data_8XAW # _model_server_result.job_id IXDdPPMpUVo-3BMy7H9svQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 01:30:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8xaw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8XAW # _exptl.entry_id 8XAW _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8XAW _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8XAW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 20-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 20 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 W N N ? 7 Y N N ? 7 AA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A N GLY 154 A GLY 154 1_555 U O3B ADP . A ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.3 ? covale ? covale2 A CA GLY 156 A GLY 156 1_555 U O2A ADP . A ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.376 ? covale ? covale3 E CA GLY 156 E GLY 156 1_555 CA O2A ADP . E ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? covale ? covale4 F CA GLY 156 F GLY 156 1_555 EA O2A ADP . F ADP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? metalc ? metalc1 A OG SER 158 A SER 158 1_555 V MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc2 B OG SER 158 B SER 158 1_555 X MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc3 W O1G ANP . B ANP 601 1_555 X MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc4 W O1B ANP . B ANP 601 1_555 X MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc5 C OG SER 158 C SER 158 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc6 Y O3G ANP . C ANP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? metalc ? metalc7 Y O2B ANP . C ANP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc ? metalc8 D OG SER 158 D SER 158 1_555 BA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc9 AA O2G ANP . D ANP 601 1_555 BA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc10 AA O2B ANP . D ANP 601 1_555 BA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc11 E OG SER 158 E SER 158 1_555 DA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc12 E OE2 GLU 192 E GLU 192 1_555 DA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc13 CA O2B ADP . E ADP 601 1_555 DA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc14 F OG SER 158 F SER 158 1_555 FA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? metalc ? metalc15 EA O1B ADP . F ADP 601 1_555 FA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 S N1 DG 1 S DG 1 1_555 T N3 DC 59 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 S N2 DG 1 S DG 1 1_555 T O2 DC 59 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 S O6 DG 1 S DG 1 1_555 T N4 DC 59 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 S N1 DA 2 S DA 2 1_555 T N3 DT 58 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 S N6 DA 2 S DA 2 1_555 T O4 DT 58 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 S N3 DT 3 S DT 3 1_555 T N1 DA 57 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 S O4 DT 3 S DT 3 1_555 T N6 DA 57 T DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 S N3 DC 4 S DC 4 1_555 T N1 DG 56 T DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 S N4 DC 4 S DC 4 1_555 T O6 DG 56 T DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 S O2 DC 4 S DC 4 1_555 T N2 DG 56 T DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog11 S N3 DC 5 S DC 5 1_555 T N2 DG 55 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog12 S O2 DC 5 S DC 5 1_555 T N1 DG 55 T DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 S N1 DA 6 S DA 6 1_555 T N3 DT 54 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 S N6 DA 6 S DA 6 1_555 T O4 DT 54 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog15 S N3 DT 7 S DT 7 1_555 T N1 DA 53 T DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 S N1 DG 8 S DG 8 1_555 T N3 DC 52 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 S N2 DG 8 S DG 8 1_555 T O2 DC 52 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 S O6 DG 8 S DG 8 1_555 T N4 DC 52 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog19 S N3 DC 9 S DC 9 1_555 T N2 DG 51 T DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 S N1 DG 10 S DG 10 1_555 T N3 DC 50 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 S N2 DG 10 S DG 10 1_555 T O2 DC 50 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 S O6 DG 10 S DG 10 1_555 T N4 DC 50 T DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 S N3 DC 11 S DC 11 1_555 T N1 DG 49 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 S N4 DC 11 S DC 11 1_555 T O6 DG 49 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 S O2 DC 11 S DC 11 1_555 T N2 DG 49 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog26 S N1 DG 12 S DG 12 1_555 T N1 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog27 S O6 DG 12 S DG 12 1_555 T N6 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 S N3 DT 13 S DT 13 1_555 T N1 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 S O4 DT 13 S DT 13 1_555 T N6 DA 47 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 