data_8W0L
#
_model_server_result.job_id            45gPqZcEe5o1fpQS5zw4wA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 17:26:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8w0l 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    8W0L 
#
_exptl.entry_id    8W0L 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              385.269 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            8W0L 
_cell.length_a            139.179 
_cell.length_b            139.179 
_cell.length_c            543.69 
_cell.Z_PDB               36 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8W0L 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        178 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 R N N 
? 2 BA N N 
#
_chem_comp.formula           'C13 H16 N5 O7 P' 
_chem_comp.formula_weight    385.269 
_chem_comp.id                YHT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "5'-O-{(S)-hydroxy[(prop-2-yn-1-yl)oxy]phosphoryl}adenosine" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C11 C12 YHT sing 502 n n 
C11 O6 YHT sing 503 n n 
C12 C13 YHT trip 504 n n 
O7 P1 YHT doub 505 n n 
O6 P1 YHT sing 506 n n 
P1 O4 YHT sing 507 n n 
P1 O5 YHT sing 508 n n 
N2 C4 YHT doub 509 n y 
N2 C5 YHT sing 510 n y 
N5 C8 YHT sing 511 n n 
C4 N1 YHT sing 512 n y 
O4 C10 YHT sing 513 n n 
C5 C8 YHT sing 514 n y 
C5 C6 YHT doub 515 n y 
C8 N4 YHT doub 516 n y 
O2 C3 YHT sing 517 n n 
O2 C9 YHT sing 518 n n 
N1 C6 YHT sing 519 n y 
N1 C3 YHT sing 520 n n 
C6 N3 YHT sing 521 n y 
N4 C7 YHT sing 522 n y 
C10 C9 YHT sing 523 n n 
C3 C2 YHT sing 524 n n 
C9 C1 YHT sing 525 n n 
C7 N3 YHT doub 526 n y 
C2 C1 YHT sing 527 n n 
C2 O3 YHT sing 528 n n 
C1 O1 YHT sing 529 n n 
C1 H1 YHT sing 530 n n 
C2 H2 YHT sing 531 n n 
C3 H3 YHT sing 532 n n 
C4 H4 YHT sing 533 n n 
C13 H5 YHT sing 534 n n 
C10 H6 YHT sing 535 n n 
C10 H7 YHT sing 536 n n 
C11 H8 YHT sing 537 n n 
C11 H9 YHT sing 538 n n 
C7 H10 YHT sing 539 n n 
C9 H11 YHT sing 540 n n 
N5 H12 YHT sing 541 n n 
N5 H13 YHT sing 542 n n 
O1 H14 YHT sing 543 n n 
O3 H15 YHT sing 544 n n 
O5 H16 YHT sing 545 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8W0L 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007185 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004148 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008297 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.001839 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 YHT A 1 701 1 YHT 196 . 
E 3 COA A 1 702 1 COA COA . 
F 4 GOL A 1 703 1 GOL GOL . 
G 4 GOL A 1 704 3 GOL GOL . 
H 4 GOL A 1 705 4 GOL GOL . 
I 5 PGE A 1 706 5 PGE PGE . 
J 6 SO4 A 1 707 1 SO4 SO4 . 
K 6 SO4 A 1 708 2 SO4 SO4 . 
L 6 SO4 A 1 709 3 SO4 SO4 . 
M 6 SO4 A 1 710 4 SO4 SO4 . 
N 6 SO4 A 1 711 9 SO4 SO4 . 
O 6 SO4 A 1 712 12 SO4 SO4 . 
P 6 SO4 A 1 713 14 SO4 SO4 . 
Q 6 SO4 A 1 714 16 SO4 SO4 . 
R 2 YHT B 1 701 2 YHT 196 . 
S 4 GOL B 1 702 2 GOL GOL . 
T 5 PGE B 1 703 6 PGE PGE . 
U 7 CL B 1 704 1 CL CL . 
V 7 CL B 1 705 2 CL CL . 
W 6 SO4 B 1 706 5 SO4 SO4 . 
X 6 SO4 B 1 707 8 SO4 SO4 . 
Y 6 SO4 B 1 708 10 SO4 SO4 . 
Z 6 SO4 B 1 709 11 SO4 SO4 . 
AA 6 SO4 B 1 710 13 SO4 SO4 . 
BA 2 YHT C 1 701 3 YHT 196 . 
CA 3 COA C 1 702 3 COA COA . 
DA 6 SO4 C 1 703 6 SO4 SO4 . 
EA 6 SO4 C 1 704 7 SO4 SO4 . 
FA 6 SO4 C 1 705 15 SO4 SO4 . 
