data_8XNP
#
_model_server_result.job_id            4cDievTSXzfnxWDPyRJReQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 10:07:07' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8xnp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"JA","auth_seq_id":303}' 
#
_entry.id    8XNP 
#
_exptl.entry_id    8XNP 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          24 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    23-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      23 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 24 X N N 
? 24 CA N N 
? 24 DA N N 
? 24 EA N N 
? 24 JA N N 
? 24 KA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 Q SG CYS 36 X CYS 36 1_555 Q SG CYS 66 X CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
disulf ? disulf2 Q SG CYS 46 X CYS 46 1_555 Q SG CYS 56 X CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf3 Q SG CYS 78 X CYS 78 1_555 Q SG CYS 110 X CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
disulf ? disulf4 Q SG CYS 88 X CYS 88 1_555 Q SG CYS 100 X CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 99 B CYS 99 1_555 X FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc2 B O CYS 194 B CYS 194 1_555 X FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 194 B CYS 194 1_555 X FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc4 E SG CYS 134 E CYS 134 1_555 AA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc5 F SG CYS 385 F CYS 385 1_555 CA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc6 G O PHE 63 G PHE 63 1_555 FA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc7 G SG CYS 75 G CYS 75 1_555 FA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc8 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 DA FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc9 G SG CYS 128 G CYS 128 1_555 DA FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc10 G SG CYS 137 G CYS 137 1_555 DA FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc11 G SG CYS 182 G CYS 182 1_555 EA FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc12 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 KA FE1 SF4 . I SF4 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc13 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 KA FE2 SF4 . I SF4 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc14 I SG CYS 158 I CYS 158 1_555 JA FE3 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc15 L SG CYS 79 R CYS 79 1_555 MA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc16 L NE2 HIS 88 R HIS 88 1_555 MA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc17 L SG CYS 104 R CYS 104 1_555 MA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 L SG CYS 107 R CYS 107 1_555 MA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 1042 n n 
FE1 S3 SF4 sing 1043 n n 
FE1 S4 SF4 sing 1044 n n 
FE2 S1 SF4 sing 1045 n n 
FE2 S3 SF4 sing 1046 n n 
FE2 S4 SF4 sing 1047 n n 
FE3 S1 SF4 sing 1048 n n 
FE3 S2 SF4 sing 1049 n n 
FE3 S4 SF4 sing 1050 n n 
FE4 S1 SF4 sing 1051 n n 
FE4 S2 SF4 sing 1052 n n 
FE4 S3 SF4 sing 1053 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8XNP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
X 24 SF4 B 1 301 236 SF4 SF4 . 
Y 25 UQ9 B 1 302 399 UQ9 UQ9 . 
Z 26 PC1 B 1 303 406 PC1 PC1 . 
AA 27 FES E 1 301 332 FES FES . 
BA 28 FMN F 1 501 521 FMN FMN . 
CA 24 SF4 F 1 502 522 SF4 SF4 . 
DA 24 SF4 G 1 801 824 SF4 SF4 . 
EA 24 SF4 G 1 802 825 SF4 SF4 . 
FA 27 FES G 1 803 826 FES FES . 
GA 26 PC1 H 1 401 402 PC1 PC1 . 
HA 29 3PE I 1 301 403 3PE 3PE . 
IA 26 PC1 I 1 302 404 PC1 PC1 . 
JA 24 SF4 I 1 303 235 SF4 SF4 . 
KA 24 SF4 I 1 304 236 SF4 SF4 . 
LA 30 NDP P 1 401 536 NDP NDP . 
MA 31 ZN R 1 201 221 ZN ZN . 
NA 32 EHZ W 1 201 201 EHZ EHZ . 
OA 29 3PE Z 1 401 401 3PE 3PE . 
PA 33 CDL a 1 101 405 CDL CDL . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . JA 24 281.67 192.136 219.676 1 27.12 0 FE1 SF4 303 I 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . JA 24 281.564 191.534 216.732 1 27.12 0 FE2 SF4 303 I 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . JA 24 284.206 191.515 218.157 1 27.12 0 FE3 SF4 303 I 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . JA 24 282.749 194.119 217.717 1 27.12 0 FE4 SF4 303 I 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . JA 24 283.423 192.536 216.458 1 27.12 0 S1 SF4 303 I 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . JA 24 283.546 193.105 219.416 1 27.12 0 S2 SF4 303 I 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . JA 24 280.883 193.132 217.963 1 27.12 0 S3 SF4 303 I 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . JA 24 282.341 190.531 218.439 1 27.12 0 S4 SF4 303 I 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              132 
_model_server_stats.parse_time_ms           32 
_model_server_stats.create_model_time_ms    94 
_model_server_stats.query_time_ms           297 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           8 
#