57 n n PG O2G ANP sing 58 n n PG O3G ANP sing 59 n n PG N3B ANP sing 60 n n O2G HOG2 ANP sing 61 n n O3G HOG3 ANP sing 62 n n PB O1B ANP doub 63 n n PB O2B ANP sing 64 n n PB N3B ANP sing 65 n n PB O3A ANP sing 66 n n O2B HOB2 ANP sing 67 n n N3B HNB1 ANP sing 68 n n PA O1A ANP doub 69 n n PA O2A ANP sing 70 n n PA O3A ANP sing 71 n n PA O5' ANP sing 72 n n O2A HOA2 ANP sing 73 n n O5' C5' ANP sing 74 n n C5' C4' ANP sing 75 n n C5' "H5'1" ANP sing 76 n n C5' "H5'2" ANP sing 77 n n C4' O4' ANP sing 78 n n C4' C3' ANP sing 79 n n C4' H4' ANP sing 80 n n O4' C1' ANP sing 81 n n C3' O3' ANP sing 82 n n C3' C2' ANP sing 83 n n C3' H3' ANP sing 84 n n O3' HO3' ANP sing 85 n n C2' O2' ANP sing 86 n n C2' C1' ANP sing 87 n n C2' H2' ANP sing 88 n n O2' HO2' ANP sing 89 n n C1' N9 ANP sing 90 n n C1' H1' ANP sing 91 n n N9 C8 ANP sing 92 n y N9 C4 ANP sing 93 n y C8 N7 ANP doub 94 n y C8 H8 ANP sing 95 n n N7 C5 ANP sing 96 n y C5 C6 ANP sing 97 n y C5 C4 ANP doub 98 n y C6 N6 ANP sing 99 n n C6 N1 ANP doub 100 n y N6 HN61 ANP sing 101 n n N6 HN62 ANP sing 102 n n N1 C2 ANP sing 103 n y C2 N3 ANP doub 104 n y C2 H2 ANP sing 105 n n N3 C4 ANP sing 106 n y # _atom_sites.entry_id 8XAW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code U 5 ADP A 1 601 601 ADP ADP . V 6 MG A 1 602 701 MG MG . W 7 ANP B 1 601 601 ANP ANP . X 6 MG B 1 602 701 MG MG . Y 7 ANP C 1 601 601 ANP ANP . Z 6 MG C 1 602 701 MG MG . AA 7 ANP D 1 601 601 ANP ANP . BA 6 MG D 1 602 1001 MG MG . CA 5 ADP E 1 601 601 ADP ADP . DA 6 MG E 1 602 701 MG MG . EA 5 ADP F 1 601 601 ADP ADP . FA 6 MG F 1 602 701 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . Y 7 118.531 161.739 127.561 1 6.82 ? PG ANP 601 C 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . Y 7 117.948 160.494 126.98 1 4.97 ? O1G ANP 601 C 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . Y 7 119.938 161.414 128.187 1 4.24 ? O2G ANP 601 C 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . Y 7 118.711 162.828 126.429 1 8.46 ? O3G ANP 601 C 1 HETATM 5 P PB ANP . . . Y 7 118.37 163.511 129.608 1 0 ? PB ANP 601 C 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . Y 7 119.156 162.859 130.694 1 4.6 ? O1B ANP 601 C 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . Y 7 119.35 164.172 128.6 1 5.07 ? O2B ANP 601 C 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . Y 7 117.508 162.354 128.761 1 5.94 ? N3B ANP 601 C 1 HETATM 9 P PA ANP . . . Y 7 115.874 164.567 130.156 1 1.56 ? PA ANP 601 C 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . Y 7 115.334 165.8 129.544 1 6.34 ? O1A ANP 601 C 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . Y 7 115.469 163.281 129.43 1 9.69 ? O2A ANP 601 C 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . Y 7 117.457 164.613 130.226 1 0 ? O3A ANP 601 C 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . Y 7 115.413 164.544 131.666 1 0.99 ? O5' ANP 601 C 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . Y 7 114.875 163.351 132.267 1 3.84 ? C5' ANP 601 C 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . Y 7 113.821 163.752 133.267 1 2.91 ? C4' ANP 601 C 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . Y 7 114.447 164.386 134.396 1 2.44 ? O4' ANP 601 C 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . Y 7 112.813 164.778 132.771 1 6.49 ? C3' ANP 601 C 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . Y 7 111.75 164.146 132.067 1 7.26 ? O3' ANP 601 C 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . Y 7 112.326 165.429 134.071 1 5.76 ? C2' ANP 601 C 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . Y 7 111.172 164.779 134.59 1 10.35 ? O2' ANP 601 C 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . Y 7 113.519 165.249 135.024 1 6 ? C1' ANP 601 C 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . Y 7 114.2 166.489 135.36 1 4.27 ? N9 ANP 601 C 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . Y 7 115.009 167.236 134.54 1 3.1 ? C8 ANP 601 C 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . Y 7 115.497 168.312 135.102 1 4.7 ? N7 ANP 601 C 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . Y 7 114.971 168.28 136.389 1 4.86 ? C5 ANP 601 C 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . Y 7 115.107 169.145 137.487 1 4.28 ? C6 ANP 601 C 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . Y 7 115.843 170.257 137.473 1 3.64 ? N6 ANP 601 C 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . Y 7 114.448 168.82 138.623 1 4.32 ? N1 ANP 601 C 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . Y 7 113.71 167.706 138.644 1 4.83 ? C2 ANP 601 C 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . Y 7 113.509 166.816 137.67 1 5.67 ? N3 ANP 601 C 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . Y 7 114.174 167.164 136.553 1 6.14 ? C4 ANP 601 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 324 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 63 _model_server_stats.query_time_ms 269 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 31 #