data_8VZJ # _model_server_result.job_id qRja-1Er6Zh04bYVllDENQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:16:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8vzj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":603}' # _entry.id 8VZJ # _exptl.entry_id 8VZJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 134.53 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8VZJ _cell.length_a 324.22 _cell.length_b 77.84 _cell.length_c 229.55 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8VZJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2y' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,I,J,K,L,M,N,O,P,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,NA,OA 1 1 C,D,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,PA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 K N N ? 4 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 444 A ASP 441 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 472 A ASN 469 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? metalc ? metalc3 A O GLY 474 A GLY 471 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc4 I O2A TPP . A TPP 601 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc5 I O2B TPP . A TPP 601 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASP 444 B ASP 441 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASN 472 B ASN 469 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc8 B O GLY 474 B GLY 471 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc9 M O2A TPP . B TPP 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc10 M O1B TPP . B TPP 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc11 C OD1 ASP 444 C ASP 441 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASN 472 C ASN 469 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc13 C O GLY 474 C GLY 471 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc ? metalc14 Q O2A TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc15 Q O3A TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? metalc ? metalc16 Q O1B TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? metalc ? metalc17 T MG MG . C MG 604 1_555 MA O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 444 D ASP 441 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASN 472 D ASN 469 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc20 D O GLY 474 D GLY 471 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc21 U O2A TPP . D TPP 601 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc22 U O2B TPP . D TPP 601 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc23 E OD1 ASP 444 E ASP 441 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc24 E OD1 ASN 472 E ASN 469 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc25 E O GLY 474 E GLY 471 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc26 X O2A TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc27 X O3A TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc28 X O2B TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc29 Z MG MG . E MG 603 1_555 NA O HOH . E HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc30 F OD1 ASP 444 F ASP 441 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc31 F OD1 ASN 472 F ASN 469 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc32 F O GLY 474 F GLY 471 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc33 AA O2A TPP . F TPP 601 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc34 AA O1B TPP . F TPP 601 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc35 DA MG MG . F MG 604 1_555 OA O HOH . F HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc36 G OD1 ASP 444 G ASP 441 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc37 G OD1 ASN 472 G ASN 469 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc38 G O GLY 474 G GLY 471 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc39 EA O2A TPP . G TPP 601 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc40 EA O1B TPP . G TPP 601 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc41 HA MG MG . G MG 604 1_555 PA O HOH . G HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc42 H OD1 ASP 444 H ASP 441 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc43 H OD1 ASN 472 H ASN 469 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? metalc ? metalc44 H O GLY 474 H GLY 471 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? metalc ? metalc45 IA O2A TPP . H TPP 601 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc46 IA O2B TPP . H TPP 601 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 182 n n C1 C2 GOL sing 183 n n C1 H11 GOL sing 184 n n C1 H12 GOL sing 185 n n O1 HO1 GOL sing 186 n n C2 O2 GOL sing 187 n n C2 C3 GOL sing 188 n n C2 H2 GOL sing 189 n n O2 HO2 GOL sing 190 n n C3 O3 GOL sing 191 n n C3 H31 GOL sing 192 n n C3 H32 GOL sing 193 n n O3 HO3 GOL sing 194 n n # _atom_sites.entry_id 8VZJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003084 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003034 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012847 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006111 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 TPP A 1 601 601 TPP TPP . J 3 ADP A 1 602 602 ADP ADP . K 4 GOL A 1 603 611 GOL GOL . L 5 MG A 1 604 1 MG MG . M 2 TPP B 1 601 601 TPP TPP . N 3 ADP B 1 602 602 ADP ADP . O 4 GOL B 1 603 611 GOL GOL . P 5 MG B 1 604 2 MG MG . Q 2 TPP C 1 601 601 TPP TPP . R 3 ADP C 1 602 602 ADP ADP . S 6 EDO C 1 603 611 EDO EDO . T 5 MG C 1 604 5 MG MG . U 2 TPP D 1 601 601 TPP TPP . V 3 ADP D 1 602 602 ADP ADP . W 5 MG D 1 603 6 MG MG . X 2 TPP E 1 601 601 TPP TPP . Y 3 ADP E 1 602 602 ADP ADP . Z 5 MG E 1 603 3 MG MG . AA 2 TPP F 1 601 601 TPP TPP . BA 3 ADP F 1 602 602 ADP ADP . CA 6 EDO F 1 603 611 EDO EDO . DA 5 MG F 1 604 4 MG MG . EA 2 TPP G 1 601 601 TPP TPP . FA 3 ADP G 1 602 602 ADP ADP . GA 6 EDO G 1 603 611 EDO EDO . HA 5 MG G 1 604 7 MG MG . IA 2 TPP H 1 601 601 TPP TPP . JA 3 ADP H 1 602 602 ADP ADP . KA 6 EDO H 1 603 611 EDO EDO . LA 5 MG H 1 604 8 MG MG . MA 7 HOH C 1 701 8 HOH HOH . NA 7 HOH E 1 701 6 HOH HOH . OA 7 HOH F 1 701 7 HOH HOH . OA 7 HOH F 2 702 4 HOH HOH . PA 7 HOH G 1 701 9 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . K 4 67.541 -12.367 33.144 1 53.75 ? C1 GOL 603 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . K 4 68.435 -12.028 32.123 1 55.98 ? O1 GOL 603 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . K 4 66.532 -13.373 32.556 1 51.84 ? C2 GOL 603 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . K 4 65.414 -13.531 33.362 1 52.79 ? O2 GOL 603 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . K 4 66.181 -12.83 31.151 1 52.53 ? C3 GOL 603 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . K 4 66.796 -13.667 30.223 1 55.53 ? O3 GOL 603 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 103 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 53 _model_server_stats.query_time_ms 294 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 6 #