data_8XKL
#
_model_server_result.job_id            '_dbvdT6VZW8s1nhgjyTEfw' 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 00:26:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8xkl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"KC","auth_seq_id":606}' 
#
_entry.id    8XKL 
#
_exptl.entry_id    8XKL 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              893.489 
_entity.id                          9 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CHLOROPHYLL A' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    69 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 9 I N N 
? 9 J N N 
? 9 K N N 
? 9 L N N 
? 9 M N N 
? 9 N N N 
? 9 O N N 
? 9 P N N 
? 9 Q N N 
? 9 S N N 
? 9 T N N 
? 9 U N N 
? 9 BA N N 
? 9 CA N N 
? 9 DA N N 
? 9 EA N N 
? 9 FA N N 
? 9 GA N N 
? 9 HA N N 
? 9 IA N N 
? 9 JA N N 
? 9 LA N N 
? 9 MA N N 
? 9 NA N N 
? 9 UA N N 
? 9 VA N N 
? 9 WA N N 
? 9 XA N N 
? 9 YA N N 
? 9 ZA N N 
? 9 AB N N 
? 9 BB N N 
? 9 CB N N 
? 9 EB N N 
? 9 FB N N 
? 9 NB N N 
? 9 OB N N 
? 9 PB N N 
? 9 QB N N 
? 9 RB N N 
? 9 SB N N 
? 9 TB N N 
? 9 UB N N 
? 9 VB N N 
? 9 WB N N 
? 9 XB N N 
? 9 CC N N 
? 9 FC N N 
? 9 GC N N 
? 9 HC N N 
? 9 IC N N 
? 9 KC N N 
? 9 LC N N 
? 9 MC N N 
? 9 OC N N 
? 9 PC N N 
? 9 WC N N 
? 9 XC N N 
? 9 YC N N 
? 9 ZC N N 
? 9 AD N N 
? 9 BD N N 
? 9 CD N N 
? 9 DD N N 
? 9 ED N N 
? 9 GD N N 
? 9 HD N N 
? 9 OD N N 
? 9 PD N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 54 0 ALA 54 1_555 I MG CLA . 0 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 92 0 GLU 92 1_555 J MG CLA . 0 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc3 A O PRO 115 0 PRO 115 1_555 U MG CLA . 0 CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLN 141 0 GLN 141 1_555 M MG CLA . 0 CLA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 150 0 GLU 150 1_555 O MG CLA . 0 CLA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASN 195 0 ASN 195 1_555 R MG KC2 . 0 KC2 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc7 B OE2 GLU 92 7 GLU 92 1_555 CA MG CLA . 7 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? 
metalc ? metalc8 B OE1 GLN 109 7 GLN 109 1_555 EA MG CLA . 7 CLA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc9 B OE2 GLU 193 7 GLU 193 1_555 IA MG CLA . 7 CLA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc10 C O ALA 48 8 ALA 48 1_555 UA MG CLA . 8 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc11 C OE2 GLU 86 8 GLU 86 1_555 VA MG CLA . 8 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? 
metalc ? metalc12 C OE1 GLN 131 8 GLN 131 1_555 YA MG CLA . 8 CLA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? 
metalc ? metalc13 C OE1 GLU 140 8 GLU 140 1_555 AB MG CLA . 8 CLA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc14 C OE2 GLU 181 8 GLU 181 1_555 BB MG CLA . 8 CLA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? 
metalc ? metalc15 C OE1 GLN 198 8 GLN 198 1_555 EB MG CLA . 8 CLA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc16 CB MG CLA . 8 CLA 609 1_555 LB O4 LHG . 8 LHG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? 
metalc ? metalc17 D O ALA 49 9 ALA 49 1_555 NB MG CLA . 9 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc18 D OE2 GLU 87 9 GLU 87 1_555 OB MG CLA . 9 CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? 
metalc ? metalc19 D OE1 GLN 104 9 GLN 104 1_555 QB MG CLA . 9 CLA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc20 D OE2 GLU 186 9 GLU 186 1_555 TB MG CLA . 9 CLA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? 
metalc ? metalc21 D OE1 GLN 203 9 GLN 203 1_555 WB MG CLA . 9 CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc22 F O ALA 48 P ALA 48 1_555 FC MG CLA . P CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc23 F OE2 GLU 86 P GLU 86 1_555 GC MG CLA . P CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc24 F OE1 GLU 140 P GLU 140 1_555 KC MG CLA . P CLA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc25 F OE2 GLU 140 P GLU 140 1_555 KC MG CLA . P CLA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? 
metalc ? metalc26 F OE2 GLU 184 P GLU 184 1_555 LC MG CLA . P CLA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc27 F OD1 ASN 187 P ASN 187 1_555 NC MG KC2 . P KC2 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc28 G O SER 40 p SER 40 1_555 WC MG CLA . p CLA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc29 G OE2 GLU 78 p GLU 78 1_555 XC MG CLA . p CLA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc30 G OE1 GLU 132 p GLU 132 1_555 CD MG CLA . p CLA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? 
metalc ? metalc31 G OE2 GLU 174 p GLU 174 1_555 DD MG CLA . p CLA 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc32 H O TRP 163 s TRP 163 1_555 PD MG CLA . s CLA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
#
_chem_comp.formula           'C55 H72 Mg N4 O5' 
_chem_comp.formula_weight    893.489 
_chem_comp.id                CLA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CHLOROPHYLL A' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
MG NA CLA sing 167 n n 
MG NB CLA sing 168 n n 
MG NC CLA sing 169 n n 
MG ND CLA sing 170 n n 
CHA C1A CLA sing 171 n n 
CHA C4D CLA doub 172 n n 
CHA CBD CLA sing 173 n n 
CHB C4A CLA doub 174 n n 
CHB C1B CLA sing 175 n n 
CHB HHB CLA sing 176 n n 
CHC C4B CLA sing 177 n n 
CHC C1C CLA doub 178 n n 
CHC HHC CLA sing 179 n n 
CHD C4C CLA sing 180 n n 
CHD C1D CLA doub 181 n n 
CHD HHD CLA sing 182 n n 
NA C1A CLA doub 183 n n 
NA C4A CLA sing 184 n n 
C1A C2A CLA sing 185 n n 
C2A C3A CLA sing 186 n n 
C2A CAA CLA sing 187 n n 
C2A H2A CLA sing 188 n n 
C3A C4A CLA sing 189 n n 
C3A CMA CLA sing 190 n n 
C3A H3A CLA sing 191 n n 
CMA HMA1 CLA sing 192 n n 
CMA HMA2 CLA sing 193 n n 
CMA HMA3 CLA sing 194 n n 
CAA CBA CLA sing 195 n n 
CAA HAA1 CLA sing 196 n n 
CAA HAA2 CLA sing 197 n n 
CBA CGA CLA sing 198 n n 
CBA HBA1 CLA sing 199 n n 
CBA HBA2 CLA sing 200 n n 
CGA O1A CLA doub 201 n n 
CGA O2A CLA sing 202 n n 
O2A C1 CLA sing 203 n n 
NB C1B CLA sing 204 n y 
NB C4B CLA sing 205 n y 
C1B C2B CLA doub 206 n y 
C2B C3B CLA sing 207 n y 
C2B CMB CLA sing 208 n n 
C3B C4B CLA doub 209 n y 
C3B CAB CLA sing 210 n n 
CMB HMB1 CLA sing 211 n n 
CMB HMB2 CLA sing 212 n n 
CMB HMB3 CLA sing 213 n n 
CAB CBB CLA doub 214 n n 
CAB HAB CLA sing 215 n n 
CBB HBB1 CLA sing 216 n n 
CBB HBB2 CLA sing 217 n n 
NC C1C CLA sing 218 n n 
NC C4C CLA doub 219 n n 
C1C C2C CLA sing 220 n n 
C2C C3C CLA doub 221 n n 
C2C CMC CLA sing 222 n n 
C3C C4C CLA sing 223 n n 
C3C CAC CLA sing 224 n n 
CMC HMC1 CLA sing 225 n n 
CMC HMC2 CLA sing 226 n n 
CMC HMC3 CLA sing 227 n n 
CAC CBC CLA sing 228 n n 
CAC HAC1 CLA sing 229 n n 
CAC HAC2 CLA sing 230 n n 
CBC HBC1 CLA sing 231 n n 
CBC HBC2 CLA sing 232 n n 
CBC HBC3 CLA sing 233 n n 
ND C1D CLA sing 234 n n 
ND C4D CLA sing 235 n n 
C1D C2D CLA sing 236 n n 
C2D C3D CLA doub 237 n n 
C2D CMD CLA sing 238 n n 
C3D C4D CLA sing 239 n n 
C3D CAD CLA sing 240 n n 
CMD HMD1 CLA sing 241 n n 
CMD HMD2 CLA sing 242 n n 
CMD HMD3 CLA sing 243 n n 
CAD OBD CLA doub 244 n n 
CAD CBD CLA sing 245 n n 
CBD CGD CLA sing 246 n n 
CBD HBD CLA sing 247 n n 
CGD O1D CLA doub 248 n n 
CGD O2D CLA sing 249 n n 
O2D CED CLA sing 250 n n 
CED HED1 CLA sing 251 n n 
CED HED2 CLA sing 252 n n 
CED HED3 CLA sing 253 n n 
C1 C2 CLA sing 254 n n 
C1 H11 CLA sing 255 n n 
C1 H12 CLA sing 256 n n 
C2 C3 CLA doub 257 e n 
C2 H2 CLA sing 258 n n 
C3 C4 CLA sing 259 n n 
C3 C5 CLA sing 260 n n 
C4 H41 CLA sing 261 n n 
C4 H42 CLA sing 262 n n 
C4 H43 CLA sing 263 n n 
C5 C6 CLA sing 264 n n 
C5 H51 CLA sing 265 n n 
C5 H52 CLA sing 266 n n 
C6 C7 CLA sing 267 n n 
C6 H61 CLA sing 268 n n 
C6 H62 CLA sing 269 n n 
C7 C8 CLA sing 270 n n 
C7 H71 CLA sing 271 n n 
C7 H72 CLA sing 272 n n 
C8 C9 CLA sing 273 n n 
C8 C10 CLA sing 274 n n 
C8 H8 CLA sing 275 n n 
C9 H91 CLA sing 276 n n 
C9 H92 CLA sing 277 n n 
C9 H93 CLA sing 278 n n 
C10 C11 CLA sing 279 n n 
C10 H101 CLA sing 280 n n 
C10 H102 CLA sing 281 n n 
C11 C12 CLA sing 282 n n 
C11 H111 CLA sing 283 n n 
C11 H112 CLA sing 284 n n 
C12 C13 CLA sing 285 n n 
C12 H121 CLA sing 286 n n 
C12 H122 CLA sing 287 n n 
C13 C14 CLA sing 288 n n 
C13 C15 CLA sing 289 n n 
C13 H13 CLA sing 290 n n 
C14 H141 CLA sing 291 n n 
C14 H142 CLA sing 292 n n 
C14 H143 CLA sing 293 n n 
C15 C16 CLA sing 294 n n 
C15 H151 CLA sing 295 n n 
C15 H152 CLA sing 296 n n 
C16 C17 CLA sing 297 n n 
C16 H161 CLA sing 298 n n 
C16 H162 CLA sing 299 n n 
C17 C18 CLA sing 300 n n 
C17 H171 CLA sing 301 n n 
C17 H172 CLA sing 302 n n 
C18 C19 CLA sing 303 n n 
C18 C20 CLA sing 304 n n 
C18 H18 CLA sing 305 n n 
C19 H191 CLA sing 306 n n 
C19 H192 CLA sing 307 n n 
C19 H193 CLA sing 308 n n 
C20 H201 CLA sing 309 n n 
C20 H202 CLA sing 310 n n 
C20 H203 CLA sing 311 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8XKL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 9 CLA 0 1 601 601 CLA CLA . 
J 9 CLA 0 1 602 602 CLA CLA . 
K 9 CLA 0 1 603 603 CLA CLA . 
L 9 CLA 0 1 604 604 CLA CLA . 
M 9 CLA 0 1 605 605 CLA CLA . 
N 9 CLA 0 1 606 606 CLA CLA . 
O 9 CLA 0 1 607 607 CLA CLA . 
P 9 CLA 0 1 608 608 CLA CLA . 
Q 9 CLA 0 1 609 609 CLA CLA . 
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S 9 CLA 0 1 611 611 CLA CLA . 
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