data_8XNR
#
_model_server_result.job_id            8fGObNwqWINt1ohMRyG0_A 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-06-22 18:07:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8xnr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"JA","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    8XNR 
#
_exptl.entry_id    8XNR 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              790.145 
_entity.id                          26 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    23-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      23 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 26 Z N N 
? 26 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 M SG CYS 24 S CYS 24 1_555 M SG CYS 58 S CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf2 Q SG CYS 46 X CYS 46 1_555 Q SG CYS 56 X CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf3 Q SG CYS 88 X CYS 88 1_555 Q SG CYS 100 X CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 99 B CYS 99 1_555 Y FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 194 B CYS 194 1_555 Y FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc3 E SG CYS 134 E CYS 134 1_555 BA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? 
metalc ? metalc4 E SG CYS 175 E CYS 175 1_555 BA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? 
metalc ? metalc5 F SG CYS 385 F CYS 385 1_555 DA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc6 G O PHE 63 G PHE 63 1_555 GA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc7 G SG CYS 75 G CYS 75 1_555 GA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc8 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 EA FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? 
metalc ? metalc9 G SG CYS 128 G CYS 128 1_555 EA FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc10 G SG CYS 137 G CYS 137 1_555 EA FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc11 G SG CYS 182 G CYS 182 1_555 FA FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc12 I SG CYS 116 I CYS 116 1_555 LA FE1 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc13 I SG CYS 119 I CYS 119 1_555 LA FE2 SF4 . I SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc14 I SG CYS 158 I CYS 158 1_555 KA FE3 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc15 L SG CYS 79 R CYS 79 1_555 NA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc16 L NE2 HIS 88 R HIS 88 1_555 NA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? 
metalc ? metalc17 L SG CYS 104 R CYS 104 1_555 NA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 L SG CYS 107 R CYS 107 1_555 NA ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
#
_chem_comp.formula           'C44 H88 N O8 P' 
_chem_comp.formula_weight    790.145 
_chem_comp.id                PC1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O12 P PC1 sing 593 n n 
P O14 PC1 doub 594 n n 
P O13 PC1 sing 595 n n 
P O11 PC1 sing 596 n n 
O13 C11 PC1 sing 597 n n 
C11 C12 PC1 sing 598 n n 
C11 H111 PC1 sing 599 n n 
C11 H112 PC1 sing 600 n n 
C12 N PC1 sing 601 n n 
C12 H121 PC1 sing 602 n n 
C12 H122 PC1 sing 603 n n 
N C13 PC1 sing 604 n n 
N C14 PC1 sing 605 n n 
N C15 PC1 sing 606 n n 
C13 H131 PC1 sing 607 n n 
C13 H132 PC1 sing 608 n n 
C13 H133 PC1 sing 609 n n 
C14 H141 PC1 sing 610 n n 
C14 H142 PC1 sing 611 n n 
C14 H143 PC1 sing 612 n n 
C15 H151 PC1 sing 613 n n 
C15 H152 PC1 sing 614 n n 
C15 H153 PC1 sing 615 n n 
O11 C1 PC1 sing 616 n n 
C1 C2 PC1 sing 617 n n 
C1 H11 PC1 sing 618 n n 
C1 H12 PC1 sing 619 n n 
C2 O21 PC1 sing 620 n n 
C2 C3 PC1 sing 621 n n 
C2 H2 PC1 sing 622 n n 
O21 C21 PC1 sing 623 n n 
C21 O22 PC1 doub 624 n n 
C21 C22 PC1 sing 625 n n 
C22 C23 PC1 sing 626 n n 
C22 H221 PC1 sing 627 n n 
C22 H222 PC1 sing 628 n n 
C23 C24 PC1 sing 629 n n 
C23 H231 PC1 sing 630 n n 
C23 H232 PC1 sing 631 n n 
C24 C25 PC1 sing 632 n n 
C24 H241 PC1 sing 633 n n 
C24 H242 PC1 sing 634 n n 
C25 C26 PC1 sing 635 n n 
C25 H251 PC1 sing 636 n n 
C25 H252 PC1 sing 637 n n 
C26 C27 PC1 sing 638 n n 
C26 H261 PC1 sing 639 n n 
C26 H262 PC1 sing 640 n n 
C27 C28 PC1 sing 641 n n 
C27 H271 PC1 sing 642 n n 
C27 H272 PC1 sing 643 n n 
C28 C29 PC1 sing 644 n n 
C28 H281 PC1 sing 645 n n 
C28 H282 PC1 sing 646 n n 
C29 C2A PC1 sing 647 n n 
C29 H291 PC1 sing 648 n n 
C29 H292 PC1 sing 649 n n 
C2A C2B PC1 sing 650 n n 
C2A H2A1 PC1 sing 651 n n 
C2A H2A2 PC1 sing 652 n n 
C2B C2C PC1 sing 653 n n 
C2B H2B1 PC1 sing 654 n n 
C2B H2B2 PC1 sing 655 n n 
C2C C2D PC1 sing 656 n n 
C2C H2C1 PC1 sing 657 n n 
C2C H2C2 PC1 sing 658 n n 
C2D C2E PC1 sing 659 n n 
C2D H2D1 PC1 sing 660 n n 
C2D H2D2 PC1 sing 661 n n 
C2E C2F PC1 sing 662 n n 
C2E H2E1 PC1 sing 663 n n 
C2E H2E2 PC1 sing 664 n n 
C2F C2G PC1 sing 665 n n 
C2F H2F1 PC1 sing 666 n n 
C2F H2F2 PC1 sing 667 n n 
C2G C2H PC1 sing 668 n n 
C2G H2G1 PC1 sing 669 n n 
C2G H2G2 PC1 sing 670 n n 
C2H C2I PC1 sing 671 n n 
C2H H2H1 PC1 sing 672 n n 
C2H H2H2 PC1 sing 673 n n 
C2I H2I1 PC1 sing 674 n n 
C2I H2I2 PC1 sing 675 n n 
C2I H2I3 PC1 sing 676 n n 
C3 O31 PC1 sing 677 n n 
C3 H31 PC1 sing 678 n n 
C3 H32 PC1 sing 679 n n 
O31 C31 PC1 sing 680 n n 
C31 O32 PC1 doub 681 n n 
C31 C32 PC1 sing 682 n n 
C32 C33 PC1 sing 683 n n 
C32 H321 PC1 sing 684 n n 
C32 H322 PC1 sing 685 n n 
C33 C34 PC1 sing 686 n n 
C33 H331 PC1 sing 687 n n 
C33 H332 PC1 sing 688 n n 
C34 C35 PC1 sing 689 n n 
C34 H341 PC1 sing 690 n n 
C34 H342 PC1 sing 691 n n 
C35 C36 PC1 sing 692 n n 
C35 H351 PC1 sing 693 n n 
C35 H352 PC1 sing 694 n n 
C36 C37 PC1 sing 695 n n 
C36 H361 PC1 sing 696 n n 
C36 H362 PC1 sing 697 n n 
C37 C38 PC1 sing 698 n n 
C37 H371 PC1 sing 699 n n 
C37 H372 PC1 sing 700 n n 
C38 C39 PC1 sing 701 n n 
C38 H381 PC1 sing 702 n n 
C38 H382 PC1 sing 703 n n 
C39 C3A PC1 sing 704 n n 
C39 H391 PC1 sing 705 n n 
C39 H392 PC1 sing 706 n n 
C3A C3B PC1 sing 707 n n 
C3A H3A1 PC1 sing 708 n n 
C3A H3A2 PC1 sing 709 n n 
C3B C3C PC1 sing 710 n n 
C3B H3B1 PC1 sing 711 n n 
C3B H3B2 PC1 sing 712 n n 
C3C C3D PC1 sing 713 n n 
C3C H3C1 PC1 sing 714 n n 
C3C H3C2 PC1 sing 715 n n 
C3D C3E PC1 sing 716 n n 
C3D H3D1 PC1 sing 717 n n 
C3D H3D2 PC1 sing 718 n n 
C3E C3F PC1 sing 719 n n 
C3E H3E1 PC1 sing 720 n n 
C3E H3E2 PC1 sing 721 n n 
C3F C3G PC1 sing 722 n n 
C3F H3F1 PC1 sing 723 n n 
C3F H3F2 PC1 sing 724 n n 
C3G C3H PC1 sing 725 n n 
C3G H3G1 PC1 sing 726 n n 
C3G H3G2 PC1 sing 727 n n 
C3H C3I PC1 sing 728 n n 
C3H H3H1 PC1 sing 729 n n 
C3H H3H2 PC1 sing 730 n n 
C3I H3I1 PC1 sing 731 n n 
C3I H3I2 PC1 sing 732 n n 
C3I H3I3 PC1 sing 733 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8XNR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
X 24 3PE A 1 401 401 3PE 3PE . 
Y 25 SF4 B 1 301 236 SF4 SF4 . 
Z 26 PC1 B 1 302 406 PC1 PC1 . 
AA 27 UQ1 D 1 501 501 UQ1 UQ1 . 
BA 28 FES E 1 301 332 FES FES . 
CA 29 FMN F 1 501 521 FMN FMN . 
DA 25 SF4 F 1 502 522 SF4 SF4 . 
EA 25 SF4 G 1 801 824 SF4 SF4 . 
FA 25 SF4 G 1 802 825 SF4 SF4 . 
GA 28 FES G 1 803 826 FES FES . 
HA 30 UQ9 H 1 401 400 UQ9 UQ9 . 
IA 24 3PE H 1 402 403 3PE 3PE . 
JA 26 PC1 I 1 301 404 PC1 PC1 . 
KA 25 SF4 I 1 302 235 SF4 SF4 . 
LA 25 SF4 I 1 303 236 SF4 SF4 . 
MA 31 NDP P 1 401 536 NDP NDP . 
NA 32 ZN R 1 201 221 ZN ZN . 
OA 33 EHZ W 1 201 201 EHZ EHZ . 
PA 24 3PE b 1 201 201 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O12 PC1 . . . JA 26 276.654 225.795 173.223 1 40.66 -1 O12 PC1 301 I 1 
HETATM 2 P P PC1 . . . JA 26 277.748 226.053 172.218 1 40.66 0 P PC1 301 I 1 
HETATM 3 O O14 PC1 . . . JA 26 279.172 226.273 172.663 1 40.66 0 O14 PC1 301 I 1 
HETATM 4 O O13 PC1 . . . JA 26 277.297 227.307 171.32 1 40.66 0 O13 PC1 301 I 1 
HETATM 5 C C11 PC1 . . . JA 26 277.759 227.456 169.981 1 40.66 0 C11 PC1 301 I 1 
HETATM 6 C C12 PC1 . . . JA 26 277.144 228.716 169.383 1 40.66 0 C12 PC1 301 I 1 
HETATM 7 N N PC1 . . . JA 26 277.737 229.91 170 1 40.66 0 N PC1 301 I 1 
HETATM 8 C C13 PC1 . . . JA 26 277.715 231.024 169.046 1 40.66 0 C13 PC1 301 I 1 
HETATM 9 C C14 PC1 . . . JA 26 276.962 230.29 171.188 1 40.66 0 C14 PC1 301 I 1 
HETATM 10 C C15 PC1 . . . JA 26 279.13 229.637 170.381 1 40.66 0 C15 PC1 301 I 1 
HETATM 11 O O11 PC1 . . . JA 26 277.738 224.845 171.157 1 40.66 0 O11 PC1 301 I 1 
HETATM 12 C C1 PC1 . . . JA 26 278.329 223.59 171.483 1 40.66 0 C1 PC1 301 I 1 
HETATM 13 C C2 PC1 . . . JA 26 278.401 222.74 170.221 1 40.66 0 C2 PC1 301 I 1 
HETATM 14 O O21 PC1 . . . JA 26 277.175 222.855 169.508 1 40.66 0 O21 PC1 301 I 1 
HETATM 15 C C21 PC1 . . . JA 26 277.408 222.997 168.082 1 40.66 0 C21 PC1 301 I 1 
HETATM 16 O O22 PC1 . . . JA 26 278.551 222.956 167.658 1 40.66 0 O22 PC1 301 I 1 
HETATM 17 C C22 PC1 . . . JA 26 276.245 223.192 167.142 1 40.66 0 C22 PC1 301 I 1 
HETATM 18 C C23 PC1 . . . JA 26 275.282 222.022 167.278 1 40.66 0 C23 PC1 301 I 1 
HETATM 19 C C24 PC1 . . . JA 26 274.071 222.216 166.375 1 40.66 0 C24 PC1 301 I 1 
HETATM 20 C C25 PC1 . . . JA 26 273.048 221.116 166.621 1 40.66 0 C25 PC1 301 I 1 
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HETATM 34 C C3 PC1 . . . JA 26 278.615 221.284 170.604 1 40.66 0 C3 PC1 301 I 1 
HETATM 35 O O31 PC1 . . . JA 26 279.972 221.069 170.978 1 40.66 0 O31 PC1 301 I 1 
HETATM 36 C C31 PC1 . . . JA 26 280.442 219.698 171.034 1 40.66 0 C31 PC1 301 I 1 
HETATM 37 O O32 PC1 . . . JA 26 280.692 219.197 172.117 1 40.66 0 O32 PC1 301 I 1 
HETATM 38 C C32 PC1 . . . JA 26 280.574 218.906 169.756 1 40.66 0 C32 PC1 301 I 1 
HETATM 39 C C33 PC1 . . . JA 26 280.647 217.417 170.065 1 40.66 0 C33 PC1 301 I 1 
HETATM 40 C C34 PC1 . . . JA 26 280.488 216.606 168.785 1 40.66 0 C34 PC1 301 I 1 
HETATM 41 C C35 PC1 . . . JA 26 280.36 215.12 169.084 1 40.66 0 C35 PC1 301 I 1 
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