data_8VAL # _model_server_result.job_id MLrK8FjggrMXv9sTCuZePQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 03:52:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8val # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":403}' # _entry.id 8VAL # _exptl.entry_id 8VAL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 66.007 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8VAL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8VAL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 9 L N N ? 9 P N N ? 9 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 B OG1 THR 55 B THR 52 1_555 M MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.794 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 67 B CYS 64 1_555 J ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 76 B CYS 73 1_555 J ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 79 B CYS 76 1_555 J ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 82 B CYS 79 1_555 J ZN ZN . B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc6 K O1B ADP . B ADP 402 1_555 M MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.831 ? metalc ? metalc7 C OG1 THR 55 C THR 52 1_555 Q MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.804 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 67 C CYS 64 1_555 N ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 76 C CYS 73 1_555 N ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc10 C SG CYS 79 C CYS 76 1_555 N ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 82 C CYS 79 1_555 N ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc12 C OD2 ASP 129 C ASP 126 1_555 Q MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc13 O O1B ADP . C ADP 402 1_555 Q MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc14 D OG1 THR 55 D THR 52 1_555 U MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.835 ? metalc ? metalc15 D SG CYS 67 D CYS 64 1_555 R ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc16 D SG CYS 76 D CYS 73 1_555 R ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc17 D SG CYS 79 D CYS 76 1_555 R ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc18 D SG CYS 82 D CYS 79 1_555 R ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc19 S O1B ADP . D ADP 402 1_555 U MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc20 E SG CYS 53 E CYS 50 1_555 V ZN ZN . E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 62 E CYS 59 1_555 V ZN ZN . E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc22 E SG CYS 65 E CYS 62 1_555 V ZN ZN . E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc23 E SG CYS 68 E CYS 65 1_555 V ZN ZN . E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 H N1 DG 1 H DG 1 1_555 I N3 DC 30 I DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 H N2 DG 1 H DG 1 1_555 I O2 DC 30 I DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 H O6 DG 1 H DG 1 1_555 I N4 DC 30 I DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 H N3 DC 2 H DC 2 1_555 I N1 DG 29 I DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 H N4 DC 2 H DC 2 1_555 I O6 DG 29 I DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 H O2 DC 2 H DC 2 1_555 I N2 DG 29 I DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 H N1 DA 3 H DA 3 1_555 I N3 DT 28 I DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 H N6 DA 3 H DA 3 1_555 I O4 DT 28 I DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 H N1 DG 4 H DG 4 1_555 I N3 DC 27 I DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 H N2 DG 4 H DG 4 1_555 I O2 DC 27 I DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 H O6 DG 4 H DG 4 1_555 I N4 DC 27 I DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 H N1 DA 5 H DA 5 1_555 I N3 DT 26 I DT 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 H N6 DA 5 H DA 5 1_555 I O4 DT 26 I DT 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 H N3 DC 6 H DC 6 1_555 I N1 DG 25 I DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 H N4 DC 6 H DC 6 1_555 I O6 DG 25 I DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 H O2 DC 6 H DC 6 1_555 I N2 DG 25 I DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 H N1 DA 7 H DA 7 1_555 I N3 DT 24 I DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 H N6 DA 7 H DA 7 1_555 I O4 DT 24 I DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 H N3 DC 8 H DC 8 1_555 I N1 DG 23 I DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 H N4 DC 8 H DC 8 1_555 I O6 DG 23 I DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 H O2 DC 8 H DC 8 1_555 I N2 DG 23 I DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 H N3 DT 9 H DT 9 1_555 I N1 DA 22 I DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 H O4 DT 9 H DT 9 1_555 I N6 DA 22 I DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 H N1 DA 10 H DA 10 1_555 I N3 DT 21 I DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 H N6 DA 10 H DA 10 1_555 I O4 DT 21 I DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 H N3 DC 11 H DC 11 1_555 I N1 DG 20 I DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 H N4 DC 11 H DC 11 1_555 I O6 DG 20 I DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 H O2 DC 11 H DC 11 1_555 I N2 DG 20 I DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 H N1 DG 12 H DG 12 1_555 I N3 DC 19 I DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 H N2 DG 12 H DG 12 1_555 I O2 DC 19 I DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 H O6 DG 12 H DG 12 1_555 I N4 DC 19 I DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 H N1 DA 13 H DA 13 1_555 I N3 DT 18 I DT 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 H N6 DA 13 H DA 13 1_555 I O4 DT 18 I DT 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 H N1 DG 14 H DG 14 1_555 I N3 DC 17 I DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 H N2 DG 14 H DG 14 1_555 I O2 DC 17 I DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 H O6 DG 14 H DG 14 1_555 I N4 DC 17 I DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 H N3 DT 15 H DT 15 1_555 I N1 DA 16 I DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 H O4 DT 15 H DT 15 1_555 I N6 DA 16 I DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 H N1 DA 16 H DA 16 1_555 I N3 DT 15 I DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 H N6 DA 16 H DA 16 1_555 I O4 DT 15 I DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 H N3 DC 17 H DC 17 1_555 I N1 DG 14 I DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 H N4 DC 17 H DC 17 1_555 I O6 DG 14 I DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 H O2 DC 17 H DC 17 1_555 I N2 DG 14 I DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 H N1 DA 18 H DA 18 1_555 I N3 DT 13 I DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 H N6 DA 18 H DA 18 1_555 I O4 DT 13 I DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 H N3 DT 19 H DT 19 1_555 I N1 DA 12 I DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 H O4 DT 19 H DT 19 1_555 I N6 DA 12 I DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 H N1 DA 20 H DA 20 1_555 I N3 DT 11 I DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 H N6 DA 20 H DA 20 1_555 I O4 DT 11 I DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Be F3 -1' _chem_comp.formula_weight 66.007 _chem_comp.id BEF _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag BE F1 BEF sing 114 n n BE F2 BEF sing 115 n n BE F3 BEF sing 116 n n # _atom_sites.entry_id 8VAL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 7 ZN B 1 401 418 ZN ZN . K 8 ADP B 1 402 400 ADP ADP . L 9 BEF B 1 403 401 BEF BEF . M 10 MG B 1 404 412 MG MG . N 7 ZN C 1 401 419 ZN ZN . O 8 ADP C 1 402 402 ADP ADP . P 9 BEF C 1 403 403 BEF BEF . Q 10 MG C 1 404 413 MG MG . R 7 ZN D 1 401 420 ZN ZN . S 8 ADP D 1 402 404 ADP ADP . T 9 BEF D 1 403 405 BEF BEF . U 10 MG D 1 404 414 MG MG . V 7 ZN E 1 401 421 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 BE BE BEF . . . T 9 126.94 144.66 108.931 1 72.27 ? BE BEF 403 D 1 HETATM 2 F F1 BEF . . . T 9 126.841 145.151 110.468 1 72.27 ? F1 BEF 403 D 1 HETATM 3 F F2 BEF . . . T 9 128.38 144.47 108.359 1 72.27 ? F2 BEF 403 D 1 HETATM 4 F F3 BEF . . . T 9 126.051 143.4 108.745 1 72.27 ? F3 BEF 403 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 51 _model_server_stats.query_time_ms 243 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 4 #