data_8VHQ
#
_model_server_result.job_id            nH63OmKZ4T8LPqmw_qjaSw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 07:54:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8vhq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":803}' 
#
_entry.id    8VHQ 
#
_exptl.entry_id    8VHQ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VHQ 
_cell.length_a            112.695 
_cell.length_b            139.929 
_cell.length_c            300.766 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VHQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 L N N 
? 4 Q N N 
? 4 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O1G DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc2 E O2B DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc3 E O2A DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1A ATP . A ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 802 1_555 G O2G ATP . A ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1B ATP . A ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc7 H O1G DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc8 H O1B DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc9 H O1A DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc10 J O1G DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc11 J O2B DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc12 J O2A DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1A ATP . B ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 802 1_555 L O2G ATP . B ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1B ATP . B ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc16 M O1G DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc17 M O1B DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc18 M O1A DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc19 O O1G DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc20 O O2B DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc21 O O2A DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc22 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O2G ATP . C ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc23 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1B ATP . C ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc24 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1A ATP . C ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc25 R O1G DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc26 R O1B DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc27 R O1A DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc28 T O1G DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc29 T O2B DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc30 T O2A DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc31 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1B ATP . D ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc32 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1A ATP . D ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc33 U MG MG . D MG 802 1_555 V O2G ATP . D ATP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc34 W O1G DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc35 W O1B DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc36 W O1A DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 70 n n 
PG O2G ATP sing 71 n n 
PG O3G ATP sing 72 n n 
PG O3B ATP sing 73 n n 
O2G HOG2 ATP sing 74 n n 
O3G HOG3 ATP sing 75 n n 
PB O1B ATP doub 76 n n 
PB O2B ATP sing 77 n n 
PB O3B ATP sing 78 n n 
PB O3A ATP sing 79 n n 
O2B HOB2 ATP sing 80 n n 
PA O1A ATP doub 81 n n 
PA O2A ATP sing 82 n n 
PA O3A ATP sing 83 n n 
PA O5' ATP sing 84 n n 
O2A HOA2 ATP sing 85 n n 
O5' C5' ATP sing 86 n n 
C5' C4' ATP sing 87 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 88 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 89 n n 
C4' O4' ATP sing 90 n n 
C4' C3' ATP sing 91 n n 
C4' H4' ATP sing 92 n n 
O4' C1' ATP sing 93 n n 
C3' O3' ATP sing 94 n n 
C3' C2' ATP sing 95 n n 
C3' H3' ATP sing 96 n n 
O3' HO3' ATP sing 97 n n 
C2' O2' ATP sing 98 n n 
C2' C1' ATP sing 99 n n 
C2' H2' ATP sing 100 n n 
O2' HO2' ATP sing 101 n n 
C1' N9 ATP sing 102 n n 
C1' H1' ATP sing 103 n n 
N9 C8 ATP sing 104 n y 
N9 C4 ATP sing 105 n y 
C8 N7 ATP doub 106 n y 
C8 H8 ATP sing 107 n n 
N7 C5 ATP sing 108 n y 
C5 C6 ATP sing 109 n y 
C5 C4 ATP doub 110 n y 
C6 N6 ATP sing 111 n n 
C6 N1 ATP doub 112 n y 
N6 HN61 ATP sing 113 n n 
N6 HN62 ATP sing 114 n n 
N1 C2 ATP sing 115 n y 
C2 N3 ATP doub 116 n y 
C2 H2 ATP sing 117 n n 
N3 C4 ATP sing 118 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8VHQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008874 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007146 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003325 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DTP A 1 801 801 DTP DTP . 
F 3 MG A 1 802 802 MG MG . 
G 4 ATP A 1 803 803 ATP ATP . 
H 2 DTP A 1 804 804 DTP DTP . 
I 3 MG A 1 805 805 MG MG . 
J 2 DTP B 1 801 801 DTP DTP . 
K 3 MG B 1 802 802 MG MG . 
L 4 ATP B 1 803 803 ATP ATP . 
M 2 DTP B 1 804 804 DTP DTP . 
N 3 MG B 1 805 805 MG MG . 
O 2 DTP C 1 801 801 DTP DTP . 
P 3 MG C 1 802 802 MG MG . 
Q 4 ATP C 1 803 803 ATP ATP . 
R 2 DTP C 1 804 804 DTP DTP . 
S 3 MG C 1 805 805 MG MG . 
T 2 DTP D 1 801 801 DTP DTP . 
U 3 MG D 1 802 802 MG MG . 
