data_8VWY # _model_server_result.job_id u1Fx4Mln5KU6hXTKb-RZgw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 19:29:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8vwy # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":203}' # _entry.id 8VWY # _exptl.entry_id 8VWY _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8VWY _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8VWY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 4 1_555 A SG CYS 29 A CYS 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 54 A CYS 54 1_555 A SG CYS 86 A CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 A SG CYS 170 A CYS 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 146 A CYS 146 1_555 A SG CYS 172 A CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 152 A CYS 152 1_555 A SG CYS 163 A CYS 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 E SG CYS 4 B CYS 4 1_555 E SG CYS 29 B CYS 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 E SG CYS 54 B CYS 54 1_555 E SG CYS 86 B CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf8 E SG CYS 142 B CYS 142 1_555 E SG CYS 170 B CYS 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 E SG CYS 146 B CYS 146 1_555 E SG CYS 172 B CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 E SG CYS 152 B CYS 152 1_555 E SG CYS 163 B CYS 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf11 F SG CYS 4 C CYS 4 1_555 F SG CYS 29 C CYS 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 54 C CYS 54 1_555 F SG CYS 86 C CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf13 F SG CYS 142 C CYS 142 1_555 F SG CYS 170 C CYS 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf14 F SG CYS 146 C CYS 146 1_555 F SG CYS 172 C CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf15 F SG CYS 152 C CYS 152 1_555 F SG CYS 163 C CYS 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc1 B OD2 ASP 78 E ASP 72 1_555 M CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc2 B OD2 ASP 93 E ASP 87 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc3 B OD1 ASP 93 E ASP 87 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc4 B OD1 ASP 95 E ASP 89 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.06 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 95 E ASP 89 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.113 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 99 E ASP 93 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 99 E ASP 93 1_555 J CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc8 G CA CA . E CA 201 1_555 C OD2 ASP 93 H ASP 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? metalc ? metalc9 G CA CA . E CA 201 1_555 C OD2 ASP 99 H ASP 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc10 G CA CA . E CA 201 1_555 D OD2 ASP 93 I ASP 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc11 G CA CA . E CA 201 1_555 D OD2 ASP 99 I ASP 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc12 H CA CA . E CA 202 1_555 C OD1 ASP 95 H ASP 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? metalc ? metalc13 H CA CA . E CA 202 1_555 C OD2 ASP 95 H ASP 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.136 ? metalc ? metalc14 H CA CA . E CA 202 1_555 D OD1 ASP 95 I ASP 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? metalc ? metalc15 H CA CA . E CA 202 1_555 D OD2 ASP 95 I ASP 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.182 ? metalc ? metalc16 I CA CA . E CA 203 1_555 C OD1 ASP 93 H ASP 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.102 ? metalc ? metalc17 I CA CA . E CA 203 1_555 D OD1 ASP 93 I ASP 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 78 H ASP 72 1_555 L CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc19 C OD1 ASP 99 H ASP 93 1_555 J CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc20 J CA CA . H CA 201 1_555 D OD1 ASP 99 I ASP 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc21 D OD2 ASP 78 I ASP 72 1_555 K CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8VWY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 CA E 1 201 2 CA CA . H 3 CA E 1 202 3 CA CA . I 3 CA E 1 203 4 CA CA . J 3 CA H 1 201 1 CA CA . K 3 CA I 1 201 5 CA CA . L 3 CA B 1 301 6 CA CA . M 3 CA C 1 301 7 CA CA . N 4 HOH E 1 301 4 HOH HOH . N 4 HOH E 2 302 10 HOH HOH . N 4 HOH E 3 303 6 HOH HOH . N 4 HOH E 4 304 9 HOH HOH . O 4 HOH I 1 301 7 HOH HOH . O 4 HOH I 2 302 3 HOH HOH . O 4 HOH I 3 303 2 HOH HOH . O 4 HOH I 4 304 8 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 98.146 _atom_site.Cartn_y 97.96 _atom_site.Cartn_z 74.738 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 66.57 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 203 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 305 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #