data_8VHR # _model_server_result.job_id 9Np9VOLwRfFNKb5xCmTYMg _model_server_result.datetime_utc '2025-02-26 07:05:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8vhr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":804}' # _entry.id 8VHR # _exptl.entry_id 8VHR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 491.182 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8VHR _cell.length_a 113.576 _cell.length_b 141.078 _cell.length_c 301.877 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8VHR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 M N N ? 2 O N N ? 2 R N N ? 2 T N N ? 2 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 E O1G DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc2 E O2B DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc3 E O2A DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 802 1_555 G O2G GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1B GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1A GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc7 H O1G DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc8 H O1B DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc9 H O1A DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc10 J O1G DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc11 J O2B DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc12 J O2A DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1B GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1A GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 802 1_555 L O2G GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc16 M O1G DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc17 M O1B DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc18 M O1A DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc19 O O1G DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc20 O O2B DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc21 O O2A DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc22 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1B GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? metalc ? metalc23 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1A GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc24 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O2G GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc25 R O1G DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc26 R O1B DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc27 R O1A DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc28 T O1G DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc29 T O2B DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc30 T O2A DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc31 U MG MG . D MG 802 1_555 V O2G GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc32 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1B GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc33 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1A GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc34 W O1G DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc35 W O1B DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc36 W O1A DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 491.182 _chem_comp.id DTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DTP doub 83 n n PG O2G DTP sing 84 n n PG O3G DTP sing 85 n n PG O3B DTP sing 86 n n O2G HOG2 DTP sing 87 n n O3G HOG3 DTP sing 88 n n PB O1B DTP doub 89 n n PB O2B DTP sing 90 n n PB O3B DTP sing 91 n n PB O3A DTP sing 92 n n O2B HOB2 DTP sing 93 n n PA O1A DTP doub 94 n n PA O2A DTP sing 95 n n PA O3A DTP sing 96 n n PA O5' DTP sing 97 n n O2A HOA2 DTP sing 98 n n O5' C5' DTP sing 99 n n C5' C4' DTP sing 100 n n C5' "H5'1" DTP sing 101 n n C5' "H5'2" DTP sing 102 n n C4' O4' DTP sing 103 n n C4' C3' DTP sing 104 n n C4' H4' DTP sing 105 n n O4' C1' DTP sing 106 n n C3' O3' DTP sing 107 n n C3' C2' DTP sing 108 n n C3' H3' DTP