data_8VA1
#
_model_server_result.job_id            nkrcels3rfTLg0YuJrWMSg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 15:01:30' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8va1 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    8VA1 
#
_exptl.entry_id    8VA1 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              537.307 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            CDP-ribitol 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VA1 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VA1 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
#
_chem_comp.formula           'C14 H25 N3 O15 P2' 
_chem_comp.formula_weight    537.307 
_chem_comp.id                V2V 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              CDP-ribitol 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     '[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl dihydrogen diphosphate' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C01 C02 V2V doub 356 n n 
C01 C07 V2V sing 357 n n 
C02 N03 V2V sing 358 n n 
C04 N03 V2V sing 359 n n 
C04 N06 V2V sing 360 n n 
C04 O05 V2V doub 361 n n 
C07 N06 V2V doub 362 n n 
C07 N08 V2V sing 363 n n 
C09 C10 V2V sing 364 n n 
C09 N03 V2V sing 365 n n 
C09 O13 V2V sing 366 n n 
C10 C11 V2V sing 367 n n 
C10 O34 V2V sing 368 n n 
C11 C12 V2V sing 369 n n 
C11 O33 V2V sing 370 n n 
C12 C14 V2V sing 371 n n 
C14 O15 V2V sing 372 n n 
C24 C25 V2V sing 373 n n 
C24 O23 V2V sing 374 n n 
C25 C26 V2V sing 375 n n 
C25 O32 V2V sing 376 n n 
C26 C27 V2V sing 377 n n 
C26 O31 V2V sing 378 n n 
C27 C28 V2V sing 379 n n 
C27 O30 V2V sing 380 n n 
C28 O29 V2V sing 381 n n 
O15 P16 V2V sing 382 n n 
O17 P16 V2V doub 383 n n 
O18 P16 V2V sing 384 n n 
O19 P16 V2V sing 385 n n 
O19 P20 V2V sing 386 n n 
O21 P20 V2V doub 387 n n 
O22 P20 V2V sing 388 n n 
O23 P20 V2V sing 389 n n 
C01 H1 V2V sing 390 n n 
C02 H2 V2V sing 391 n n 
C09 H3 V2V sing 392 n n 
C10 H4 V2V sing 393 n n 
C11 H5 V2V sing 394 n n 
C12 H6 V2V sing 395 n n 
C14 H8 V2V sing 396 n n 
C14 H9 V2V sing 397 n n 
C24 H10 V2V sing 398 n n 
C24 H11 V2V sing 399 n n 
C25 H12 V2V sing 400 n n 
C26 H13 V2V sing 401 n n 
C27 H14 V2V sing 402 n n 
C28 H15 V2V sing 403 n n 
C28 H16 V2V sing 404 n n 
N08 H17 V2V sing 405 n n 
N08 H18 V2V sing 406 n n 
O18 H20 V2V sing 407 n n 
O22 H21 V2V sing 408 n n 
O29 H22 V2V sing 409 n n 
O30 H23 V2V sing 410 n n 
O31 H24 V2V sing 411 n n 
O32 H25 V2V sing 412 n n 
O33 H26 V2V sing 413 n n 
O34 H27 V2V sing 414 n n 
C12 O13 V2V sing 415 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8VA1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 V2V A 1 601 603 V2V V2V . 
F 2 V2V B 1 601 603 V2V V2V . 
G 2 V2V C 1 601 603 V2V V2V . 
H 2 V2V D 1 601 603 V2V V2V . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C01 V2V . . . H 2 192.506 213.444 125.1 1 83.54 ? C01 V2V 601 D 1 
HETATM 2 C C02 V2V . . . H 2 191.619 214.41 125.81 1 83.95 ? C02 V2V 601 D 1 
HETATM 3 C C04 V2V . . . H 2 193.049 214.16 127.901 1 91.05 ? C04 V2V 601 D 1 
HETATM 4 C C07 V2V . . . H 2 193.668 212.843 125.81 1 86.73 ? C07 V2V 601 D 1 
HETATM 5 C C09 V2V . . . H 2 191.005 215.725 127.906 1 89.33 ? C09 V2V 601 D 1 
HETATM 6 C C10 V2V . . . H 2 190.378 216.753 126.887 1 96.48 ? C10 V2V 601 D 1 
HETATM 7 C C11 V2V . . . H 2 188.9 216.515 126.901 1 92.27 ? C11 V2V 601 D 1 
HETATM 8 C C12 V2V . . . H 2 188.645 215.705 127.935 1 88.21 ? C12 V2V 601 D 1 
HETATM 9 C C14 V2V . . . H 2 187.768 214.586 127.47 1 85.66 ? C14 V2V 601 D 1 
HETATM 10 C C24 V2V . . . H 2 183.905 210.297 127.648 1 85.07 ? C24 V2V 601 D 1 
HETATM 11 C C25 V2V . . . H 2 182.73 211.059 126.995 1 86.74 ? C25 V2V 601 D 1 
HETATM 12 C C26 V2V . . . H 2 183.234 211.799 125.757 1 87.68 ? C26 V2V 601 D 1 
HETATM 13 C C27 V2V . . . H 2 182.197 212.829 125.289 1 85.79 ? C27 V2V 601 D 1 
HETATM 14 C C28 V2V . . . H 2 180.869 212.138 124.966 1 85.81 ? C28 V2V 601 D 1 
HETATM 15 N N03 V2V . . . H 2 191.887 214.765 127.194 1 83.22 ? N03 V2V 601 D 1 
HETATM 16 N N06 V2V . . . H 2 193.933 213.196 127.189 1 89.26 ? N06 V2V 601 D 1 
HETATM 17 N N08 V2V . . . H 2 194.541 211.895 125.117 1 89.55 ? N08 V2V 601 D 1 
HETATM 18 O O05 V2V . . . H 2 193.27 214.447 129.03 1 95.13 ? O05 V2V 601 D 1 
HETATM 19 O O13 V2V . . . H 2 190.034 215.092 128.458 1 88.21 ? O13 V2V 601 D 1 
HETATM 20 O O15 V2V . . . H 2 188.342 214.01 126.329 1 90.98 ? O15 V2V 601 D 1 
HETATM 21 O O17 V2V . . . H 2 187.2 212.082 125.048 1 90.07 ? O17 V2V 601 D 1 
HETATM 22 O O18 V2V . . . H 2 189.534 211.8 125.743 1 96.73 ? O18 V2V 601 D 1 
HETATM 23 O O19 V2V . . . H 2 187.69 211.69 127.559 1 91.32 ? O19 V2V 601 D 1 
HETATM 24 O O21 V2V . . . H 2 186.649 209.683 126.35 1 86.3 ? O21 V2V 601 D 1 
HETATM 25 O O22 V2V . . . H 2 186.804 209.582 128.804 1 95.26 ? O22 V2V 601 D 1 
HETATM 26 O O23 V2V . . . H 2 185.019 211.145 127.733 1 87.01 ? O23 V2V 601 D 1 
HETATM 27 O O29 V2V . . . H 2 179.95 212.392 125.997 1 85.5 ? O29 V2V 601 D 1 
HETATM 28 O O30 V2V . . . H 2 182.677 213.46 124.151 1 83.69 ? O30 V2V 601 D 1 
HETATM 29 O O31 V2V . . . H 2 183.466 210.886 124.737 1 90.78 ? O31 V2V 601 D 1 
HETATM 30 O O32 V2V . . . H 2 182.21 211.971 127.906 1 91.53 ? O32 V2V 601 D 1 
HETATM 31 O O33 V2V . . . H 2 188.177 217.825 127.08 1 85.83 ? O33 V2V 601 D 1 
HETATM 32 O O34 V2V . . . H 2 190.644 218.03 127.285 1 97.08 ? O34 V2V 601 D 1 
HETATM 33 P P16 V2V . . . H 2 188.207 212.376 126.123 1 99.94 ? P16 V2V 601 D 1 
HETATM 34 P P20 V2V . . . H 2 186.545 210.477 127.609 1 95.99 ? P20 V2V 601 D 1 
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