data_8VZJ
#
_model_server_result.job_id            wYexScqZranykLjJIozP4w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 23:13:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8vzj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"HA","auth_seq_id":604}' 
#
_entry.id    8VZJ 
#
_exptl.entry_id    8VZJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          134.53 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8VZJ 
_cell.length_a            324.22 
_cell.length_b            77.84 
_cell.length_c            229.55 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8VZJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    'C 2y' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,I,J,K,L,M,N,O,P,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,NA,OA 1 1 
C,D,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,PA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 L N N 
? 5 P N N 
? 5 T N N 
? 5 W N N 
? 5 Z N N 
? 5 DA N N 
? 5 HA N N 
? 5 LA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 444 A ASP 441 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 472 A ASN 469 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc3 A O GLY 474 A GLY 471 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc4 I O2A TPP . A TPP 601 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc5 I O2B TPP . A TPP 601 1_555 L MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 444 B ASP 441 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASN 472 B ASN 469 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc8 B O GLY 474 B GLY 471 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc9 M O2A TPP . B TPP 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc10 M O1B TPP . B TPP 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 444 C ASP 441 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASN 472 C ASN 469 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc13 C O GLY 474 C GLY 471 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? 
metalc ? metalc14 Q O2A TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc15 Q O3A TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? 
metalc ? metalc16 Q O1B TPP . C TPP 601 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? 
metalc ? metalc17 T MG MG . C MG 604 1_555 MA O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc18 D OD1 ASP 444 D ASP 441 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc19 D OD1 ASN 472 D ASN 469 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc20 D O GLY 474 D GLY 471 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc21 U O2A TPP . D TPP 601 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc22 U O2B TPP . D TPP 601 1_555 W MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? 
metalc ? metalc23 E OD1 ASP 444 E ASP 441 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc24 E OD1 ASN 472 E ASN 469 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc25 E O GLY 474 E GLY 471 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc26 X O2A TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc27 X O3A TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc28 X O2B TPP . E TPP 601 1_555 Z MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc29 Z MG MG . E MG 603 1_555 NA O HOH . E HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc30 F OD1 ASP 444 F ASP 441 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? 
metalc ? metalc31 F OD1 ASN 472 F ASN 469 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
metalc ? metalc32 F O GLY 474 F GLY 471 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc33 AA O2A TPP . F TPP 601 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc34 AA O1B TPP . F TPP 601 1_555 DA MG MG . F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc35 DA MG MG . F MG 604 1_555 OA O HOH . F HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc36 G OD1 ASP 444 G ASP 441 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc37 G OD1 ASN 472 G ASN 469 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc38 G O GLY 474 G GLY 471 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc39 EA O2A TPP . G TPP 601 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc40 EA O1B TPP . G TPP 601 1_555 HA MG MG . G MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc41 HA MG MG . G MG 604 1_555 PA O HOH . G HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc42 H OD1 ASP 444 H ASP 441 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc43 H OD1 ASN 472 H ASN 469 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? 
metalc ? metalc44 H O GLY 474 H GLY 471 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? 
metalc ? metalc45 IA O2A TPP . H TPP 601 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc46 IA O2B TPP . H TPP 601 1_555 LA MG MG . H MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8VZJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003084 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003034 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012847 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006111 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 TPP A 1 601 601 TPP TPP . 
J 3 ADP A 1 602 602 ADP ADP . 
K 4 GOL A 1 603 611 GOL GOL . 
L 5 MG A 1 604 1 MG MG . 
M 2 TPP B 1 601 601 TPP TPP . 
N 3 ADP B 1 602 602 ADP ADP . 
O 4 GOL B 1 603 611 GOL GOL . 
P 5 MG B 1 604 2 MG MG . 
Q 2 TPP C 1 601 601 TPP TPP . 
R 3 ADP C 1 602 602 ADP ADP . 
S 6 EDO C 1 603 611 EDO EDO . 
T 5 MG C 1 604 5 MG MG . 
U 2 TPP D 1 601 601 TPP TPP . 
V 3 ADP D 1 602 602 ADP ADP . 
W 5 MG D 1 603 6 MG MG . 
X 2 TPP E 1 601 601 TPP TPP . 
Y 3 ADP E 1 602 602 ADP ADP . 
Z 5 MG E 1 603 3 MG MG . 
AA 2 TPP F 1 601 601 TPP TPP . 
BA 3 ADP F 1 602 602 ADP ADP . 
CA 6 EDO F 1 603 611 EDO EDO . 
DA 5 MG F 1 604 4 MG MG . 
EA 2 TPP G 1 601 601 TPP TPP . 
FA 3 ADP G 1 602 602 ADP ADP . 
GA 6 EDO G 1 603 611 EDO EDO . 
HA 5 MG G 1 604 7 MG MG . 
IA 2 TPP H 1 601 601 TPP TPP . 
JA 3 ADP H 1 602 602 ADP ADP . 
KA 6 EDO H 1 603 611 EDO EDO . 
LA 5 MG H 1 604 8 MG MG . 
MA 7 HOH C 1 701 8 HOH HOH . 
NA 7 HOH E 1 701 6 HOH HOH . 
OA 7 HOH F 1 701 7 HOH HOH . 
OA 7 HOH F 2 702 4 HOH HOH . 
PA 7 HOH G 1 701 9 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         HA 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               10.869 
_atom_site.Cartn_y               21.423 
_atom_site.Cartn_z               -53.541 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        80.66 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           604 
_atom_site.auth_asym_id          G 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              374 
_model_server_stats.parse_time_ms           22 
_model_server_stats.create_model_time_ms    42 
_model_server_stats.query_time_ms           273 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#