sing 109 n n O3' HO3' DTP sing 110 n n C2' C1' DTP sing 111 n n C2' "H2'1" DTP sing 112 n n C2' "H2'2" DTP sing 113 n n C1' N9 DTP sing 114 n n C1' H1' DTP sing 115 n n N9 C8 DTP sing 116 n y N9 C4 DTP sing 117 n y C8 N7 DTP doub 118 n y C8 H8 DTP sing 119 n n N7 C5 DTP sing 120 n y C5 C6 DTP sing 121 n y C5 C4 DTP doub 122 n y C6 N6 DTP sing 123 n n C6 N1 DTP doub 124 n y N6 HN61 DTP sing 125 n n N6 HN62 DTP sing 126 n n N1 C2 DTP sing 127 n y C2 N3 DTP doub 128 n y C2 H2 DTP sing 129 n n N3 C4 DTP sing 130 n y # _atom_sites.entry_id 8VHR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008805 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007088 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003313 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DTP A 1 801 801 DTP DTP . F 3 MG A 1 802 802 MG MG . G 4 GTP A 1 803 803 GTP GTP . H 2 DTP A 1 804 804 DTP DTP . I 3 MG A 1 805 805 MG MG . J 2 DTP B 1 801 801 DTP DTP . K 3 MG B 1 802 802 MG MG . L 4 GTP B 1 803 803 GTP GTP . M 2 DTP B 1 804 804 DTP DTP . N 3 MG B 1 805 805 MG MG . O 2 DTP C 1 801 801 DTP DTP . P 3 MG C 1 802 802 MG MG . Q 4 GTP C 1 803 803 GTP GTP . R 2 DTP C 1 804 804 DTP DTP . S 3 MG C 1 805 805 MG MG . T 2 DTP D 1 801 801 DTP DTP . U 3 MG D 1 802 802 MG MG . V 4 GTP D 1 803 803 GTP GTP . W 2 DTP D 1 804 804 DTP DTP . X 3 MG D 1 805 805 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DTP . . . H 2 -31.471 28.083 -116.072 1 118.17 ? PG DTP 804 A 1 HETATM 2 O O1G DTP . . . H 2 -30.887 28.471 -117.395 1 115.47 ? O1G DTP 804 A 1 HETATM 3 O O2G DTP . . . H 2 -30.785 26.864 -115.451 1 110.18 -1 O2G DTP 804 A 1 HETATM 4 O O3G DTP . . . H 2 -31.457 29.228 -115.055 1 120 ? O3G DTP 804 A 1 HETATM 5 P PB DTP . . . H 2 -33.968 27.728 -117.519 1 117.75 ? PB DTP 804 A 1 HETATM 6 O O1B DTP . . . H 2 -33.835 29.038 -118.203 1 126.66 -1 O1B DTP 804 A 1 HETATM 7 O O2B DTP . . . H 2 -35.403 27.503 -117.054 1 111.52 ? O2B DTP 804 A 1 HETATM 8 O O3B DTP . . . H 2 -33.001 27.676 -116.254 1 90.27 ? O3B DTP 804 A 1 HETATM 9 P PA DTP . . . H 2 -32.602 26.514 -119.778 1 107.22 ? PA DTP 804 A 1 HETATM 10 O O1A DTP . . . H 2 -32.382 27.894 -120.275 1 117 -1 O1A DTP 804 A 1 HETATM 11 O O2A DTP . . . H 2 -33.281 25.666 -120.851 1 94.67 ? O2A DTP 804 A 1 HETATM 12 O O3A DTP . . . H 2 -33.573 26.55 -118.516 1 76.56 ? O3A DTP 804 A 1 HETATM 13 O O5' DTP . . . H 2 -31.267 25.774 -119.341 1 95.02 ? O5' DTP 804 A 1 HETATM 14 C C5' DTP . . . H 2 -31.252 24.457 -118.755 1 95.57 ? C5' DTP 804 A 1 HETATM 15 C C4' DTP . . . H 2 -30.273 23.587 -119.501 1 91.91 ? C4' DTP 804 A 1 HETATM 16 O O4' DTP . . . H 2 -30.491 22.21 -119.14 1 95.62 ? O4' DTP 804 A 1 HETATM 17 C C3' DTP . . . H 2 -30.418 23.62 -121.014 1 99.51 ? C3' DTP 804 A 1 HETATM 18 O O3' DTP . . . H 2 -29.189 23.229 -121.627 1 97.71 ? O3' DTP 804 A 1 HETATM 19 C C2' DTP . . . H 2 -31.504 22.58 -121.253 1 106.51 ? C2' DTP 804 A 1 HETATM 20 C C1' DTP . . . H 2 -31.309 21.58 -120.119 1 104.13 ? C1' DTP 804 A 1 HETATM 21 N N9 DTP . . . H 2 -32.541 21.149 -119.47 1 110.33 ? N9 DTP 804 A 1 HETATM 22 C C8 DTP . . . H 2 -33.641 21.916 -119.189 1 109.86 ? C8 DTP 804 A 1 HETATM 23 N N7 DTP . . . H 2 -34.604 21.27 -118.579 1 110.36 ? N7 DTP 804 A 1 HETATM 24 C C5 DTP . . . H 2 -34.104 19.982 -118.449 1 112.23 ? C5 DTP 804 A 1 HETATM 25 C C6 DTP . . . H 2 -34.638 18.811 -117.881 1 119.33 ? C6 DTP 804 A 1 HETATM 26 N N6 DTP . . . H 2 -35.845 18.742 -117.314 1 128.52 ? N6 DTP 804 A 1 HETATM 27 N N1 DTP . . . H 2 -33.877 17.695 -117.913 1 117.87 ? N1 DTP 804 A 1 HETATM 28 C C2 DTP . . . H 2 -32.666 17.758 -118.476 1 114.01 ? C2 DTP 804 A 1 HETATM 29 N N3 DTP . . . H 2 -32.058 18.804 -119.042 1 109.77 ? N3 DTP 804 A 1 HETATM 30 C C4 DTP . . . H 2 -32.834 19.893 -118.996 1 110.62 ? C4 DTP 804 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 51 _model_server_stats.parse_time_ms 34 _model_server_stats.create_model_time_ms 26 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 30 #