data_8W7M
#
_model_server_result.job_id            253mgn0alxg_9X0cLS25mg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 23:11:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8w7m 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":1001}' 
#
_entry.id    8W7M 
#
_exptl.entry_id    8W7M 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.247 
_entity.id                          18 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      16 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 18 V N N 
? 18 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 341 2 CYS 341 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 344 2 CYS 344 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 364 2 CYS 364 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 367 2 CYS 367 1_555 S ZN ZN . 2 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc5 Q O1B ADP . 2 ADP 901 1_555 R MG MG . 2 MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc6 Q O2B ADP . 2 ADP 901 1_555 R MG MG . 2 MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc7 Q O1A ADP . 2 ADP 901 1_555 R MG MG . 2 MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc8 Q O2A ADP . 2 ADP 901 1_555 R MG MG . 2 MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc9 Q O3A ADP . 2 ADP 901 1_555 R MG MG . 2 MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? 
metalc ? metalc10 T O1B ADP . 3 ADP 1001 1_555 U MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc11 T O3B ADP . 3 ADP 1001 1_555 U MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? 
metalc ? metalc12 T O1A ADP . 3 ADP 1001 1_555 U MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc13 T O2A ADP . 3 ADP 1001 1_555 U MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc14 T O3A ADP . 3 ADP 1001 1_555 U MG MG . 3 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 349 4 CYS 349 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 352 4 CYS 352 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 371 4 CYS 371 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 376 4 CYS 376 1_555 X ZN ZN . 4 ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc19 V O3G AGS . 4 AGS 1001 1_555 W MG MG . 4 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.911 ? 
metalc ? metalc20 V O1B AGS . 4 AGS 1001 1_555 W MG MG . 4 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.822 ? 
metalc ? metalc21 V O1A AGS . 4 AGS 1001 1_555 W MG MG . 4 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc22 V O2A AGS . 4 AGS 1001 1_555 W MG MG . 4 MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? 
metalc ? metalc23 D SG CYS 183 5 CYS 183 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc24 D SG CYS 186 5 CYS 186 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc25 D SG CYS 211 5 CYS 211 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc26 D SG CYS 236 5 CYS 236 1_555 Y ZN ZN . 5 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 311 6 CYS 311 1_555 Z ZN ZN . 6 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 314 6 CYS 314 1_555 Z ZN ZN . 6 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 333 6 CYS 333 1_555 Z ZN ZN . 6 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 338 6 CYS 338 1_555 Z ZN ZN . 6 ZN 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc31 F SG CYS 262 7 CYS 262 1_555 CA ZN ZN . 7 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc32 F SG CYS 265 7 CYS 265 1_555 CA ZN ZN . 7 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 284 7 CYS 284 1_555 CA ZN ZN . 7 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 289 7 CYS 289 1_555 CA ZN ZN . 7 ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc35 F OG SER 467 7 SER 467 1_555 AA MG MG . 7 MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
metalc ? metalc36 AA MG MG . 7 MG 901 1_555 BA O3B AGS . 7 AGS 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.861 ? 
metalc ? metalc37 AA MG MG . 7 MG 901 1_555 BA O3A AGS . 7 AGS 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3 S' 
_chem_comp.formula_weight    523.247 
_chem_comp.id                AGS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ATP-GAMMA-S;ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG S1G AGS doub 45 n n 
PG O2G AGS sing 46 n n 
PG O3G AGS sing 47 n n 
PG O3B AGS sing 48 n n 
PB O1B AGS doub 49 n n 
PB O2B AGS sing 50 n n 
PB O3B AGS sing 51 n n 
PB O3A AGS sing 52 n n 
PA O1A AGS doub 53 n n 
PA O2A AGS sing 54 n n 
PA O3A AGS sing 55 n n 
PA O5' AGS sing 56 n n 
O5' C5' AGS sing 57 n n 
C5' C4' AGS sing 58 n n 
C4' O4' AGS sing 59 n n 
C4' C3' AGS sing 60 n n 
O4' C1' AGS sing 61 n n 
C3' O3' AGS sing 62 n n 
C3' C2' AGS sing 63 n n 
C2' O2' AGS sing 64 n n 
C2' C1' AGS sing 65 n n 
C1' N9 AGS sing 66 n n 
N9 C8 AGS sing 67 n y 
N9 C4 AGS sing 68 n y 
C8 N7 AGS doub 69 n y 
N7 C5 AGS sing 70 n y 
C5 C6 AGS sing 71 n y 
C5 C4 AGS doub 72 n y 
C6 N6 AGS sing 73 n n 
C6 N1 AGS doub 74 n y 
N1 C2 AGS sing 75 n y 
C2 N3 AGS doub 76 n y 
N3 C4 AGS sing 77 n y 
O2G HOG2 AGS sing 78 n n 
O3G H21 AGS sing 79 n n 
O2B HOB2 AGS sing 80 n n 
O2A HOA2 AGS sing 81 n n 
C5' "H5'1" AGS sing 82 n n 
C5' "H5'2" AGS sing 83 n n 
C4' H4' AGS sing 84 n n 
C3' H3' AGS sing 85 n n 
O3' HO3' AGS sing 86 n n 
C2' H2' AGS sing 87 n n 
O2' HO2' AGS sing 88 n n 
C1' H1' AGS sing 89 n n 
C8 H8 AGS sing 90 n n 
N6 HN61 AGS sing 91 n n 
N6 HN62 AGS sing 92 n n 
C2 H2 AGS sing 93 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8W7M 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 15 ADP 2 1 901 901 ADP ADP . 
