data_8XMI # _model_server_result.job_id mOGXYAaQ5A9kuBr0toeHsg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 06:26:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8xmi # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":301}' # _entry.id 8XMI # _exptl.entry_id 8XMI _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8XMI _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8XMI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 N N N ? 4 Q N N ? 4 T N N ? 4 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 125 A GLU 125 1_555 N NA NA . B NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc2 M O3G ATP . A ATP 301 1_555 N NA NA . B NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc3 B OE2 GLU 125 B GLU 125 1_555 N NA NA . B NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc4 N NA NA . B NA 301 1_555 O O3G ATP . B ATP 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc5 C OE2 GLU 125 C GLU 125 1_555 Q NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc6 P O3G ATP . C ATP 301 1_555 Q NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc7 Q NA NA . C NA 302 1_555 D OE2 GLU 125 D GLU 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc8 Q NA NA . C NA 302 1_555 R O3G ATP . D ATP 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc9 E OE2 GLU 125 E GLU 125 1_555 T NA NA . F NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc10 S O3G ATP . E ATP 301 1_555 T NA NA . F NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc11 F OE2 GLU 125 F GLU 125 1_555 T NA NA . F NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? metalc ? metalc12 T NA NA . F NA 301 1_555 U O3G ATP . F ATP 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc13 G OE2 GLU 125 G GLU 125 1_555 W NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc14 V O3G ATP . G ATP 301 1_555 W NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc15 W NA NA . G NA 302 1_555 H OE2 GLU 125 H GLU 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc16 W NA NA . G NA 302 1_555 X O3G ATP . H ATP 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc17 I O VAL 60 I VAL 60 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.86 ? metalc ? metalc18 I O THR 61 I THR 61 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? metalc ? metalc19 I O ASN 175 I ASN 175 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? metalc ? metalc20 I O ALA 176 I ALA 176 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.244 ? metalc ? metalc21 I O THR 278 I THR 278 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? metalc ? metalc22 I O ALA 279 I ALA 279 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc23 I O THR 390 I THR 390 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc24 I O VAL 391 I VAL 391 1_555 Y K K . I K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? metalc ? metalc25 J O VAL 60 J VAL 60 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.434 ? metalc ? metalc26 J O THR 61 J THR 61 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? metalc ? metalc27 J O ASN 175 J ASN 175 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc28 J O ALA 176 J ALA 176 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.105 ? metalc ? metalc29 J O THR 278 J THR 278 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc30 J O ALA 279 J ALA 279 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? metalc ? metalc31 J O THR 390 J THR 390 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? metalc ? metalc32 J O VAL 391 J VAL 391 1_555 Z K K . J K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc ? metalc33 K O VAL 60 K VAL 60 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? metalc ? metalc34 K O THR 61 K THR 61 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc35 K O ASN 175 K ASN 175 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? metalc ? metalc36 K O ALA 176 K ALA 176 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.068 ? metalc ? metalc37 K O THR 278 K THR 278 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc38 K O ALA 279 K ALA 279 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? metalc ? metalc39 K O THR 390 K THR 390 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.801 ? metalc ? metalc40 K O VAL 391 K VAL 391 1_555 AA K K . K K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc41 L O VAL 60 L VAL 60 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? metalc ? metalc42 L O THR 61 L THR 61 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? metalc ? metalc43 L O ASN 175 L ASN 175 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc44 L O ALA 176 L ALA 176 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.091 ? metalc ? metalc45 L O THR 278 L THR 278 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? metalc ? metalc46 L O ALA 279 L ALA 279 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? metalc ? metalc47 L O THR 390 L THR 390 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc48 L O VAL 391 L VAL 391 1_555 BA K K . L K 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8XMI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 ATP A 1 301 301 ATP ATP . N 4 NA B 1 301 302 NA NA . O 3 ATP B 1 302 301 ATP ATP . P 3 ATP C 1 301 301 ATP ATP . Q 4 NA C 1 302 302 NA NA . R 3 ATP D 1 301 301 ATP ATP . S 3 ATP E 1 301 301 ATP ATP . T 4 NA F 1 301 302 NA NA . U 3 ATP F 1 302 301 ATP ATP . V 3 ATP G 1 301 301 ATP ATP . W 4 NA G 1 302 302 NA NA . X 3 ATP H 1 301 301 ATP ATP . Y 5 K I 1 501 501 K K . Z 5 K J 1 501 501 K K . AA 5 K K 1 501 501 K K . BA 5 K L 1 501 501 K K . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id N _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 148.585 _atom_site.Cartn_y 146.08 _atom_site.Cartn_z 176.556 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 10.96 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 34 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #