data_8WUC # _model_server_result.job_id Vi2MulSm1Bg74mBFT1QzZQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 08:57:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8wuc # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"UA","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8WUC # _exptl.entry_id 8WUC _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8WUC _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8WUC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 28-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 28 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 CA N N ? 3 EA N N ? 3 GA N N ? 3 IA N N ? 3 KA N N ? 3 MA N N ? 3 OA N N ? 3 QA N N ? 3 SA N N ? 3 UA N N ? 3 WA N N ? 3 YA N N ? 3 AB N N ? 3 CB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 86 A ASP 87 1_555 DA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc2 CA O2B ADP . A ADP 601 1_555 DA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc3 CA O3B ADP . A ADP 601 1_555 DA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? metalc ? metalc4 CA O2A ADP . A ADP 601 1_555 DA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc5 C OD1 ASP 86 B ASP 87 1_555 FA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc6 EA O2B ADP . B ADP 601 1_555 FA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc7 EA O3B ADP . B ADP 601 1_555 FA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? metalc ? metalc8 EA O2A ADP . B ADP 601 1_555 FA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc9 E OD1 ASP 86 C ASP 87 1_555 HA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc10 GA O2B ADP . C ADP 601 1_555 HA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc11 GA O3B ADP . C ADP 601 1_555 HA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.954 ? metalc ? metalc12 GA O2A ADP . C ADP 601 1_555 HA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc13 G OD1 ASP 86 D ASP 87 1_555 JA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc14 IA O2B ADP . D ADP 601 1_555 JA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc15 IA O2A ADP . D ADP 601 1_555 JA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc16 I OD1 ASP 86 E ASP 87 1_555 LA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc17 KA O2B ADP . E ADP 601 1_555 LA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc18 KA O2A ADP . E ADP 601 1_555 LA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc19 K OD1 ASP 86 F ASP 87 1_555 NA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc20 MA O3B ADP . F ADP 601 1_555 NA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? metalc ? metalc21 MA O2A ADP . F ADP 601 1_555 NA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc22 M OD1 ASP 86 G ASP 87 1_555 PA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc23 OA O2B ADP . G ADP 601 1_555 PA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc24 OA O3B ADP . G ADP 601 1_555 PA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc25 OA O2A ADP . G ADP 601 1_555 PA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc26 O OD1 ASP 86 H ASP 87 1_555 RA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc27 QA O1B ADP . H ADP 601 1_555 RA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc28 QA O1A ADP . H ADP 601 1_555 RA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? metalc ? metalc29 Q OD1 ASP 86 I ASP 87 1_555 TA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc30 SA O1B ADP . I ADP 601 1_555 TA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc31 SA O1A ADP . I ADP 601 1_555 TA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc32 S OD1 ASP 86 J ASP 87 1_555 VA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc33 UA O1B ADP . J ADP 601 1_555 VA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc34 UA O1A ADP . J ADP 601 1_555 VA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc35 U OD1 ASP 86 K ASP 87 1_555 XA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc36 WA O1B ADP . K ADP 601 1_555 XA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc37 WA O3B ADP . K ADP 601 1_555 XA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.97 ? metalc ? metalc38 WA O1A ADP . K ADP 601 1_555 XA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc39 W OD1 ASP 86 L ASP 87 1_555 ZA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc40 YA O1B ADP . L ADP 601 1_555 ZA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc41 YA O3B ADP . L ADP 601 1_555 ZA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? metalc ? metalc42 YA O1A ADP . L ADP 601 1_555 ZA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc43 Y OD1 ASP 86 M ASP 87 1_555 BB MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc44 AB O1B ADP . M ADP 601 1_555 BB MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc45 AB O3B ADP . M ADP 601 1_555 BB MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? metalc ? metalc46 AB O1A ADP . M ADP 601 1_555 BB MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc47 AA OD1 ASP 86 N ASP 87 1_555 DB MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc48 CB O1B ADP . N ADP 601 1_555 DB MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc49 