R 16 MG 2 1 902 902 MG MG . 
S 17 ZN 2 1 903 903 ZN ZN . 
T 15 ADP 3 1 1001 1001 ADP ADP . 
U 16 MG 3 1 1002 1002 MG MG . 
V 18 AGS 4 1 1001 1001 AGS AGS . 
W 16 MG 4 1 1002 1002 MG MG . 
X 17 ZN 4 1 1003 1003 ZN ZN . 
Y 17 ZN 5 1 1600 1600 ZN ZN . 
Z 17 ZN 6 1 1600 1600 ZN ZN . 
AA 16 MG 7 1 901 901 MG MG . 
BA 18 AGS 7 1 902 902 AGS AGS . 
CA 17 ZN 7 1 903 903 ZN ZN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG AGS . . . V 18 227.977 206.272 302.223 1 310.6 ? PG AGS 1001 4 1 
HETATM 2 S S1G AGS . . . V 18 229.088 205.733 300.716 1 310.6 ? S1G AGS 1001 4 1 
HETATM 3 O O2G AGS . . . V 18 226.472 206.082 301.881 1 310.6 ? O2G AGS 1001 4 1 
HETATM 4 O O3G AGS . . . V 18 228.238 207.773 302.544 1 310.6 ? O3G AGS 1001 4 1 
HETATM 5 P PB AGS . . . V 18 228.673 206.194 304.806 1 310.6 ? PB AGS 1001 4 1 
HETATM 6 O O1B AGS . . . V 18 229.304 207.499 304.515 1 310.6 -1 O1B AGS 1001 4 1 
HETATM 7 O O2B AGS . . . V 18 229.562 205.257 305.624 1 310.6 ? O2B AGS 1001 4 1 
HETATM 8 O O3B AGS . . . V 18 228.339 205.426 303.473 1 310.6 ? O3B AGS 1001 4 1 
HETATM 9 P PA AGS . . . V 18 226.814 207.872 305.813 1 310.6 ? PA AGS 1001 4 1 
HETATM 10 O O1A AGS . . . V 18 227.802 208.74 306.488 1 310.6 -1 O1A AGS 1001 4 1 
HETATM 11 O O2A AGS . . . V 18 226.428 208.334 304.406 1 310.6 ? O2A AGS 1001 4 1 
HETATM 12 O O3A AGS . . . V 18 227.36 206.402 305.647 1 310.6 ? O3A AGS 1001 4 1 
HETATM 13 O O5' AGS . . . V 18 225.561 207.689 306.749 1 310.6 ? O5' AGS 1001 4 1 
HETATM 14 C C5' AGS . . . V 18 225.066 206.359 306.975 1 310.6 ? C5' AGS 1001 4 1 
HETATM 15 C C4' AGS . . . V 18 224.112 206.362 308.141 1 310.6 ? C4' AGS 1001 4 1 
HETATM 16 O O4' AGS . . . V 18 224.36 205.201 308.966 1 310.6 ? O4' AGS 1001 4 1 
HETATM 17 C C3' AGS . . . V 18 224.214 207.574 309.064 1 310.6 ? C3' AGS 1001 4 1 
HETATM 18 O O3' AGS . . . V 18 222.929 207.956 309.541 1 310.6 ? O3' AGS 1001 4 1 
HETATM 19 C C2' AGS . . . V 18 225.111 207.067 310.193 1 310.6 ? C2' AGS 1001 4 1 
HETATM 20 O O2' AGS . . . V 18 224.846 207.736 311.421 1 310.6 ? O2' AGS 1001 4 1 
HETATM 21 C C1' AGS . . . V 18 224.69 205.602 310.281 1 310.6 ? C1' AGS 1001 4 1 
HETATM 22 N N9 AGS . . . V 18 225.734 204.718 310.785 1 310.6 ? N9 AGS 1001 4 1 
HETATM 23 C C8 AGS . . . V 18 226.349 203.693 310.115 1 310.6 ? C8 AGS 1001 4 1 
HETATM 24 N N7 AGS . . . V 18 227.263 203.067 310.817 1 310.6 ? N7 AGS 1001 4 1 
HETATM 25 C C5 AGS . . . V 18 227.25 203.729 312.036 1 310.6 ? C5 AGS 1001 4 1 
HETATM 26 C C6 AGS . . . V 18 227.99 203.549 313.22 1 310.6 ? C6 AGS 1001 4 1 
HETATM 27 N N6 AGS . . . V 18 228.924 202.609 313.378 1 310.6 ? N6 AGS 1001 4 1 
HETATM 28 N N1 AGS . . . V 18 227.731 204.381 314.253 1 310.6 ? N1 AGS 1001 4 1 
HETATM 29 C C2 AGS . . . V 18 226.797 205.324 314.102 1 310.6 ? C2 AGS 1001 4 1 
HETATM 30 N N3 AGS . . . V 18 226.037 205.588 313.036 1 310.6 ? N3 AGS 1001 4 1 
HETATM 31 C C4 AGS . . . V 18 226.313 204.748 312.031 1 310.6 ? C4 AGS 1001 4 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              30 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    106 
_model_server_stats.query_time_ms           349 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           31 
#