data_8VHR
#
_model_server_result.job_id            ngRjIP5yDehQpRF81t1xww 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 00:37:19' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8vhr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":804}' 
#
_entry.id    8VHR 
#
_exptl.entry_id    8VHR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              491.182 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VHR 
_cell.length_a            113.576 
_cell.length_b            141.078 
_cell.length_c            301.877 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VHR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 R N N 
? 2 T N N 
? 2 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O1G DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc2 E O2B DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc3 E O2A DTP . A DTP 801 1_555 F MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 802 1_555 G O2G GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1B GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 802 1_555 G O1A GTP . A GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc7 H O1G DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc8 H O1B DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc9 H O1A DTP . A DTP 804 1_555 I MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc10 J O1G DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc11 J O2B DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc12 J O2A DTP . B DTP 801 1_555 K MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1B GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 802 1_555 L O1A GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 802 1_555 L O2G GTP . B GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc16 M O1G DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc17 M O1B DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc18 M O1A DTP . B DTP 804 1_555 N MG MG . B MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc19 O O1G DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc20 O O2B DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc21 O O2A DTP . C DTP 801 1_555 P MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc22 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1B GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc23 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O1A GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc24 P MG MG . C MG 802 1_555 Q O2G GTP . C GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc25 R O1G DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc26 R O1B DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc27 R O1A DTP . C DTP 804 1_555 S MG MG . C MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc28 T O1G DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc29 T O2B DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc30 T O2A DTP . D DTP 801 1_555 U MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc31 U MG MG . D MG 802 1_555 V O2G GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc32 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1B GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc33 U MG MG . D MG 802 1_555 V O1A GTP . D GTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc34 W O1G DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc35 W O1B DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc36 W O1A DTP . D DTP 804 1_555 X MG MG . D MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    491.182 
_chem_comp.id                DTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DTP doub 83 n n 
PG O2G DTP sing 84 n n 
PG O3G DTP sing 85 n n 
PG O3B DTP sing 86 n n 
O2G HOG2 DTP sing 87 n n 
O3G HOG3 DTP sing 88 n n 
PB O1B DTP doub 89 n n 
PB O2B DTP sing 90 n n 
PB O3B DTP sing 91 n n 
PB O3A DTP sing 92 n n 
O2B HOB2 DTP sing 93 n n 
PA O1A DTP doub 94 n n 
PA O2A DTP sing 95 n n 
PA O3A DTP sing 96 n n 
PA O5' DTP sing 97 n n 
O2A HOA2 DTP sing 98 n n 
O5' C5' DTP sing 99 n n 
C5' C4' DTP sing 100 n n 
C5' "H5'1" DTP sing 101 n n 
C5' "H5'2" DTP sing 102 n n 
C4' O4' DTP sing 103 n n 
C4' C3' DTP sing 104 n n 
C4' H4' DTP sing 105 n n 
O4' C1' DTP sing 106 n n 
C3' O3' DTP sing 107 n n 
C3' C2' DTP sing 108 n n 
C3' H3' DTP sing 109 n n 
O3' HO3' DTP sing 110 n n 
C2' C1' DTP sing 111 n n 
C2' "H2'1" DTP sing 112 n n 
C2' "H2'2" DTP sing 113 n n 
C1' N9 DTP sing 114 n n 
C1' H1' DTP sing 115 n n 
N9 C8 DTP sing 116 n y 
N9 C4 DTP sing 117 n y 
C8 N7 DTP doub 118 n y 
C8 H8 DTP sing 119 n n 
N7 C5 DTP sing 120 n y 
C5 C6 DTP sing 121 n y 
C5 C4 DTP doub 122 n y 
C6 N6 DTP sing 123 n n 
C6 N1 DTP doub 124 n y 
N6 HN61 DTP sing 125 n n 
N6 HN62 DTP sing 126 n n 
N1 C2 DTP sing 127 n y 
C2 N3 DTP doub 128 n y 
C2 H2 DTP sing 129 n n 
N3 C4 DTP sing 130 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8VHR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008805 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007088 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003313 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DTP A 1 801 801 DTP DTP . 
F 3 MG A 1 802 802 MG MG . 
G 4 GTP A 1 803 803 GTP GTP . 
H 2 DTP A 1 804 804 DTP DTP . 
I 3 MG A 1 805 805 MG MG . 
J 2 DTP B 1 801 801 DTP DTP . 
K 3 MG B 1 802 802 MG MG . 
L 4 GTP B 1 803 803 GTP GTP . 
M 2 DTP B 1 804 804 DTP DTP . 
N 3 MG B 1 805 805 MG MG . 
O 2 DTP C 1 801 801 DTP DTP . 
P 3 MG C 1 802 802 MG MG . 
