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8va1 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    8VA1 
#
_exptl.entry_id    8VA1 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              537.307 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            CDP-ribitol 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VA1 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VA1 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
#
_chem_comp.formula           'C14 H25 N3 O15 P2' 
_chem_comp.formula_weight    537.307 
_chem_comp.id                V2V 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              CDP-ribitol 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     '[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl dihydrogen diphosphate' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C01 C02 V2V doub 356 n n 
C01 C07 V2V sing 357 n n 
C02 N03 V2V sing 358 n n 
C04 N03 V2V sing 359 n n 
C04 N06 V2V sing 360 n n 
C04 O05 V2V doub 361 n n 
C07 N06 V2V doub 362 n n 
C07 N08 V2V sing 363 n n 
C09 C10 V2V sing 364 n n 
C09 N03 V2V sing 365 n n 
C09 O13 V2V sing 366 n n 
C10 C11 V2V sing 367 n n 
C10 O34 V2V sing 368 n n 
C11 C12 V2V sing 369 n n 
C11 O33 V2V sing 370 n n 
C12 C14 V2V sing 371 n n 
C14 O15 V2V sing 372 n n 
C24 C25 V2V sing 373 n n 
C24 O23 V2V sing 374 n n 
C25 C26 V2V sing 375 n n 
C25 O32 V2V sing 376 n n 
C26 C27 V2V sing 377 n n 
C26 O31 V2V sing 378 n n 
C27 C28 V2V sing 379 n n 
C27 O30 V2V sing 380 n n 
C28 O29 V2V sing 381 n n 
O15 P16 V2V sing 382 n n 
O17 P16 V2V doub 383 n n 
O18 P16 V2V sing 384 n n 
O19 P16 V2V sing 385 n n 
O19 P20 V2V sing 386 n n 
O21 P20 V2V doub 387 n n 
O22 P20 V2V sing 388 n n 
O23 P20 V2V sing 389 n n 
C01 H1 V2V sing 390 n n 
C02 H2 V2V sing 391 n n 
C09 H3 V2V sing 392 n n 
C10 H4 V2V sing 393 n n 
C11 H5 V2V sing 394 n n 
C12 H6 V2V sing 395 n n 
C14 H8 V2V sing 396 n n 
C14 H9 V2V sing 397 n n 
C24 H10 V2V sing 398 n n 
C24 H11 V2V sing 399 n n 
C25 H12 V2V sing 400 n n 
C26 H13 V2V sing 401 n n 
C27 H14 V2V sing 402 n n 
C28 H15 V2V sing 403 n n 
C28 H16 V2V sing 404 n n 
N08 H17 V2V sing 405 n n 
N08 H18 V2V sing 406 n n 
O18 H20 V2V sing 407 n n 
O22 H21 V2V sing 408 n n 
O29 H22 V2V sing 409 n n 
O30 H23 V2V sing 410 n n 
O31 H24 V2V sing 411 n n 
O32 H25 V2V sing 412 n n 
O33 H26 V2V sing 413 n n 
O34 H27 V2V sing 414 n n 
C12 O13 V2V sing 415 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8VA1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 V2V A 1 601 603 V2V V2V . 
F 2 V2V B 1 601 603 V2V V2V . 
G 2 V2V C 1 601 603 V2V V2V . 
H 2 V2V D 1 601 603 V2V V2V . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C01 V2V . . . F 2 146.662 126.976 125.364 1 92.11 ? C01 V2V 601 B 1 
HETATM 2 C C02 V2V . . . F 2 147.601 126.084 126.107 1 92.14 ? C02 V2V 601 B 1 
HETATM 3 C C04 V2V . . . F 2 145.668 125.271 127.546 1 91.57 ? C04 V2V 601 B 1 
HETATM 4 C C07 V2V . . . F 2 145.218 127.001 125.729 1 94.17 ? C07 V2V 601 B 1 
HETATM 5 C C09 V2V . . . F 2 148.037 124.356 127.93 1 89.69 ? C09 V2V 601 B 1 
HETATM 6 C C10 V2V . . . F 2 148.848 123.451 126.928 1 91.49 ? C10 V2V 601 B 1 
HETATM 7 C C11 V2V . . . F 2 150.275 123.879 127.058 1 91.88 ? C11 V2V 601 B 1 
HETATM 8 C C12 V2V . . . F 2 150.357 124.482 128.245 1 90.81 ? C12 V2V 601 B 1 
HETATM 9 C C14 V2V . . . F 2 151.351 125.606 128.196 1 90.67 ? C14 V2V 601 B 1 
HETATM 10 C C24 V2V . . . F 2 155.579 128.315 127.894 1 91.64 ? C24 V2V 601 B 1 
HETATM 11 C C25 V2V . . . F 2 156.542 127.365 127.148 1 91.33 ? C25 V2V 601 B 1 
HETATM 12 C C26 V2V . . . F 2 155.843 126.761 125.935 1 89.79 ? C26 V2V 601 B 1 
HETATM 13 C C27 V2V . . . F 2 156.795 125.79 125.229 1 90.06 ? C27 V2V 601 B 1 
HETATM 14 C C28 V2V . . . F 2 158.039 126.547 124.753 1 89.12 ? C28 V2V 601 B 1 
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HETATM 22 O O18 V2V . . . F 2 150.414 127.014 125.297 1 92.5 ? O18 V2V 601 B 1 
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HETATM 31 O O33 V2V . . . F 2 151.175 122.674 127.035 1 91.26 ? O33 V2V 601 B 1 
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