data_8VIZ
#
_model_server_result.job_id            7iOtv3Qkar1as26DbmP1xA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-07 09:40:50' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8viz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":804}' 
#
_entry.id    8VIZ 
#
_exptl.entry_id    8VIZ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VIZ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VIZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 I N N 
? 4 K N N 
? 4 M N N 
? 4 O N N 
? 4 Q N N 
? 4 S N N 
? 4 T N N 
? 4 U N N 
? 4 V N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 Y N N 
? 4 Z N N 
? 4 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLU 72 A GLU 72 1_555 A N HIC 73 A HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale2 A C HIC 73 A HIC 73 1_555 A N GLY 74 A GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale3 B C GLU 72 B GLU 72 1_555 B N HIC 73 B HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale4 B C HIC 73 B HIC 73 1_555 B N GLY 74 B GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale5 C C GLU 72 C GLU 72 1_555 C N HIC 73 C HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale6 C C HIC 73 C HIC 73 1_555 C N GLY 74 C GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale7 D C GLU 72 D GLU 72 1_555 D N HIC 73 D HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale8 D C HIC 73 D HIC 73 1_555 D N GLY 74 D GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 E C GLU 72 E GLU 72 1_555 E N HIC 73 E HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale10 E C HIC 73 E HIC 73 1_555 E N GLY 74 E GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale11 F C GLU 72 F GLU 72 1_555 F N HIC 73 F HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale12 F C HIC 73 F HIC 73 1_555 F N GLY 74 F GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
metalc ? metalc1 H O3B ADP . A ADP 401 1_555 I CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc2 J O3B ADP . B ADP 401 1_555 K CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc3 L O3B ADP . C ADP 401 1_555 M CA CA . C CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc4 L O2A ADP . C ADP 401 1_555 M CA CA . C CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? 
metalc ? metalc5 N O3B ADP . D ADP 401 1_555 O CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc6 P O3B ADP . E ADP 401 1_555 Q CA CA . E CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc7 F OE1 GLN 137 F GLN 137 1_555 S CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.175 ? 
metalc ? metalc8 F OE2 GLU 167 F GLU 167 1_555 Z CA CA . G CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc9 R O2G ATP . F ATP 401 1_555 S CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc10 R O1B ATP . F ATP 401 1_555 S CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc11 G O GLY 48 G GLY 65 1_555 T CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc12 G OD1 ASP 49 G ASP 66 1_555 T CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? 
metalc ? metalc13 G OE1 GLU 80 G GLU 97 1_555 T CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? 
metalc ? metalc14 G OE2 GLU 80 G GLU 97 1_555 T CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc15 G OD1 ASP 92 G ASP 109 1_555 Z CA CA . G CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? 
metalc ? metalc16 G OD2 ASP 92 G ASP 109 1_555 Z CA CA . G CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc17 G O ALA 99 G ALA 116 1_555 Z CA CA . G CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc18 G O VAL 128 G VAL 145 1_555 T CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc19 G O GLY 169 G GLY 186 1_555 U CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc20 G OD1 ASP 170 G ASP 187 1_555 U CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc21 G OE1 GLU 192 G GLU 209 1_555 U CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.058 ? 
metalc ? metalc22 G OE2 GLU 192 G GLU 209 1_555 U CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? 
metalc ? metalc23 G OD1 ASP 242 G ASP 259 1_555 U CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc24 G OD2 ASP 242 G ASP 259 1_555 U CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc25 G O GLU 285 G GLU 302 1_555 V CA CA . G CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc26 G OD1 ASP 286 G ASP 303 1_555 V CA CA . G CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? 
metalc ? metalc27 G OE1 GLU 310 G GLU 327 1_555 V CA CA . G CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? 
metalc ? metalc28 G OE2 GLU 310 G GLU 327 1_555 V CA CA . G CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc29 G O GLY 427 G GLY 444 1_555 W CA CA . G CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc30 G OE1 GLU 458 G GLU 475 1_555 W CA CA . G CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? 
metalc ? metalc31 G OE2 GLU 458 G GLU 475 1_555 W CA CA . G CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc32 G OD1 ASP 470 G ASP 487 1_555 AA CA CA . G CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? 
metalc ? metalc33 G OD2 ASP 470 G ASP 487 1_555 AA CA CA . G CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc34 G O GLY 475 G GLY 492 1_555 AA CA CA . G CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc35 G O PRO 477 G PRO 494 1_555 AA CA CA . G CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc36 G O THR 507 G THR 524 1_555 W CA CA . G CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc37 G OD1 ASN 547 G ASN 564 1_555 X CA CA . G CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc38 G OE2 GLU 570 G GLU 587 1_555 X CA CA . G CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc39 G O ASP 652 G ASP 669 1_555 Y CA CA . G CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc40 G OD1 ASP 653 G ASP 670 1_555 Y CA CA . G CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.189 ? 
metalc ? metalc41 G OE2 GLU 675 G GLU 692 1_555 Y CA CA . G CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8VIZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 3 ADP A 1 401 401 ADP ADP . 
I 4 CA A 1 402 402 CA CA . 
J 3 ADP B 1 401 401 ADP ADP . 
K 4 CA B 1 402 402 CA CA . 
L 3 ADP C 1 401 401 ADP ADP . 
M 4 CA C 1 402 402 CA CA . 
N 3 ADP D 1 401 401 ADP ADP . 
O 4 CA D 1 402 402 CA CA . 
P 3 ADP E 1 401 401 ADP ADP . 
Q 4 CA E 1 402 402 CA CA . 
R 5 ATP F 1 401 401 ATP ATP . 
S 4 CA F 1 402 402 CA CA . 
T 4 CA G 1 801 801 CA CA . 
U 4 CA G 1 802 802 CA CA . 
V 4 CA G 1 803 803 CA CA . 
W 4 CA G 1 804 804 CA CA . 
X 4 CA G 1 805 805 CA CA . 
Y 4 CA G 1 806 806 CA CA . 
Z 4 CA G 1 807 807 CA CA . 
AA 4 CA G 1 808 808 CA CA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         W 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               243.899 
_atom_site.Cartn_y               263.566 
_atom_site.Cartn_z               200.619 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        95.29 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           804 
_atom_site.auth_asym_id          G 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              17 
_model_server_stats.parse_time_ms           19 
_model_server_stats.create_model_time_ms    29 
_model_server_stats.query_time_ms           349 
_model_server_stats.encode_time_ms          14 
_model_server_stats.element_count           1 
#