Q 4 GTP C 1 803 803 GTP GTP . 
R 2 DTP C 1 804 804 DTP DTP . 
S 3 MG C 1 805 805 MG MG . 
T 2 DTP D 1 801 801 DTP DTP . 
U 3 MG D 1 802 802 MG MG . 
V 4 GTP D 1 803 803 GTP GTP . 
W 2 DTP D 1 804 804 DTP DTP . 
X 3 MG D 1 805 805 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DTP . . . M 2 -44.887 20.567 -150.836 1 105.72 ? PG DTP 804 B 1 
HETATM 2 O O1G DTP . . . M 2 -45.618 20.399 -149.54 1 103.67 ? O1G DTP 804 B 1 
HETATM 3 O O2G DTP . . . M 2 -44.421 19.238 -151.437 1 100.44 -1 O2G DTP 804 B 1 
HETATM 4 O O3G DTP . . . M 2 -45.702 21.325 -151.886 1 107.19 ? O3G DTP 804 B 1 
HETATM 5 P PB DTP . . . M 2 -43.126 22.364 -149.387 1 106.7 ? PB DTP 804 B 1 
HETATM 6 O O1B DTP . . . M 2 -44.315 23.043 -148.818 1 121.91 -1 O1B DTP 804 B 1 
HETATM 7 O O2B DTP . . . M 2 -42.112 23.388 -149.893 1 97.64 ? O2B DTP 804 B 1 
HETATM 8 O O3B DTP . . . M 2 -43.568 21.429 -150.599 1 72.64 ? O3B DTP 804 B 1 
HETATM 9 P PA DTP . . . M 2 -43 20.852 -146.913 1 111.38 ? PA DTP 804 B 1 
HETATM 10 O O1A DTP . . . M 2 -44.273 21.529 -146.566 1 121.32 -1 O1A DTP 804 B 1 
HETATM 11 O O2A DTP . . . M 2 -41.962 21.111 -145.824 1 105.21 ? O2A DTP 804 B 1 
HETATM 12 O O3A DTP . . . M 2 -42.435 21.456 -148.275 1 67.42 ? O3A DTP 804 B 1 
HETATM 13 O O5' DTP . . . M 2 -43.146 19.279 -147.09 1 78.99 ? O5' DTP 804 B 1 
HETATM 14 C C5' DTP . . . M 2 -42.151 18.453 -147.726 1 79.94 ? C5' DTP 804 B 1 
HETATM 15 C C4' DTP . . . M 2 -42.135 17.093 -147.078 1 81.84 ? C4' DTP 804 B 1 
HETATM 16 O O4' DTP . . . M 2 -40.946 16.387 -147.482 1 91.86 ? O4' DTP 804 B 1 
HETATM 17 C C3' DTP . . . M 2 -42.079 17.11 -145.558 1 78.02 ? C3' DTP 804 B 1 
HETATM 18 O O3' DTP . . . M 2 -42.591 15.884 -145.036 1 61.63 ? O3' DTP 804 B 1 
HETATM 19 C C2' DTP . . . M 2 -40.586 17.231 -145.293 1 91.64 ? C2' DTP 804 B 1 
HETATM 20 C C1' DTP . . . M 2 -39.941 16.531 -146.485 1 96.91 ? C1' DTP 804 B 1 
HETATM 21 N N9 DTP . . . M 2 -38.818 17.249 -147.076 1 97.57 ? N9 DTP 804 B 1 
HETATM 22 C C8 DTP . . . M 2 -38.729 18.596 -147.315 1 90.43 ? C8 DTP 804 B 1 
HETATM 23 N N7 DTP . . . M 2 -37.603 18.968 -147.873 1 96.33 ? N7 DTP 804 B 1 
HETATM 24 C C5 DTP . . . M 2 -36.897 17.782 -148.011 1 103.51 ? C5 DTP 804 B 1 
HETATM 25 C C6 DTP . . . M 2 -35.626 17.492 -148.54 1 110.85 ? C6 DTP 804 B 1 
HETATM 26 N N6 DTP . . . M 2 -34.807 18.412 -149.058 1 112.56 ? N6 DTP 804 B 1 
HETATM 27 N N1 DTP . . . M 2 -35.22 16.203 -148.527 1 111.45 ? N1 DTP 804 B 1 
HETATM 28 C C2 DTP . . . M 2 -36.039 15.276 -148.019 1 108.27 ? C2 DTP 804 B 1 
HETATM 29 N N3 DTP . . . M 2 -37.258 15.43 -147.496 1 107.24 ? N3 DTP 804 B 1 
HETATM 30 C C4 DTP . . . M 2 -37.632 16.714 -147.522 1 103.34 ? C4 DTP 804 B 1 
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