CB O2B ADP . N ADP 601 1_555 DB MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.86 ? metalc ? metalc50 CB O1A ADP . N ADP 601 1_555 DB MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B ADP doub 1 n n PB O2B ADP sing 2 n n PB O3B ADP sing 3 n n PB O3A ADP sing 4 n n O2B HOB2 ADP sing 5 n n O3B HOB3 ADP sing 6 n n PA O1A ADP doub 7 n n PA O2A ADP sing 8 n n PA O3A ADP sing 9 n n PA O5' ADP sing 10 n n O2A HOA2 ADP sing 11 n n O5' C5' ADP sing 12 n n C5' C4' ADP sing 13 n n C5' "H5'1" ADP sing 14 n n C5' "H5'2" ADP sing 15 n n C4' O4' ADP sing 16 n n C4' C3' ADP sing 17 n n C4' H4' ADP sing 18 n n O4' C1' ADP sing 19 n n C3' O3' ADP sing 20 n n C3' C2' ADP sing 21 n n C3' H3' ADP sing 22 n n O3' HO3' ADP sing 23 n n C2' O2' ADP sing 24 n n C2' C1' ADP sing 25 n n C2' H2' ADP sing 26 n n O2' HO2' ADP sing 27 n n C1' N9 ADP sing 28 n n C1' H1' ADP sing 29 n n N9 C8 ADP sing 30 n y N9 C4 ADP sing 31 n y C8 N7 ADP doub 32 n y C8 H8 ADP sing 33 n n N7 C5 ADP sing 34 n y C5 C6 ADP sing 35 n y C5 C4 ADP doub 36 n y C6 N6 ADP sing 37 n n C6 N1 ADP doub 38 n y N6 HN61 ADP sing 39 n n N6 HN62 ADP sing 40 n n N1 C2 ADP sing 41 n y C2 N3 ADP doub 42 n y C2 H2 ADP sing 43 n n N3 C4 ADP sing 44 n y # _atom_sites.entry_id 8WUC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CA 3 ADP A 1 601 534 ADP ADP . DA 4 MG A 1 602 535 MG MG . EA 3 ADP B 1 601 534 ADP ADP . FA 4 MG B 1 602 535 MG MG . GA 3 ADP C 1 601 534 ADP ADP . HA 4 MG C 1 602 535 MG MG . IA 3 ADP D 1 601 534 ADP ADP . JA 4 MG D 1 602 535 MG MG . KA 3 ADP E 1 601 534 ADP ADP . LA 4 MG E 1 602 535 MG MG . MA 3 ADP F 1 601 534 ADP ADP . NA 4 MG F 1 602 535 MG MG . OA 3 ADP G 1 601 534 ADP ADP . PA 4 MG G 1 602 535 MG MG . QA 3 ADP H 1 601 534 ADP ADP . RA 4 MG H 1 602 535 MG MG . SA 3 ADP I 1 601 534 ADP ADP . TA 4 MG I 1 602 535 MG MG . UA 3 ADP J 1 601 534 ADP ADP . VA 4 MG J 1 602 535 MG MG . WA 3 ADP K 1 601 534 ADP ADP . XA 4 MG K 1 602 535 MG MG . YA 3 ADP L 1 601 534 ADP ADP . ZA 4 MG L 1 602 535 MG MG . AB 3 ADP M 1 601 534 ADP ADP . BB 4 MG M 1 602 535 MG MG . CB 3 ADP N 1 601 534 ADP ADP . DB 4 MG N 1 602 535 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . UA 3 233.307 251.156 188.118 1 74.88 ? PB ADP 601 J 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . UA 3 233.921 250.021 187.339 1 79.82 ? O1B ADP 601 J 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . UA 3 231.875 250.913 188.495 1 69.54 ? O2B ADP 601 J 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . UA 3 233.597 252.53 187.576 1 73.91 ? O3B ADP 601 J 1 HETATM 5 P PA ADP . . . UA 3 235.602 250.764 189.669 1 74.46 ? PA ADP 601 J 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . UA 3 236.249 250.932 188.32 1 79.16 ? O1A ADP 601 J 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . UA 3 235.748 249.5 190.472 1 69.02 ? O2A ADP 601 J 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . UA 3 234.054 251.159 189.535 1 74.3 ? O3A ADP 601 J 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . UA 3 236.066 252.016 190.545 1 71.79 ? O5' ADP 601 J 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . UA 3 236.619 253.111 189.836 1 71.48 ? C5' ADP 601 J 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . UA 3 236.366 254.394 190.601 1 71.29 ? C4' ADP 601 J 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . UA 3 237.415 254.565 191.548 1 75 ? O4' ADP 601 J 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . UA 3 236.4 255.575 189.653 1 75.1 ? C3' ADP 601 J 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . UA 3 235.198 256.333 189.794 1 79.82 ? O3' ADP 601 J 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . UA 3 237.574 256.419 190.083 1 72.26 ? C2' ADP 601 J 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . UA 3 237.154 257.776 190.209 1 81.8 ? O2' ADP 601 J 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . UA 3 237.992 255.861 191.429 1 71.08 ? C1' ADP 601 J 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . UA 3 239.465 255.761 191.491 1 64.99 ? N9 ADP 601 J 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . UA 3 240.242 255.026 190.68 1 64.19 ? C8 ADP 601 J 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . UA 3 241.55 255.166 191.004 1 67.2 ? N7 ADP 601 J 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . UA 3 241.617 256.011 192.046 1 63.75 ? C5 ADP 601 J 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . UA 3 242.686 256.592 192.882 1 65.13 ? C6 ADP 601 J 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . UA 3 243.985 256.288 192.663 1 69.31 ? N6 ADP 601 J 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . UA 3 242.322 257.434 193.87 1 68.53 ? N1 ADP 601 J 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . UA 3 241.036 257.746 194.098 1 65.18 ? C2 ADP 601 J 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . UA 3 240.016 257.256 193.38 1 64.09 ? N3 ADP 601 J 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . UA 3 240.24 256.402 192.359 1 64.61 ? C4 ADP 601 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 33 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 101 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 27 #