data_8VH8 # _model_server_result.job_id l79tY0ExxI6V45ILIKH1XA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 12:05:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8vh8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"CA","auth_seq_id":705}' # _entry.id 8VH8 # _exptl.entry_id 8VH8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8VH8 _cell.length_a 118.57 _cell.length_b 118.57 _cell.length_c 262.356 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8VH8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 78 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 4cw' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G,H,I,J,K,L,VA 1 1 B,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,WA 2 1 C,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,XA 3 1 D,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,YA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 Q N N ? 4 CA N N ? 4 PA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ALA 86 A ALA 178 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc2 A O THR 89 A THR 181 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc3 A O VAL 92 A VAL 184 1_555 I NA NA . A NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 125 A ASP 217 1_555 G MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 125 A ASP 217 1_555 G MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 389 A ASP 481 1_555 E MN MN . A MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc7 E MN MN . A MN 701 1_555 F O2A UDP . A UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc8 E MN MN . A MN 701 1_555 F O1B UDP . A UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc9 E MN MN . A MN 701 1_555 VA O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc10 G MN MN . A MN 703 1_555 H O2A UDP . A UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc11 G MN MN . A MN 703 1_555 H O3B UDP . A UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc12 G MN MN . A MN 703 1_555 VA O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc13 B O ALA 86 B ALA 178 1_555 Q NA NA . B NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc14 B O THR 89 B THR 181 1_555 Q NA NA . B NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? metalc ? metalc15 B O VAL 92 B VAL 184 1_555 Q NA NA . B NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 125 B ASP 217 1_555 O MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 125 B ASP 217 1_555 O MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 389 B ASP 481 1_555 M MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc19 M MN MN . B MN 701 1_555 N O2A UDP . B UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc20 M MN MN . B MN 701 1_555 N O1B UDP . B UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc21 M MN MN . B MN 701 1_555 WA O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc22 O MN MN . B MN 703 1_555 P O3B UDP . B UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc23 O MN MN . B MN 703 1_555 P O2A UDP . B UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc24 O MN MN . B MN 703 1_555 WA O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc25 C O ALA 86 C ALA 178 1_555 CA NA NA . C NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc26 C O THR 89 C THR 181 1_555 CA NA NA . C NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc27 C O VAL 92 C VAL 184 1_555 CA NA NA . C NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc28 C OD1 ASP 125 C ASP 217 1_555 AA MN MN . C MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc29 C OD2 ASP 125 C ASP 217 1_555 AA MN MN . C MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 389 C ASP 481 1_555 Y MN MN . C MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc31 Y MN MN . C MN 701 1_555 Z O2A UDP . C UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc32 Y MN MN . C MN 701 1_555 Z O1B UDP . C UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc33 Y MN MN . C MN 701 1_555 XA O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc34 AA MN MN . C MN 703 1_555 BA O2A UDP . C UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc35 AA MN MN . C MN 703 1_555 BA O3B UDP . C UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc36 AA MN MN . C MN 703 1_555 XA O HOH . C HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc37 D O ALA 86 D ALA 178 1_555 PA NA NA . D NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc38 D O THR 89 D THR 181 1_555 PA NA NA . D NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc39 D O VAL 92 D VAL 184 1_555 PA NA NA . D NA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc40 D OD1 ASP 125 D ASP 217 1_555 NA MN MN . D MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc41 D OD2 ASP 125 D ASP 217 1_555 NA MN MN . D MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc42 D OD2 ASP 389 D ASP 481 1_555 LA MN MN . D MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc43 LA MN MN . D MN 701 1_555 MA O1B UDP . D UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc44 LA MN MN . D MN 701 1_555 MA O2A UDP . D UDP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc45 LA MN MN . D MN 701 1_555 YA O HOH . D HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc46 NA MN MN . D MN 703 1_555 OA O2A UDP . D UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc47 NA MN MN . D MN 703 1_555 OA O3B UDP . D UDP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc48 NA MN MN . D MN 703 1_555 YA O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8VH8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008434 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008434 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003812 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MN A 1 701 701 MN MN . F 3 UDP A 1 702 702 UDP UDP . G 2 MN A 1 703 703 MN MN . H 3 UDP A 1 704 704 UDP UDP . I 4 NA A 1 705 800 NA NA . J 5 CL A 1 706 1 CL CL . K 5 CL A 1 707 2 CL CL . L 5 CL A 1 708 3 CL CL . M 2 MN B 1 701 701 MN MN . N 3 UDP B 1 702 702 UDP UDP . O 2 MN B 1 703 703 MN MN . P 3 UDP B 1 704 704 UDP UDP . Q 4 NA B 1 705 800 NA NA . R 6 EDO B 1 706 806 EDO EDO . S 5 CL B 1 707 2 CL CL . T 7 CA B 1 708 1 CA CA . U 5 CL B 1 709 4 CL CL . V 5 CL B 1 710 5 CL CL . W 5 CL B 1 711 6 CL CL . X 6 EDO B 1 712 1 EDO EDO . Y 2 MN C 1 701 701 MN MN . Z 3 UDP C 1 702 702 UDP UDP . AA 2 MN C 1 703 703 MN MN . BA 3 UDP C 1 704 704 UDP UDP . CA 4 NA C 1 705 800 NA NA . DA 6 EDO C 1 706 809 EDO EDO . EA 5 CL C 1 707 7 CL CL . FA 5 CL C 1 708 8 CL CL . GA 5 CL C 1 709 9 CL CL . HA 5 CL C 1 710 10 CL CL . IA 5 CL C 1 711 11 CL CL . JA 5 CL C 1 712 12 CL CL . KA 5 CL C 1 713 13 CL CL . LA 2 MN D 1 701 701 MN MN . MA 3 UDP D 1 702 702 UDP UDP . NA 2 MN D 1 703 703 MN MN . OA 3 UDP D 1 704 704 UDP UDP . PA 4 NA D 1 705 800 NA NA . QA 6 EDO D 1 706 805 EDO EDO . RA 5 CL D 1 707 1 CL CL . SA 5 CL D 1 708 14 CL CL . TA 5 CL D 1 709 15 CL CL . UA 5 CL D 1 710 16 CL CL . VA 8 HOH A 1 801 710 HOH HOH . VA 8 HOH A 2 802 706 HOH HOH . VA 8 HOH A 3 803 5 HOH HOH . VA 8 HOH A 4 804 3 HOH HOH . VA 8 HOH A 5 805 1 HOH HOH . VA 8 HOH A 6 806 13 HOH HOH . WA 8 HOH B 1 801 706 HOH HOH . WA 8 HOH B 2 802 710 HOH HOH . WA 8 HOH B 3 803 6 HOH HOH . WA 8 HOH B 4 804 14 HOH HOH . WA 8 HOH B 5 805 12 HOH HOH . XA 8 HOH C 1 801 710 HOH HOH . XA 8 HOH C 2 802 706 HOH HOH . XA 8 HOH C 3 803 15 HOH HOH . YA 8 HOH D 1 801 706 HOH HOH . YA 8 HOH D 2 802 710 HOH HOH . YA 8 HOH D 3 803 4 HOH HOH . YA 8 HOH D 4 804 11 HOH HOH . YA 8 HOH D 5 805 10 HOH HOH . YA 8 HOH D 6 806 7 HOH HOH . YA 8 HOH D 7 807 5 HOH HOH . YA 8 HOH D 8 808 6 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id CA _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 46.961 _atom_site.Cartn_y 84.293 _atom_site.Cartn_z 7.787 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 72.13 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 705 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 73 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 64 _model_server_stats.query_time_ms 324 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #