data_8VZJ # _model_server_result.job_id ddfKtkFSO-IAUroqpRILsQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:16:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8vzj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8VZJ # _exptl.entry_id 8VZJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 425.314 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'THIAMINE DIPHOSPHATE' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 134.53 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8VZJ _cell.length_a 324.22 _cell.length_b 77.84 _cell.length_c 229.55 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8VZJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2y' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,I,J,K,L,M,N,O,P,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,NA,OA 1 1 C,D,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,PA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 I N N ? 2 M N N ? 2 Q N N ? 2 U N N ? 2 X N N ? 2 AA N N ? 2 EA N N ? 2 IA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 444 A ASP 441 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 472 A ASN 469 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? metalc ? metalc3 A O GLY 474 A GLY 471 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc4 I O2A TPP . A TPP 601 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc5 I O2B TPP . A TPP 601 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASP 444 B ASP 441 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASN 472 B ASN 469 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc8 B O GLY 474 B GLY 471 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc9 M O2A TPP . B TPP 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc10 M O1B TPP . B TPP 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc11 C OD1 ASP 444 C ASP 441 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASN 472 C ASN 469 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc13 C O GLY 474 C GLY 471 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc ? metalc14 Q O2A TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc15 Q O3A TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? metalc ? metalc16 Q O1B TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? metalc ? metalc17 T MG MG . C MG 604 1_555 MA O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 444 D ASP 441 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASN 472 D ASN 469 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc20 D O GLY 474 D GLY 471 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc21 U O2A TPP . D TPP 601 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc22 U O2B TPP . D TPP 601 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc23 E OD1 ASP 444 E ASP 441 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc24 E OD1 ASN 472 E ASN 469 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc25 E O GLY 474 E GLY 471 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc26 X O2A TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc27 X O3A TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc28 X O2B TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc29 Z MG MG . E MG 603 1_555 NA O HOH . E HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc30 F OD1 ASP 444 F ASP 441 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc31 F OD1 ASN 472 F ASN 469 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc32 F O GLY 474 F GLY 471 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc33 AA O2A TPP . F TPP 601 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc34 AA O1B TPP . F TPP 601 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc35 DA MG MG . F MG 604 1_555 OA O HOH . F HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc36 G OD1 ASP 444 G ASP 441 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc37 G OD1 ASN 472 G ASN 469 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc38 G O GLY 474 G GLY 471 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc39 EA O2A TPP . G TPP 601 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc40 EA O1B TPP . G TPP 601 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc41 HA MG MG . G MG 604 1_555 PA O HOH . G HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc42 H OD1 ASP 444 H ASP 441 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc43 H OD1 ASN 472 H ASN 469 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? metalc ? metalc44 H O GLY 474 H GLY 471 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? metalc ? metalc45 IA O2A TPP . H TPP 601 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc46 IA O2B TPP . H TPP 601 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? # _chem_comp.formula 'C12 H19 N4 O7 P2 S 1' _chem_comp.formula_weight 425.314 _chem_comp.id TPP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'THIAMINE DIPHOSPHATE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1' C2' TPP doub 372 n y N1' C6' TPP sing 373 n y C2' CM2 TPP sing 374 n n C2' N3' TPP sing 375 n y CM2 HM21 TPP sing 376 n n CM2 HM22 TPP sing 377 n n CM2 HM23 TPP sing 378 n n N3' C4' TPP doub 379 n y C4' N4' TPP sing 380 n n C4' C5' TPP sing 381 n y N4' HN41 TPP sing 382 n n N4' HN42 TPP sing 383 n n C5' C6' TPP doub 384 n y C5' C7' TPP sing 385 n n C6' H6' TPP sing 386 n n C7' N3 TPP sing 387 n n C7' "H7'1" TPP sing 388 n n C7' "H7'2" TPP sing 389 n n N3 C2 TPP doub 390 n y N3 C4 TPP sing 391 n y C2 S1 TPP sing 392 n y C2 H2 TPP sing 393 n n S1 C5 TPP sing 394 n y C5 C4 TPP doub 395 n y C5 C6 TPP sing 396 n n C4 CM4 TPP sing 397 n n CM4 HM41 TPP sing 398 n n CM4 HM42 TPP sing 399 n n CM4 HM43 TPP sing 400 n n C6 C7 TPP sing 401 n n C6 H61 TPP sing 402 n n C6 H62 TPP sing 403 n n C7 O7 TPP sing 404 n n C7 H71 TPP sing 405 n n C7 H72 TPP sing 406 n n O7 PA TPP sing 407 n n PA O1A TPP doub 408 n n PA O2A TPP sing 409 n n PA O3A TPP sing 410 n n O2A HOA2 TPP sing 411 n n O3A PB TPP sing 412 n n PB O1B TPP doub 413 n n PB O2B TPP sing 414 n n PB O3B TPP sing 415 n n O2B HOB2 TPP sing 416 n n O3B HOB3 TPP sing 417 n n # _atom_sites.entry_id 8VZJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003084 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003034 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012847 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006111 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 TPP A 1 601 601 TPP TPP . J 3 ADP A 1 602 602 ADP ADP . K 4 GOL A 1 603 611 GOL GOL . L 5 MG A 1 604 1 MG MG . M 2 TPP B 1 601 601 TPP TPP . N 3 ADP B 1 602 602 ADP ADP . O 4 GOL B 1 603 611 GOL GOL . P 5 MG B 1 604 2 MG MG . Q 2 TPP C 1 601 601 TPP TPP . R 3 ADP C 1 602 602 ADP ADP . S 6 EDO C 1 603 611 EDO EDO . T 5 MG C 1 604 5 MG MG . U 2 TPP D 1 601 601 TPP TPP . V 3 ADP D 1 602 602 ADP ADP . W 5 MG D 1 603 6 MG MG . X 2 TPP E 1 601 601 TPP TPP . Y 3 ADP E 1 602 602 ADP ADP . Z 5 MG E 1 603 3 MG MG . AA 2 TPP F 1 601 601 TPP TPP . BA 3 ADP F 1 602 602 ADP ADP . CA 6 EDO F 1 603 611 EDO EDO . DA 5 MG F 1 604 4 MG MG . EA 2 TPP G 1 601 601 TPP TPP . FA 3 ADP G 1 602 602 ADP ADP . GA 6 EDO G 1 603 611 EDO EDO . HA 5 MG G 1 604 7 MG MG . IA 2 TPP H 1 601 601 TPP TPP . JA 3 ADP H 1 602 602 ADP ADP . KA 6 EDO H 1 603 611 EDO EDO . LA 5 MG H 1 604 8 MG MG . MA 7 HOH C 1 701 8 HOH HOH . NA 7 HOH E 1 701 6 HOH HOH . OA 7 HOH F 1 701 7 HOH HOH . OA 7 HOH F 2 702 4 HOH HOH . PA 7 HOH G 1 701 9 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1' TPP . . . I 2 62.926 -8.923 14.622 1 51.56 ? N1' TPP 601 A 1 HETATM 2 C C2' TPP . . . I 2 63.568 -8.766 15.789 1 49.48 ? C2' TPP 601 A 1 HETATM 3 C CM2 TPP . . . I 2 63.061 -7.705 16.711 1 48.98 ? CM2 TPP 601 A 1 HETATM 4 N N3' TPP . . . I 2 64.623 -9.477 16.198 1 52.07 ? N3' TPP 601 A 1 HETATM 5 C C4' TPP . . . I 2 65.09 -10.435 15.379 1 51.08 ? C4' TPP 601 A 1 HETATM 6 N N4' TPP . . . I 2 66.146 -11.136 15.803 1 51.63 ? N4' TPP 601 A 1 HETATM 7 C C5' TPP . . . I 2 64.473 -10.685 14.118 1 49.58 ? C5' TPP 601 A 1 HETATM 8 C C6' TPP . . . I 2 63.398 -9.88 13.818 1 50.53 ? C6' TPP 601 A 1 HETATM 9 C C7' TPP . . . I 2 64.957 -11.736 13.157 1 51.26 ? C7' TPP 601 A 1 HETATM 10 N N3 TPP . . . I 2 66.3 -11.435 12.608 1 53.06 ? N3 TPP 601 A 1 HETATM 11 C C2 TPP . . . I 2 67.417 -11.95 13.078 1 51.65 ? C2 TPP 601 A 1 HETATM 12 S S1 TPP . . . I 2 68.767 -11.396 12.255 1 56.16 ? S1 TPP 601 A 1 HETATM 13 C C5 TPP . . . I 2 67.785 -10.417 11.225 1 54.21 ? C5 TPP 601 A 1 HETATM 14 C C4 TPP . . . I 2 66.483 -10.547 11.549 1 53.89 ? C4 TPP 601 A 1 HETATM 15 C CM4 TPP . . . I 2 65.319 -9.875 10.908 1 52.96 ? CM4 TPP 601 A 1 HETATM 16 C C6 TPP . . . I 2 68.395 -9.564 10.149 1 54.95 ? C6 TPP 601 A 1 HETATM 17 C C7 TPP . . . I 2 69.283 -10.341 9.207 1 57.3 ? C7 TPP 601 A 1 HETATM 18 O O7 TPP . . . I 2 69.612 -9.489 8.082 1 56.79 ? O7 TPP 601 A 1 HETATM 19 P PA TPP . . . I 2 70.807 -8.463 8.067 1 54.29 ? PA TPP 601 A 1 HETATM 20 O O1A TPP . . . I 2 70.746 -7.551 9.229 1 54.98 ? O1A TPP 601 A 1 HETATM 21 O O2A TPP . . . I 2 70.812 -7.765 6.713 1 54.66 ? O2A TPP 601 A 1 HETATM 22 O O3A TPP . . . I 2 72.089 -9.398 8.116 1 57.27 ? O3A TPP 601 A 1 HETATM 23 P PB TPP . . . I 2 72.952 -10.322 7.158 1 60.51 ? PB TPP 601 A 1 HETATM 24 O O1B TPP . . . I 2 72.221 -11.572 6.809 1 57.84 ? O1B TPP 601 A 1 HETATM 25 O O2B TPP . . . I 2 73.253 -9.431 5.946 1 56.69 ? O2B TPP 601 A 1 HETATM 26 O O3B TPP . . . I 2 74.248 -10.567 7.934 1 64.47 ? O3B TPP 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 88 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 58 _model_server_stats.query_time_ms 298 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 26 #