GA 8 HOH A 1 801 14 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 2 802 19 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 3 803 58 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 4 804 16 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 5 805 1 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 6 806 40 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 7 807 15 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 8 808 24 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 9 809 39 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 10 810 59 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 11 811 12 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 12 812 41 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 13 813 51 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 14 814 38 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 15 815 4 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 16 816 27 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 17 817 42 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 18 818 3 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 19 819 44 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 20 820 47 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 21 821 62 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 22 822 37 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 23 823 7 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 24 824 35 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 25 825 49 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 26 826 48 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 27 827 18 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 28 828 13 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 29 829 31 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 30 830 8 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 31 831 11 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 32 832 36 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 33 833 64 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 34 834 2 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 35 835 32 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 36 836 65 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 37 837 52 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 38 838 54 HOH HOH . 
GA 8 HOH A 39 839 29 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 1 801 9 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 2 802 22 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 3 803 46 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 4 804 20 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 5 805 61 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 6 806 63 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 7 807 5 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 8 808 26 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 9 809 45 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 10 810 34 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 11 811 10 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 12 812 17 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 13 813 50 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 14 814 43 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 15 815 25 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 16 816 6 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 17 817 60 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 18 818 28 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 19 819 21 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 20 820 23 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 21 821 33 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 22 822 53 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 23 823 55 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 24 824 30 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 25 825 66 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 26 826 56 HOH HOH . 
HA 8 HOH B 27 827 57 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 YHT . . . D 2 20.66 18.053 -16.627 1 55.89 ? C1 YHT 701 A 1 
HETATM 2 C C2 YHT . . . D 2 21.83 17.194 -17.104 1 59.9 ? C2 YHT 701 A 1 
HETATM 3 C C3 YHT . . . D 2 21.631 17.263 -18.622 1 57.9 ? C3 YHT 701 A 1 
HETATM 4 C C4 YHT . . . D 2 21.891 19.423 -19.898 1 55.55 ? C4 YHT 701 A 1 
HETATM 5 C C5 YHT . . . D 2 23.988 19.469 -20.283 1 59.63 ? C5 YHT 701 A 1 
HETATM 6 C C6 YHT . . . D 2 23.756 18.309 -19.566 1 58.28 ? C6 YHT 701 A 1 
HETATM 7 C C12 YHT . . . D 2 18.351 20.82 -20.698 1 66.98 ? C12 YHT 701 A 1 
HETATM 8 C C13 YHT . . . D 2 19.197 21.626 -20.777 1 62.98 ? C13 YHT 701 A 1 
HETATM 9 C C10 YHT . . . D 2 18.405 18.555 -17.65 1 57.91 ? C10 YHT 701 A 1 
HETATM 10 C C11 YHT . . . D 2 17.356 19.753 -20.606 1 66.78 ? C11 YHT 701 A 1 
HETATM 11 C C7 YHT . . . D 2 25.896 17.769 -19.602 1 57.35 ? C7 YHT 701 A 1 
HETATM 12 C C8 YHT . . . D 2 25.315 19.751 -20.659 1 57.24 ? C8 YHT 701 A 1 
HETATM 13 C C9 YHT . . . D 2 19.563 17.59 -17.582 1 56.14 ? C9 YHT 701 A 1 
HETATM 14 N N1 YHT . . . D 2 22.402 18.288 -19.322 1 54.51 ? N1 YHT 701 A 1 
HETATM 15 N N2 YHT . . . D 2 22.802 20.164 -20.483 1 60.06 ? N2 YHT 701 A 1 
HETATM 16 N N3 YHT . . . D 2 24.681 17.404 -19.196 1 54.49 ? N3 YHT 701 A 1 
HETATM 17 N N4 YHT . . . D 2 26.269 18.859 -20.287 1 57.3 ? N4 YHT 701 A 1 
HETATM 18 N N5 YHT . . . D 2 25.668 20.844 -21.336 1 58.77 ? N5 YHT 701 A 1 
HETATM 19 O O1 YHT . . . D 2 20.308 17.949 -15.253 1 60.78 ? O1 YHT 701 A 1 
HETATM 20 O O2 YHT . . . D 2 20.251 17.547 -18.851 1 58.97 ? O2 YHT 701 A 1 
HETATM 21 O O3 YHT . . . D 2 21.632 15.89 -16.6 1 62.06 ? O3 YHT 701 A 1 
HETATM 22 O O4 YHT . . . D 2 17.214 17.928 -18.187 1 59.59 ? O4 YHT 701 A 1 
HETATM 23 O O5 YHT . . . D 2 15.521 19.513 -17.319 1 68.51 ? O5 YHT 701 A 1 
HETATM 24 O O6 YHT . . . D 2 16.434 20.013 -19.562 1 62.27 ? O6 YHT 701 A 1 
HETATM 25 O O7 YHT . . . D 2 14.894 18.082 -19.3 1 66.71 ? O7 YHT 701 A 1 
HETATM 26 P P1 YHT . . . D 2 15.951 18.851 -18.583 1 54.19 ? P1 YHT 701 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              0 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    16 
_model_server_stats.query_time_ms           306 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           26 
#