data_8VHR
#
_model_server_result.job_id            PmkxaUC59_B3716arHL6oQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 15:05:29' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8vhr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":803}' 
#
_entry.id    8VHR 
#
_exptl.entry_id    8VHR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VHR 
_cell.length_a            113.576 
_cell.length_b            141.078 
_cell.length_c            301.877 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VHR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 L N N 
? 4 Q N N 
? 4 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O1G DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc2 E O2B DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc3 E O2A DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 802 1_555 G O2G GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1B GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1A GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc7 H O1G DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc8 H O1B DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc9 H O1A DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc10 J O1G DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc11 J O2B DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc12 J O2A DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1B GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1A GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 802 1_555 L O2G GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc16 M O1G DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc17 M O1B DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc18 M O1A DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc19 O O1G DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc20 O O2B DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc21 O O2A DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc22 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1B GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc23 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1A GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc24 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O2G GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc25 R O1G DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc26 R O1B DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc27 R O1A DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc28 T O1G DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc29 T O2B DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc30 T O2A DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc31 U MG MG . D MG 802 1_555 V O2G GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc32 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1B GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc33 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1A GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc34 W O1G DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc35 W O1B DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc36 W O1A DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 177 n n 
PG O2G GTP sing 178 n n 
PG O3G GTP sing 179 n n 
PG O3B GTP sing 180 n n 
O2G HOG2 GTP sing 181 n n 
O3G HOG3 GTP sing 182 n n 
O3B PB GTP sing 183 n n 
PB O1B GTP doub 184 n n 
PB O2B GTP sing 185 n n 
PB O3A GTP sing 186 n n 
O2B HOB2 GTP sing 187 n n 
O3A PA GTP sing 188 n n 
PA O1A GTP doub 189 n n 
PA O2A GTP sing 190 n n 
PA O5' GTP sing 191 n n 
O2A HOA2 GTP sing 192 n n 
O5' C5' GTP sing 193 n n 
C5' C4' GTP sing 194 n n 
C5' H5' GTP sing 195 n n 
C5' "H5''" GTP sing 196 n n 
C4' O4' GTP sing 197 n n 
C4' C3' GTP sing 198 n n 
C4' H4' GTP sing 199 n n 
O4' C1' GTP sing 200 n n 
C3' O3' GTP sing 201 n n 
C3' C2' GTP sing 202 n n 
C3' H3' GTP sing 203 n n 
O3' HO3' GTP sing 204 n n 
C2' O2' GTP sing 205 n n 
C2' C1' GTP sing 206 n n 
C2' H2' GTP sing 207 n n 
O2' HO2' GTP sing 208 n n 
C1' N9 GTP sing 209 n n 
C1' H1' GTP sing 210 n n 
N9 C8 GTP sing 211 n y 
N9 C4 GTP sing 212 n y 
C8 N7 GTP doub 213 n y 
C8 H8 GTP sing 214 n n 
N7 C5 GTP sing 215 n y 
C5 C6 GTP sing 216 n n 
C5 C4 GTP doub 217 n y 
C6 O6 GTP doub 218 n n 
C6 N1 GTP sing 219 n n 
N1 C2 GTP sing 220 n n 
N1 HN1 GTP sing 221 n n 
C2 N2 GTP sing 222 n n 
C2 N3 GTP doub 223 n n 
N2 HN21 GTP sing 224 n n 
N2 HN22 GTP sing 225 n n 
N3 C4 GTP sing 226 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8VHR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008805 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007088 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003313 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DTP A 1 801 801 DTP DTP . 
F 3 MG A 1 802 802 MG MG . 
G 4 GTP A 1 803 803 GTP GTP . 
H 2 DTP A 1 804 804 DTP DTP . 
I 3 MG A 1 805 805 MG MG . 
J 2 DTP B 1 801 801 DTP DTP . 
K 3 MG B 1 802 802 MG MG . 
L 4 GTP B 1 803 803 GTP GTP . 
M 2 DTP B 1 804 804 DTP DTP . 
