data_8WYR # _model_server_result.job_id dYnrQnwf0Bbc6Z2OEKzdhw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-22 01:24:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8wyr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8WYR # _exptl.entry_id 8WYR _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8WYR _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8WYR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 X N N ? 6 Y N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n M NAG 1 I 1 NAG I 1 NAG 4 n M NAG 2 I 2 NAG I 2 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 194 A CYS 367 1_555 A SG CYS 253 A CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 301 A CYS 474 1_555 A SG CYS 363 A CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 402 A CYS 575 1_555 I SG CYS 91 J CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 194 B CYS 367 1_555 B SG CYS 253 B CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 241 B CYS 414 1_555 C SG CYS 241 C CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 301 B CYS 474 1_555 B SG CYS 363 B CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 194 C CYS 367 1_555 C SG CYS 253 C CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 301 C CYS 474 1_555 C SG CYS 363 C CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? disulf ? disulf9 D SG CYS 194 D CYS 367 1_555 D SG CYS 253 D CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 D SG CYS 241 D CYS 414 1_555 E SG CYS 241 E CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 301 D CYS 474 1_555 D SG CYS 363 D CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? disulf ? disulf12 E SG CYS 194 E CYS 367 1_555 E SG CYS 253 E CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf13 E SG CYS 301 E CYS 474 1_555 E SG CYS 363 E CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf14 F SG CYS 194 F CYS 367 1_555 F SG CYS 253 F CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf15 F SG CYS 241 F CYS 414 1_555 G SG CYS 241 G CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? disulf ? disulf16 F SG CYS 301 F CYS 474 1_555 F SG CYS 363 F CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf17 G SG CYS 194 G CYS 367 1_555 G SG CYS 253 G CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf18 G SG CYS 301 G CYS 474 1_555 G SG CYS 363 G CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf19 H SG CYS 194 H CYS 367 1_555 H SG CYS 253 H CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf20 H SG CYS 241 H CYS 414 1_555 J SG CYS 241 K CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf21 H SG CYS 301 H CYS 474 1_555 H SG CYS 363 H CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf22 H SG CYS 402 H CYS 575 1_555 J SG CYS 402 K CYS 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf23 I SG CYS 35 J CYS 12 1_555 I SG CYS 123 J CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf24 I SG CYS 37 J CYS 14 1_555 K SG CYS 402 L CYS 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf25 I SG CYS 94 J CYS 71 1_555 I SG CYS 114 J CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf26 I SG CYS 131 J CYS 108 1_555 I SG CYS 156 J CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf27 J SG CYS 194 K CYS 367 1_555 J SG CYS 253 K CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf28 J SG CYS 301 K CYS 474 1_555 J SG CYS 363 K CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf29 K SG CYS 194 L CYS 367 1_555 K SG CYS 253 L CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf30 K SG CYS 241 L CYS 414 1_555 L SG CYS 203 M CYS 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf31 K SG CYS 301 L CYS 474 1_555 K SG CYS 363 L CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf32 L SG CYS 159 M CYS 147 1_555 L SG CYS 193 M CYS 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf33 L SG CYS 175 M CYS 163 1_555 L SG CYS 240 M CYS 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf34 L SG CYS 188 M CYS 176 1_555 L SG CYS 250 M CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf35 L SG CYS 220 M CYS 208 1_555 L SG CYS 230 M CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? disulf ? disulf36 L SG CYS 265 M CYS 253 1_555 L SG CYS 299 M CYS 287 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf37 L SG CYS 281 M CYS 269 1_555 L SG CYS 347 M CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf38 L SG CYS 294 M CYS 282 1_555 L SG CYS 357 M CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf39 L SG CYS 327 M CYS 315 1_555 L SG CYS 337 M CYS 325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 390 A ASN 563 1_555 N C1 NAG . A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 390 B ASN 563 1_555 O C1 NAG . B NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale3 C ND2 ASN 390 C ASN 563 1_555 P C1 NAG . C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 390 D ASN 563 1_555 Q C1 NAG . D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale ? covale5 E ND2 ASN 390 E ASN 563 1_555 R C1 NAG . E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale6 F ND2 ASN 390 F ASN 563 1_555 S C1 NAG . F NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale7 G ND2 ASN 390 G ASN 563 1_555 T C1 NAG . G NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? covale ? covale8 H ND2 ASN 390 H ASN 563 1_555 U C1 NAG . H NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? covale ? covale9 I ND2 ASN 71 J ASN 48 1_555 M C1 NAG . I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale10 J ND2 ASN 390 K ASN 563 1_555 V C1 NAG . K NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? covale ? covale11 K ND2 ASN 390 L ASN 563 1_555 W C1 NAG . L NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale12 M O4 NAG . I NAG 1 1_555 M C1 NAG . I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? metalc ? metalc1 I O ASN 129 J ASN 106 1_555 X CA CA . M CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc2 L OD1 ASP 282 M ASP 270 1_555 X CA CA . M CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc3 L OD1 ASP 283 M ASP 271 1_555 X CA CA . M CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? metalc ? metalc4 L OD2 ASP 283 M ASP 271 1_555 Y CA CA . M CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc5 L OD2 ASP 323 M ASP 311 1_555 Y CA CA . M CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc6 L OE1 GLU 351 M GLU 339 1_555 X CA CA . M CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc7 L OE2 GLU 351 M GLU 339 1_555 X CA CA . M CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8WYR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code N 5 NAG A 1 601 583 NAG NAG . O 5 NAG B 1 601 583 NAG NAG . P 5 NAG C 1 601 583 NAG NAG . Q 5 NAG D 1 601 583 NAG NAG . R 5 NAG E 1 601 583 NAG NAG . S 5 NAG F 1 601 583 NAG NAG . T 5 NAG G 1 601 583 NAG NAG . U 5 NAG H 1 601 583 NAG NAG . V 5 NAG K 1 601 583 NAG NAG . W 5 NAG L 1 601 583 NAG NAG . X 6 CA M 1 401 401 CA CA . Y 6 CA M 1 402 402 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id X _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 162.177 _atom_site.Cartn_y 126.939 _atom_site.Cartn_z 163.913 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 113.55 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id M _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 55 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #