data_8VH8
#
_model_server_result.job_id            '_LV5ms5MqYbnnnGh-my1-A' 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-06 01:33:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8vh8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    8VH8 
#
_exptl.entry_id    8VH8 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VH8 
_cell.length_a            118.57 
_cell.length_b            118.57 
_cell.length_c            262.356 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VH8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        78 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 4cw' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,I,J,K,L,VA 1 1 
B,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,WA 2 1 
C,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,XA 3 1 
D,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,YA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 Y N N 
? 2 AA N N 
? 2 LA N N 
? 2 NA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 86 A ALA 178 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 89 A THR 181 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc3 A O VAL 92 A VAL 184 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 125 A ASP 217 1_555 G MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 125 A ASP 217 1_555 G MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 389 A ASP 481 1_555 E MN MN . A MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc7 E MN MN . A MN 701 1_555 F O2A UDP . A UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc8 E MN MN . A MN 701 1_555 F O1B UDP . A UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc9 E MN MN . A MN 701 1_555 VA O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc10 G MN MN . A MN 703 1_555 H O2A UDP . A UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc11 G MN MN . A MN 703 1_555 H O3B UDP . A UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc12 G MN MN . A MN 703 1_555 VA O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc13 B O ALA 86 B ALA 178 1_555 Q NA NA . B NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc14 B O THR 89 B THR 181 1_555 Q NA NA . B NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? 
metalc ? metalc15 B O VAL 92 B VAL 184 1_555 Q NA NA . B NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 125 B ASP 217 1_555 O MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 125 B ASP 217 1_555 O MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc18 B OD2 ASP 389 B ASP 481 1_555 M MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc19 M MN MN . B MN 701 1_555 N O2A UDP . B UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc20 M MN MN . B MN 701 1_555 N O1B UDP . B UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc21 M MN MN . B MN 701 1_555 WA O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc22 O MN MN . B MN 703 1_555 P O3B UDP . B UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc23 O MN MN . B MN 703 1_555 P O2A UDP . B UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc24 O MN MN . B MN 703 1_555 WA O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc25 C O ALA 86 C ALA 178 1_555 CA NA NA . C NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? 
metalc ? metalc26 C O THR 89 C THR 181 1_555 CA NA NA . C NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? 
metalc ? metalc27 C O VAL 92 C VAL 184 1_555 CA NA NA . C NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? 
metalc ? metalc28 C OD1 ASP 125 C ASP 217 1_555 AA MN MN . C MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc29 C OD2 ASP 125 C ASP 217 1_555 AA MN MN . C MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 389 C ASP 481 1_555 Y MN MN . C MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc31 Y MN MN . C MN 701 1_555 Z O2A UDP . C UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc32 Y MN MN . C MN 701 1_555 Z O1B UDP . C UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc33 Y MN MN . C MN 701 1_555 XA O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc34 AA MN MN . C MN 703 1_555 BA O2A UDP . C UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc35 AA MN MN . C MN 703 1_555 BA O3B UDP . C UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc36 AA MN MN . C MN 703 1_555 XA O HOH . C HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc37 D O ALA 86 D ALA 178 1_555 PA NA NA . D NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc38 D O THR 89 D THR 181 1_555 PA NA NA . D NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc39 D O VAL 92 D VAL 184 1_555 PA NA NA . D NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? 
metalc ? metalc40 D OD1 ASP 125 D ASP 217 1_555 NA MN MN . D MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc41 D OD2 ASP 125 D ASP 217 1_555 NA MN MN . D MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc42 D OD2 ASP 389 D ASP 481 1_555 LA MN MN . D MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc43 LA MN MN . D MN 701 1_555 MA O1B UDP . D UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc44 LA MN MN . D MN 701 1_555 MA O2A UDP . D UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc45 LA MN MN . D MN 701 1_555 YA O HOH . D HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc46 NA MN MN . D MN 703 1_555 OA O2A UDP . D UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc47 NA MN MN . D MN 703 1_555 OA O3B UDP . D UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc48 NA MN MN . D MN 703 1_555 YA O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8VH8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008434 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008434 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003812 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MN A 1 701 701 MN MN . 
F 3 UDP A 1 702 702 UDP UDP . 
G 2 MN A 1 703 703 MN MN . 
H 3 UDP A 1 704 704 UDP UDP . 
I 4 NA A 1 705 800 NA NA . 
J 5 CL A 1 706 1 CL CL . 
K 5 CL A 1 707 2 CL CL . 
L 5 CL A 1 708 3 CL CL . 
M 2 MN B 1 701 701 MN MN . 
N 3 UDP B 1 702 702 UDP UDP . 
O 2 MN B 1 703 703 MN MN . 
P 3 UDP B 1 704 704 UDP UDP . 
Q 4 NA B 1 705 800 NA NA . 
R 6 EDO B 1 706 806 EDO EDO . 
S 5 CL B 1 707 2 CL CL . 
T 7 CA B 1 708 1 CA CA . 
U 5 CL B 1 709 4 CL CL . 
V 5 CL B 1 710 5 CL CL . 
W 5 CL B 1 711 6 CL CL . 
X 6 EDO B 1 712 1 EDO EDO . 
Y 2 MN C 1 701 701 MN MN . 
Z 3 UDP C 1 702 702 UDP UDP . 
AA 2 MN C 1 703 703 MN MN . 
BA 3 UDP C 1 704 704 UDP UDP . 
CA 4 NA C 1 705 800 NA NA . 
DA 6 EDO C 1 706 809 EDO EDO . 
EA 5 CL C 1 707 7 CL CL . 
FA 5 CL C 1 708 8 CL CL . 
GA 5 CL C 1 709 9 CL CL . 
HA 5 CL C 1 710 10 CL CL . 
IA 5 CL C 1 711 11 CL CL . 
JA 5 CL C 1 712 12 CL CL . 
KA 5 CL C 1 713 13 CL CL . 
LA 2 MN D 1 701 701 MN MN . 
MA 3 UDP D 1 702 702 UDP UDP . 
NA 2 MN D 1 703 703 MN MN . 
OA 3 UDP D 1 704 704 UDP UDP . 
PA 4 NA D 1 705 800 NA NA . 
QA 6 EDO D 1 706 805 EDO EDO . 
RA 5 CL D 1 707 1 CL CL . 
SA 5 CL D 1 708 14 CL CL . 
TA 5 CL D 1 709 15 CL CL . 
UA 5 CL D 1 710 16 CL CL . 
VA 8 HOH A 1 801 710 HOH HOH . 
VA 8 HOH A 2 802 706 HOH HOH . 
VA 8 HOH A 3 803 5 HOH HOH . 
VA 8 HOH A 4 804 3 HOH HOH . 
VA 8 HOH A 5 805 1 HOH HOH . 
VA 8 HOH A 6 806 13 HOH HOH . 
WA 8 HOH B 1 801 706 HOH HOH . 
WA 8 HOH B 2 802 710 HOH HOH . 
WA 8 HOH B 3 803 6 HOH HOH . 
WA 8 HOH B 4 804 14 HOH HOH . 
WA 8 HOH B 5 805 12 HOH HOH . 
XA 8 HOH C 1 801 710 HOH HOH . 
XA 8 HOH C 2 802 706 HOH HOH . 
XA 8 HOH C 3 803 15 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 1 801 706 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 2 802 710 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 3 803 4 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 4 804 11 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 5 805 10 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 6 806 7 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 7 807 5 HOH HOH . 
YA 8 HOH D 8 808 6 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         M 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -51.835 
_atom_site.Cartn_y               91.016 
_atom_site.Cartn_z               -9.667 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        97.61 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           701 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              55 
_model_server_stats.parse_time_ms           35 
_model_server_stats.create_model_time_ms    30 
_model_server_stats.query_time_ms           252 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#