N 3 MG B 1 805 805 MG MG . 
O 2 DTP C 1 801 801 DTP DTP . 
P 3 MG C 1 802 802 MG MG . 
Q 4 GTP C 1 803 803 GTP GTP . 
R 2 DTP C 1 804 804 DTP DTP . 
S 3 MG C 1 805 805 MG MG . 
T 2 DTP D 1 801 801 DTP DTP . 
U 3 MG D 1 802 802 MG MG . 
V 4 GTP D 1 803 803 GTP GTP . 
W 2 DTP D 1 804 804 DTP DTP . 
X 3 MG D 1 805 805 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . V 4 -15.569 0.479 -114.399 1 209.96 ? PG GTP 803 D 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . V 4 -16.95 0.868 -114.815 1 210.65 ? O1G GTP 803 D 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . V 4 -15.09 1.232 -113.153 1 205.11 -1 O2G GTP 803 D 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . V 4 -14.537 0.68 -115.51 1 211.77 ? O3G GTP 803 D 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . V 4 -15.522 -1.071 -114.03 1 251.87 ? O3B GTP 803 D 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . V 4 -15.401 -1.849 -112.643 1 186.02 ? PB GTP 803 D 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . V 4 -16.027 -1.056 -111.559 1 188.68 -1 O1B GTP 803 D 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . V 4 -16.098 -3.203 -112.776 1 182.02 ? O2B GTP 803 D 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . V 4 -13.861 -2.097 -112.313 1 275.08 ? O3A GTP 803 D 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . V 4 -12.843 -1.341 -111.346 1 204.17 ? PA GTP 803 D 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . V 4 -13.291 0.058 -111.153 1 205.28 -1 O1A GTP 803 D 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . V 4 -11.467 -1.347 -112.009 1 202.1 ? O2A GTP 803 D 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . V 4 -12.744 -2.18 -109.984 1 198.65 ? O5' GTP 803 D 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . V 4 -13.838 -2.882 -109.356 1 193.31 ? C5' GTP 803 D 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . V 4 -13.348 -3.588 -108.115 1 185.63 ? C4' GTP 803 D 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . V 4 -12.29 -4.51 -108.461 1 184.13 ? O4' GTP 803 D 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . V 4 -12.789 -2.683 -107.016 1 181.68 ? C3' GTP 803 D 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . V 4 -13.169 -3.149 -105.726 1 179.96 ? O3' GTP 803 D 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . V 4 -11.277 -2.772 -107.236 1 183.57 ? C2' GTP 803 D 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . V 4 -10.552 -2.57 -106.028 1 184.84 ? O2' GTP 803 D 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . V 4 -11.125 -4.214 -107.716 1 184.02 ? C1' GTP 803 D 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . V 4 -9.955 -4.416 -108.587 1 184.79 ? N9 GTP 803 D 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . V 4 -9.491 -3.566 -109.558 1 184.27 ? C8 GTP 803 D 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . V 4 -8.419 -4.013 -110.172 1 184.88 ? N7 GTP 803 D 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . V 4 -8.164 -5.233 -109.567 1 187 ? C5 GTP 803 D 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . V 4 -7.135 -6.204 -109.799 1 186.44 ? C6 GTP 803 D 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . V 4 -6.221 -6.138 -110.619 1 184.38 ? O6 GTP 803 D 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . V 4 -7.255 -7.3 -108.967 1 187.63 ? N1 GTP 803 D 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . V 4 -8.23 -7.47 -108.021 1 188.24 ? C2 GTP 803 D 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . V 4 -8.193 -8.597 -107.308 1 187.52 ? N2 GTP 803 D 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . V 4 -9.191 -6.577 -107.791 1 187.5 ? N3 GTP 803 D 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . V 4 -9.103 -5.495 -108.589 1 186.84 ? C4 GTP 803 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              53 
_model_server_stats.parse_time_ms           19 
_model_server_stats.create_model_time_ms    29 
_model_server_stats.query_time_ms           281 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           32 
#