V 4 ATP D 1 803 803 ATP ATP . 
W 2 DTP D 1 804 804 DTP DTP . 
X 3 MG D 1 805 805 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ATP . . . V 4 15.443 0.117 113.936 1 170.38 ? PG ATP 803 D 1 
HETATM 2 O O1G ATP . . . V 4 16.785 0.611 114.366 1 169.59 ? O1G ATP 803 D 1 
HETATM 3 O O2G ATP . . . V 4 14.901 0.86 112.712 1 168.39 -1 O2G ATP 803 D 1 
HETATM 4 O O3G ATP . . . V 4 14.398 0.194 115.05 1 171.91 ? O3G ATP 803 D 1 
HETATM 5 P PB ATP . . . V 4 15.293 -2.189 112.148 1 154.24 ? PB ATP 803 D 1 
HETATM 6 O O1B ATP . . . V 4 15.893 -1.428 111.026 1 156.46 -1 O1B ATP 803 D 1 
HETATM 7 O O2B ATP . . . V 4 15.928 -3.573 112.248 1 152.33 ? O2B ATP 803 D 1 
HETATM 8 O O3B ATP . . . V 4 15.531 -1.421 113.525 1 104.73 ? O3B ATP 803 D 1 
HETATM 9 P PA ATP . . . V 4 12.71 -1.639 110.925 1 132.78 ? PA ATP 803 D 1 
HETATM 10 O O1A ATP . . . V 4 13.178 -0.258 110.667 1 125.1 -1 O1A ATP 803 D 1 
HETATM 11 O O2A ATP . . . V 4 11.343 -1.596 111.602 1 139.3 ? O2A ATP 803 D 1 
HETATM 12 O O3A ATP . . . V 4 13.728 -2.37 111.909 1 157.93 ? O3A ATP 803 D 1 
HETATM 13 O O5' ATP . . . V 4 12.58 -2.534 109.6 1 140.59 ? O5' ATP 803 D 1 
HETATM 14 C C5' ATP . . . V 4 13.725 -3.101 108.928 1 138.49 ? C5' ATP 803 D 1 
HETATM 15 C C4' ATP . . . V 4 13.294 -3.716 107.619 1 133.11 ? C4' ATP 803 D 1 
HETATM 16 O O4' ATP . . . V 4 12.264 -4.702 107.856 1 134.12 ? O4' ATP 803 D 1 
HETATM 17 C C3' ATP . . . V 4 12.725 -2.746 106.584 1 133.83 ? C3' ATP 803 D 1 
HETATM 18 O O3' ATP . . . V 4 13.11 -3.12 105.266 1 132.86 ? O3' ATP 803 D 1 
HETATM 19 C C2' ATP . . . V 4 11.216 -2.871 106.797 1 135.34 ? C2' ATP 803 D 1 
HETATM 20 O O2' ATP . . . V 4 10.488 -2.584 105.609 1 133.05 ? O2' ATP 803 D 1 
HETATM 21 C C1' ATP . . . V 4 11.08 -4.347 107.167 1 133.75 ? C1' ATP 803 D 1 
HETATM 22 N N9 ATP . . . V 4 9.942 -4.638 108.032 1 143.08 ? N9 ATP 803 D 1 
HETATM 23 C C8 ATP . . . V 4 9.461 -3.859 109.051 1 145.05 ? C8 ATP 803 D 1 
HETATM 24 N N7 ATP . . . V 4 8.421 -4.366 109.668 1 148.75 ? N7 ATP 803 D 1 
HETATM 25 C C5 ATP . . . V 4 8.202 -5.567 109.01 1 148.35 ? C5 ATP 803 D 1 
HETATM 26 C C6 ATP . . . V 4 7.245 -6.583 109.184 1 149.6 ? C6 ATP 803 D 1 
HETATM 27 N N6 ATP . . . V 4 6.286 -6.551 110.114 1 147.42 ? N6 ATP 803 D 1 
HETATM 28 N N1 ATP . . . V 4 7.305 -7.651 108.359 1 148.03 ? N1 ATP 803 D 1 
HETATM 29 C C2 ATP . . . V 4 8.262 -7.689 107.427 1 145.96 ? C2 ATP 803 D 1 
HETATM 30 N N3 ATP . . . V 4 9.217 -6.793 107.167 1 145.58 ? N3 ATP 803 D 1 
HETATM 31 C C4 ATP . . . V 4 9.133 -5.748 107.998 1 144.38 ? C4 ATP 803 D 1 
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