data_8XWO # _model_server_result.job_id MRqy6pZYRdlv3p52dedF8w _model_server_result.datetime_utc '2025-01-22 19:21:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8xwo # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":404}' # _entry.id 8XWO # _exptl.entry_id 8XWO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 101.11 _cell.angle_beta 101.14 _cell.angle_gamma 109.72 _cell.entry_id 8XWO _cell.length_a 92.393 _cell.length_b 92.5 _cell.length_c 96.522 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8XWO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Z,AA,BA,GA,HA,KA 1 1 C,D,F,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,CA,DA,EA,FA,IA,JA,LA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 O N N ? 4 P N N ? 4 R N N ? 4 S N N ? 4 T N N ? 4 W N N ? 4 X N N ? 4 Y N N ? 4 Z N N ? 4 AA N N ? 4 BA N N ? 4 EA N N ? 4 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 81 A ASP 81 1_555 K NA NA . A NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.896 ? metalc ? metalc2 A O PRO 82 A PRO 82 1_555 K NA NA . A NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.033 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLN 146 A GLN 146 1_555 L NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLN 149 A GLN 149 1_555 L NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 167 A ASP 167 1_555 J NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 167 A ASP 167 1_555 J NA NA . A NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 174 A ASP 174 1_555 L NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 174 A ASP 174 1_555 L NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc9 A O GLY 181 A GLY 181 1_555 AA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? metalc ? metalc10 K NA NA . A NA 405 1_555 B OD1 ASN 151 B ASN 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc11 B OE1 GLN 146 B GLN 146 1_555 O NA NA . B NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 147 B ASP 147 1_555 O NA NA . B NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.173 ? metalc ? metalc13 B OE1 GLN 149 B GLN 149 1_555 O NA NA . B NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 156 B ASP 156 1_555 P NA NA . B NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 167 B ASP 167 1_555 P NA NA . B NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 167 B ASP 167 1_555 P NA NA . B NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.175 ? metalc ? metalc17 B OD1 ASP 174 B ASP 174 1_555 O NA NA . B NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 174 B ASP 174 1_555 O NA NA . B NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc19 C O ASP 43 C ASP 43 1_555 T NA NA . C NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc20 C O ASN 44 C ASN 44 1_555 T NA NA . C NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc21 C O GLY 46 C GLY 46 1_555 T NA NA . C NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLN 146 C GLN 146 1_555 R NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc23 C OE1 GLN 149 C GLN 149 1_555 R NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 156 C ASP 156 1_555 S NA NA . C NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 167 C ASP 167 1_555 S NA NA . C NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 167 C ASP 167 1_555 S NA NA . C NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.173 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 174 C ASP 174 1_555 R NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 174 C ASP 174 1_555 R NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc29 C O GLY 181 C GLY 181 1_555 Y NA NA . D NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? metalc ? metalc30 T NA NA . C NA 404 1_555 F O GLY 181 F GLY 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? metalc ? metalc31 D O ASP 43 D ASP 43 1_555 Y NA NA . D NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.12 ? metalc ? metalc32 D O ASN 44 D ASN 44 1_555 Y NA NA . D NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc33 D O GLY 46 D GLY 46 1_555 Y NA NA . D NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc34 D OE1 GLN 149 D GLN 149 1_555 W NA NA . D NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc35 D OD2 ASP 156 D ASP 156 1_555 X NA NA . D NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.01 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 167 D ASP 167 1_555 X NA NA . D NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 174 D ASP 174 1_555 W NA NA . D NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 174 D ASP 174 1_555 W NA NA . D NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc39 E O ASP 43 E ASP 43 1_555 AA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc40 E O ASN 44 E ASN 44 1_555 AA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc41 E O GLY 46 E GLY 46 1_555 AA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc42 E OD2 ASP 156 E ASP 156 1_555 BA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc43 E OD1 ASP 167 E ASP 167 1_555 BA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc44 E OD2 ASP 167 E ASP 167 1_555 BA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.049 ? metalc ? metalc45 E OD1 ASP 174 E ASP 174 1_555 Z NA NA . E NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc46 E OD2 ASP 174 E ASP 174 1_555 Z NA NA . E NA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc ? metalc47 F OE1 GLN 146 F GLN 146 1_555 EA NA NA . F NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc48 F OE1 GLN 149 F GLN 149 1_555 EA NA NA . F NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc49 F OD2 ASP 156 F ASP 156 1_555 FA NA NA . F NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc50 F OD1 ASP 167 F ASP 167 1_555 FA NA NA . F NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc51 F OD2 ASP 167 F ASP 167 1_555 FA NA NA . F NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc52 F OD1 ASP 174 F ASP 174 1_555 EA NA NA . F NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? metalc ? metalc53 F OD2 ASP 174 F ASP 174 1_555 EA NA NA . F NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8XWO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010823 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003879 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003346 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011484 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.003338 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010996 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MIY A 1 401 401 MIY MIY . H 3 C8E A 1 402 515 C8E C8E . I 3 C8E A 1 403 516 C8E C8E . J 4 NA A 1 404 6 NA NA . K 4 NA A 1 405 15 NA NA . L 4 NA A 1 406 16 NA NA . M 3 C8E B 1 401 518 C8E C8E . N 3 C8E B 1 402 519 C8E C8E . O 4 NA B 1 403 1 NA NA . P 4 NA B 1 404 9 NA NA . Q 3 C8E C 1 401 521 C8E C8E . R 4 NA C 1 402 3 NA NA . S 4 NA C 1 403 10 NA NA . T 4 NA C 1 404 13 NA NA . U 2 MIY D 1 401 401 MIY MIY . V 3 C8E D 1 402 520 C8E C8E . W 4 NA D 1 403 4 NA NA . X 4 NA D 1 404 11 NA NA . Y 4 NA D 1 405 14 NA NA . Z 4 NA E 1 401 2 NA NA . AA 4 NA E 1 402 7 NA NA . BA 4 NA E 1 403 12 NA NA . CA 2 MIY F 1 401 401 MIY MIY . DA 3 C8E F 1 402 517 C8E C8E . EA 4 NA F 1 403 5 NA NA . FA 4 NA F 1 404 8 NA NA . GA 5 HOH A 1 501 4 HOH HOH . GA 5 HOH A 2 502 3 HOH HOH . GA 5 HOH A 3 503 23 HOH HOH . GA 5 HOH A 4 504 14 HOH HOH . GA 5 HOH A 5 505 16 HOH HOH . GA 5 HOH A 6 506 24 HOH HOH . GA 5 HOH A 7 507 2 HOH HOH . GA 5 HOH A 8 508 20 HOH HOH . HA 5 HOH B 1 501 8 HOH HOH . HA 5 HOH B 2 502 13 HOH HOH . IA 5 HOH C 1 501 65 HOH HOH . IA 5 HOH C 2 502 11 HOH HOH . IA 5 HOH C 3 503 71 HOH HOH . JA 5 HOH D 1 501 12 HOH HOH . JA 5 HOH D 2 502 15 HOH HOH . JA 5 HOH D 3 503 64 HOH HOH . KA 5 HOH E 1 501 7 HOH HOH . KA 5 HOH E 2 502 19 HOH HOH . LA 5 HOH F 1 501 72 HOH HOH . LA 5 HOH F 2 502 10 HOH HOH . LA 5 HOH F 3 503 6 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 2.714 _atom_site.Cartn_y -30.957 _atom_site.Cartn_z 14.562 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 37.39 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 404 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 29 _model_server_stats.query_time_ms 312 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #