data_8VPY
#
_model_server_result.job_id            vKWC7vqgFaBEg1a5pKG2TQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-12 15:25:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8vpy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":102}' 
#
_entry.id    8VPY 
#
_exptl.entry_id    8VPY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              32.042 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            METHANOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    10 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         104.44 
_cell.angle_beta          90.22 
_cell.angle_gamma         104.74 
_cell.entry_id            8VPY 
_cell.length_a            22.434 
_cell.length_b            22.492 
_cell.length_c            31.23 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VPY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 1' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,O 1 1 
B,G,H,P 2 1 
C,I,J,K,L,M,Q 3 1 
D,N,R 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C16 A1ADF 1 A A1ADF 1 1_555 A N LEU 2 A LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? 
covale ? covale2 A C ALA 3 A ALA 3 1_555 A N AIB 4 A AIB 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale3 A C AIB 4 A AIB 4 1_555 A N ALA 5 A ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale4 A C ALA 5 A ALA 5 1_555 A N AIB 6 A AIB 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale5 A C AIB 6 A AIB 6 1_555 A N ALA 7 A ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale6 A C ALA 7 A ALA 7 1_555 A N AIB 8 A AIB 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale7 A C AIB 8 A AIB 8 1_555 A N LEU 9 A LEU 9 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale8 A C AIB 8 A AIB 8 1_555 A N LEU 9 A LEU 9 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale9 A C LEU 9 A LEU 9 1_555 A N AIB 10 A AIB 10 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale10 A C LEU 9 A LEU 9 1_555 A N AIB 10 A AIB 10 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale11 A C AIB 10 A AIB 10 1_555 A N ALA 11 A ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale12 A C ALA 11 A ALA 11 1_555 A N AIB 12 A AIB 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale13 A C AIB 12 A AIB 12 1_555 A N LEU 13 A LEU 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale14 A C LEU 13 A LEU 13 1_555 A N AIB 14 A AIB 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale15 A C AIB 14 A AIB 14 1_555 A N GLN 15 A GLN 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale16 A C GLN 15 A GLN 15 1_555 A N AIB 16 A AIB 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale17 A C AIB 16 A AIB 16 1_555 A N LEU 17 A LEU 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale18 A C LEU 17 A LEU 17 1_555 A N15 I77 18 A I77 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? 
covale ? covale19 B C16 A1ADF 1 B A1ADF 1 1_555 B N LEU 2 B LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? 
covale ? covale20 B C ALA 3 B ALA 3 1_555 B N AIB 4 B AIB 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale21 B C AIB 4 B AIB 4 1_555 B N ALA 5 B ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale22 B C ALA 5 B ALA 5 1_555 B N AIB 6 B AIB 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale23 B C AIB 6 B AIB 6 1_555 B N ALA 7 B ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale24 B C ALA 7 B ALA 7 1_555 B N AIB 8 B AIB 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale25 B C AIB 8 B AIB 8 1_555 B N LEU 9 B LEU 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale26 B C LEU 9 B LEU 9 1_555 B N AIB 10 B AIB 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale27 B C AIB 10 B AIB 10 1_555 B N ALA 11 B ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale28 B C ALA 11 B ALA 11 1_555 B N AIB 12 B AIB 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale29 B C AIB 12 B AIB 12 1_555 B N LEU 13 B LEU 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale30 B C LEU 13 B LEU 13 1_555 B N AIB 14 B AIB 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale31 B C AIB 14 B AIB 14 1_555 B N GLN 15 B GLN 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale32 B C GLN 15 B GLN 15 1_555 B N AIB 16 B AIB 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale33 B C AIB 16 B AIB 16 1_555 B N LEU 17 B LEU 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale34 B C LEU 17 B LEU 17 1_555 B N15 I77 18 B I77 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.42 ? 
covale ? covale35 C C16 A1ADF 1 C A1ADF 1 1_555 C N LEU 2 C LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? 
covale ? covale36 C C ALA 3 C ALA 3 1_555 C N AIB 4 C AIB 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale37 C C AIB 4 C AIB 4 1_555 C N ALA 5 C ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale38 C C ALA 5 C ALA 5 1_555 C N AIB 6 C AIB 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale39 C C AIB 6 C AIB 6 1_555 C N ALA 7 C ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale40 C C ALA 7 C ALA 7 1_555 C N AIB 8 C AIB 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale41 C C AIB 8 C AIB 8 1_555 C N LEU 9 C LEU 9 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale42 C C AIB 8 C AIB 8 1_555 C N LEU 9 C LEU 9 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale43 C C LEU 9 C LEU 9 1_555 C N AIB 10 C AIB 10 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale44 C C LEU 9 C LEU 9 1_555 C N AIB 10 C AIB 10 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale45 C C AIB 10 C AIB 10 1_555 C N ALA 11 C ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale46 C C ALA 11 C ALA 11 1_555 C N AIB 12 C AIB 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale47 C C AIB 12 C AIB 12 1_555 C N LEU 13 C LEU 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale48 C C LEU 13 C LEU 13 1_555 C N AIB 14 C AIB 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale49 C C AIB 14 C AIB 14 1_555 C N GLN 15 C GLN 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale50 C C GLN 15 C GLN 15 1_555 C N AIB 16 C AIB 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale51 C C AIB 16 C AIB 16 1_555 C N LEU 17 C LEU 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale52 C C LEU 17 C LEU 17 1_555 C N15 I77 18 C I77 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? 
covale ? covale53 D C16 A1ADF 1 D A1ADF 1 1_555 D N LEU 2 D LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? 
covale ? covale54 D C ALA 3 D ALA 3 1_555 D N AIB 4 D AIB 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale55 D C AIB 4 D AIB 4 1_555 D N ALA 5 D ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale56 D C ALA 5 D ALA 5 1_555 D N AIB 6 D AIB 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale57 D C AIB 6 D AIB 6 1_555 D N ALA 7 D ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale58 D C ALA 7 D ALA 7 1_555 D N AIB 8 D AIB 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale59 D C AIB 8 D AIB 8 1_555 D N LEU 9 D LEU 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale60 D C LEU 9 D LEU 9 1_555 D N AIB 10 D AIB 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale61 D C AIB 10 D AIB 10 1_555 D N ALA 11 D ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale62 D C ALA 11 D ALA 11 1_555 D N AIB 12 D AIB 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale63 D C AIB 12 D AIB 12 1_555 D N LEU 13 D LEU 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale64 D C LEU 13 D LEU 13 1_555 D N AIB 14 D AIB 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale65 D C AIB 14 D AIB 14 1_555 D N GLN 15 D GLN 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale66 D C GLN 15 D GLN 15 1_555 D N AIB 16 D AIB 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale67 D C AIB 16 D AIB 16 1_555 D N LEU 17 D LEU 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale68 D C LEU 17 D LEU 17 1_555 D N15 I77 18 D I77 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? 
#
_chem_comp.formula           'C H4 O' 
_chem_comp.formula_weight    32.042 
_chem_comp.id                MOH 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              METHANOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C O MOH sing 137 n n 
C H1 MOH sing 138 n n 
C H2 MOH sing 139 n n 
C H3 MOH sing 140 n n 
O HO MOH sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8VPY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.044575 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.011727 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00332 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.045973 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.012321 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.033151 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MOH A 1 101 30 MOH MOH . 
F 2 MOH A 1 102 31 MOH MOH . 
G 2 MOH B 1 101 28 MOH MOH . 
H 2 MOH B 1 102 32 MOH MOH . 
I 2 MOH C 1 101 26 MOH MOH . 
J 2 MOH C 1 102 27 MOH MOH . 
K 2 MOH C 1 103 33 MOH MOH . 
L 2 MOH C 1 104 34 MOH MOH . 
M 2 MOH C 1 105 35 MOH MOH . 
N 2 MOH D 1 101 29 MOH MOH . 
O 3 HOH A 1 201 23 HOH HOH . 
O 3 HOH A 2 202 6 HOH HOH . 
O 3 HOH A 3 203 8 HOH HOH . 
O 3 HOH A 4 204 2 HOH HOH . 
O 3 HOH A 5 205 22 HOH HOH . 
O 3 HOH A 6 206 20 HOH HOH . 
O 3 HOH A 7 207 21 HOH HOH . 
P 3 HOH B 1 201 3 HOH HOH . 
P 3 HOH B 2 202 10 HOH HOH . 
P 3 HOH B 3 203 13 HOH HOH . 
P 3 HOH B 4 204 12 HOH HOH . 
P 3 HOH B 5 205 17 HOH HOH . 
P 3 HOH B 6 206 15 HOH HOH . 
P 3 HOH B 7 207 16 HOH HOH . 
P 3 HOH B 8 208 18 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 1 201 7 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 2 202 1 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 3 203 9 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 4 204 24 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 5 205 14 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 6 206 19 HOH HOH . 
Q 3 HOH C 7 207 25 HOH HOH . 
R 3 HOH D 1 201 4 HOH HOH . 
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R 3 HOH D 3 203 11 HOH HOH . 
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