data_8XAW
#
_model_server_result.job_id            1kdYzj2JnXJvNDAAp7mPCw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-20 01:28:06' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8xaw 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    8XAW 
#
_exptl.entry_id    8XAW 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              506.196 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8XAW 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8XAW 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    20-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      20 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 W N N 
? 7 Y N N 
? 7 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A N GLY 154 A GLY 154 1_555 U O3B ADP . A ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.3 ? 
covale ? covale2 A CA GLY 156 A GLY 156 1_555 U O2A ADP . A ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.376 ? 
covale ? covale3 E CA GLY 156 E GLY 156 1_555 CA O2A ADP . E ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? 
covale ? covale4 F CA GLY 156 F GLY 156 1_555 EA O2A ADP . F ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? 
metalc ? metalc1 A OG SER 158 A SER 158 1_555 V MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc2 B OG SER 158 B SER 158 1_555 X MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc3 W O1G ANP . B ANP 601 1_555 X MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc4 W O1B ANP . B ANP 601 1_555 X MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc5 C OG SER 158 C SER 158 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc6 Y O3G ANP . C ANP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc7 Y O2B ANP . C ANP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? 
metalc ? metalc8 D OG SER 158 D SER 158 1_555 BA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc9 AA O2G ANP . D ANP 601 1_555 BA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc10 AA O2B ANP . D ANP 601 1_555 BA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? 
metalc ? metalc11 E OG SER 158 E SER 158 1_555 DA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc12 E OE2 GLU 192 E GLU 192 1_555 DA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc13 CA O2B ADP . E ADP 601 1_555 DA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc14 F OG SER 158 F SER 158 1_555 FA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc15 EA O1B ADP . F ADP 601 1_555 FA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 S N1 DG 1 S DG 1 1_555 T N3 DC 59 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 S N2 DG 1 S DG 1 1_555 T O2 DC 59 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 S O6 DG 1 S DG 1 1_555 T N4 DC 59 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 S N1 DA 2 S DA 2 1_555 T N3 DT 58 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 S N6 DA 2 S DA 2 1_555 T O4 DT 58 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 S N3 DT 3 S DT 3 1_555 T N1 DA 57 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 S O4 DT 3 S DT 3 1_555 T N6 DA 57 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 S N3 DC 4 S DC 4 1_555 T N1 DG 56 T DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 S N4 DC 4 S DC 4 1_555 T O6 DG 56 T DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 S O2 DC 4 S DC 4 1_555 T N2 DG 56 T DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog11 S N3 DC 5 S DC 5 1_555 T N2 DG 55 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog12 S O2 DC 5 S DC 5 1_555 T N1 DG 55 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 S N1 DA 6 S DA 6 1_555 T N3 DT 54 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 S N6 DA 6 S DA 6 1_555 T O4 DT 54 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog15 S N3 DT 7 S DT 7 1_555 T N1 DA 53 T DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 S N1 DG 8 S DG 8 1_555 T N3 DC 52 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 S N2 DG 8 S DG 8 1_555 T O2 DC 52 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 S O6 DG 8 S DG 8 1_555 T N4 DC 52 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog19 S N3 DC 9 S DC 9 1_555 T N2 DG 51 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 S N1 DG 10 S DG 10 1_555 T N3 DC 50 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 S N2 DG 10 S DG 10 1_555 T O2 DC 50 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 S O6 DG 10 S DG 10 1_555 T N4 DC 50 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 S N3 DC 11 S DC 11 1_555 T N1 DG 49 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 S N4 DC 11 S DC 11 1_555 T O6 DG 49 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 S O2 DC 11 S DC 11 1_555 T N2 DG 49 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_8_PAIR hydrog26 S N1 DG 12 S DG 12 1_555 T N1 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_8_PAIR hydrog27 S O6 DG 12 S DG 12 1_555 T N6 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 S N3 DT 13 S DT 13 1_555 T N1 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 S O4 DT 13 S DT 13 1_555 T N6 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    506.196 
_chem_comp.id                ANP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ANP doub 57 n n 
PG O2G ANP sing 58 n n 
PG O3G ANP sing 59 n n 
PG N3B ANP sing 60 n n 
O2G HOG2 ANP sing 61 n n 
O3G HOG3 ANP sing 62 n n 
PB O1B ANP doub 63 n n 
PB O2B ANP sing 64 n n 
PB N3B ANP sing 65 n n 
PB O3A ANP sing 66 n n 
O2B HOB2 ANP sing 67 n n 
N3B HNB1 ANP sing 68 n n 
PA O1A ANP doub 69 n n 
PA O2A ANP sing 70 n n 
PA O3A ANP sing 71 n n 
PA O5' ANP sing 72 n n 
O2A HOA2 ANP sing 73 n n 
O5' C5' ANP sing 74 n n 
C5' C4' ANP sing 75 n n 
C5' "H5'1" ANP sing 76 n n 
C5' "H5'2" ANP sing 77 n n 
C4' O4' ANP sing 78 n n 
C4' C3' ANP sing 79 n n 
C4' H4' ANP sing 80 n n 
O4' C1' ANP sing 81 n n 
C3' O3' ANP sing 82 n n 
C3' C2' ANP sing 83 n n 
C3' H3' ANP sing 84 n n 
O3' HO3' ANP sing 85 n n 
C2' O2' ANP sing 86 n n 
C2' C1' ANP sing 87 n n 
C2' H2' ANP sing 88 n n 
O2' HO2' ANP sing 89 n n 
C1' N9 ANP sing 90 n n 
C1' H1' ANP sing 91 n n 
N9 C8 ANP sing 92 n y 
N9 C4 ANP sing 93 n y 
C8 N7 ANP doub 94 n y 
C8 H8 ANP sing 95 n n 
N7 C5 ANP sing 96 n y 
C5 C6 ANP sing 97 n y 
C5 C4 ANP doub 98 n y 
C6 N6 ANP sing 99 n n 
C6 N1 ANP doub 100 n y 
N6 HN61 ANP sing 101 n n 
N6 HN62 ANP sing 102 n n 
N1 C2 ANP sing 103 n y 
C2 N3 ANP doub 104 n y 
C2 H2 ANP sing 105 n n 
N3 C4 ANP sing 106 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8XAW 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
U 5 ADP A 1 601 601 ADP ADP . 
V 6 MG A 1 602 701 MG MG . 
W 7 ANP B 1 601 601 ANP ANP . 
X 6 MG B 1 602 701 MG MG . 
Y 7 ANP C 1 601 601 ANP ANP . 
Z 6 MG C 1 602 701 MG MG . 
AA 7 ANP D 1 601 601 ANP ANP . 
BA 6 MG D 1 602 1001 MG MG . 
CA 5 ADP E 1 601 601 ADP ADP . 
DA 6 MG E 1 602 701 MG MG . 
EA 5 ADP F 1 601 601 ADP ADP . 
FA 6 MG F 1 602 701 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ANP . . . AA 7 123.285 129.737 131.553 1 25.9 ? PG ANP 601 D 1 
HETATM 2 O O1G ANP . . . AA 7 124.018 128.707 130.755 1 20.59 ? O1G ANP 601 D 1 
HETATM 3 O O2G ANP . . . AA 7 122.552 130.735 130.579 1 16.5 ? O2G ANP 601 D 1 
HETATM 4 O O3G ANP . . . AA 7 124.312 130.541 132.444 1 14.97 ? O3G ANP 601 D 1 
HETATM 5 P PB ANP . . . AA 7 121.479 130.081 133.611 1 17.65 ? PB ANP 601 D 1 
HETATM 6 O O1B ANP . . . AA 7 122.55 130.95 134.182 1 8.78 ? O1B ANP 601 D 1 
HETATM 7 O O2B ANP . . . AA 7 120.46 130.977 132.852 1 16.61 ? O2B ANP 601 D 1 
HETATM 8 N N3B ANP . . . AA 7 122.144 128.975 132.542 1 16.92 ? N3B ANP 601 D 1 
HETATM 9 P PA ANP . . . AA 7 119.335 128.65 134.475 1 11.14 ? PA ANP 601 D 1 
HETATM 10 O O1A ANP . . . AA 7 119.407 127.696 133.347 1 21.12 ? O1A ANP 601 D 1 
HETATM 11 O O2A ANP . . . AA 7 118.337 129.79 134.261 1 10.55 ? O2A ANP 601 D 1 
HETATM 12 O O3A ANP . . . AA 7 120.743 129.324 134.754 1 10.98 ? O3A ANP 601 D 1 
HETATM 13 O O5' ANP . . . AA 7 118.994 127.845 135.79 1 17.07 ? O5' ANP 601 D 1 
HETATM 14 C C5' ANP . . . AA 7 119.41 126.479 135.977 1 14.86 ? C5' ANP 601 D 1 
HETATM 15 C C4' ANP . . . AA 7 118.613 125.896 137.115 1 13.08 ? C4' ANP 601 D 1 
HETATM 16 O O4' ANP . . . AA 7 118.58 126.835 138.203 1 9.37 ? O4' ANP 601 D 1 
HETATM 17 C C3' ANP . . . AA 7 117.147 125.628 136.807 1 14.12 ? C3' ANP 601 D 1 
HETATM 18 O O3' ANP . . . AA 7 116.981 124.355 136.193 1 16.17 ? O3' ANP 601 D 1 
HETATM 19 C C2' ANP . . . AA 7 116.49 125.687 138.192 1 15.14 ? C2' ANP 601 D 1 
HETATM 20 O O2' ANP . . . AA 7 116.387 124.395 138.781 1 19.07 ? O2' ANP 601 D 1 
HETATM 21 C C1' ANP . . . AA 7 117.444 126.577 139.005 1 13.11 ? C1' ANP 601 D 1 
HETATM 22 N N9 ANP . . . AA 7 116.871 127.853 139.416 1 13.85 ? N9 ANP 601 D 1 
HETATM 23 C C8 ANP . . . AA 7 116.919 129.04 138.732 1 13.18 ? C8 ANP 601 D 1 
HETATM 24 N N7 ANP . . . AA 7 116.321 130.035 139.338 1 15.33 ? N7 ANP 601 D 1 
HETATM 25 C C5 ANP . . . AA 7 115.843 129.463 140.511 1 15.36 ? C5 ANP 601 D 1 
HETATM 26 C C6 ANP . . . AA 7 115.115 129.991 141.592 1 14.79 ? C6 ANP 601 D 1 
HETATM 27 N N6 ANP . . . AA 7 114.723 131.263 141.676 1 9.17 ? N6 ANP 601 D 1 
HETATM 28 N N1 ANP . . . AA 7 114.799 129.149 142.604 1 16.2 ? N1 ANP 601 D 1 
HETATM 29 C C2 ANP . . . AA 7 115.188 127.873 142.525 1 13.41 ? C2 ANP 601 D 1 
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