data_8XZE # _model_server_result.job_id syI7XgSTEoqagW4XlNTYvA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 06:23:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8xze # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":102}' # _entry.id 8XZE # _exptl.entry_id 8XZE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8XZE _cell.length_a 50.276 _cell.length_b 58.127 _cell.length_c 62.096 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8XZE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' GTP 1 A GTP 1 1_555 A P G 2 A G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? metalc ? metalc1 A O3' U 53 A U 53 1_555 E MG MG . A MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? metalc ? metalc2 A O2' U 53 A U 53 1_555 E MG MG . A MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc3 C MG MG . A MG 102 1_555 K O HOH . A HOH 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc4 C MG MG . A MG 102 1_555 K O HOH . A HOH 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc5 D MG MG . A MG 103 1_555 K O HOH . A HOH 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc6 D MG MG . A MG 103 1_555 K O HOH . A HOH 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc7 F MG MG . A MG 105 1_555 K O HOH . A HOH 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc8 F MG MG . A MG 105 1_555 K O HOH . A HOH 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? metalc ? metalc9 F MG MG . A MG 105 1_555 K O HOH . A HOH 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 105 1_555 K O HOH . A HOH 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog1 A N1 GTP 1 A GTP 1 1_555 A O2 U 53 A U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog2 A O6 GTP 1 A GTP 1 1_555 A N3 U 53 A U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 G 2 A G 2 1_555 A N3 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 G 2 A G 2 1_555 A O2 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 G 2 A G 2 1_555 A N4 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 G 3 A G 3 1_555 A N3 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 G 3 A G 3 1_555 A O2 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 G 3 A G 3 1_555 A N4 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog9 A N3 U 4 A U 4 1_555 A O6 G 50 A G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog10 A O2 U 4 A U 4 1_555 A N1 G 50 A G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog14 A N3 U 6 A U 6 1_555 A O6 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog15 A O2 U 6 A U 6 1_555 A N1 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog16 A N2 G 7 A G 7 1_555 A N7 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog17 A N3 G 7 A G 7 1_555 A N6 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog18 A N6 A 9 A A 9 1_555 A N3 G 46 A G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog19 A N7 A 9 A A 9 1_555 A N2 G 46 A G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N3 C 10 A C 10 1_555 A N1 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N4 C 10 A C 10 1_555 A O6 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O2 C 10 A C 10 1_555 A N2 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 C 11 A C 11 1_555 A N1 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 C 11 A C 11 1_555 A O6 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 C 11 A C 11 1_555 A N2 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 G 12 A G 12 1_555 A N3 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N2 G 12 A G 12 1_555 A O2 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O6 G 12 A G 12 1_555 A N4 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 U 13 A U 13 1_555 A N1 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O4 U 13 A U 13 1_555 A N6 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog31 A N3 U 14 A U 14 1_555 A N7 A 17 A A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog32 A O4 U 14 A U 14 1_555 A N6 A 17 A A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog33 A N6 A 16 A A 16 1_555 A O2 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog34 A N6 A 17 A A 17 1_555 A N3 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 G 21 A G 21 1_555 A N3 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N2 G 21 A G 21 1_555 A O2 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O6 G 21 A G 21 1_555 A N4 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N3 U 22 A U 22 1_555 A N1 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O4 U 22 A U 22 1_555 A N6 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N3 C 23 A C 23 1_555 A N1 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N4 C 23 A C 23 1_555 A O6 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O2 C 23 A C 23 1_555 A N2 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N3 C 24 A C 24 1_555 A N1 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N4 C 24 A C 24 1_555 A O6 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O2 C 24 A C 24 1_555 A N2 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 C 25 A C 25 1_555 A N1 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N4 C 25 A C 25 1_555 A O6 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A O2 C 25 A C 25 1_555 A N2 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N1 A 26 A A 26 1_555 A N3 U 35 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N6 A 26 A A 26 1_555 A O4 U 35 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N1 G 27 A G 27 1_555 A N3 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N2 G 27 A G 27 1_555 A O2 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A O6 G 27 A G 27 1_555 A N4 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A N3 C 28 A C 28 1_555 A N1 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 A N4 C 28 A C 28 1_555 A O6 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A O2 C 28 A C 28 1_555 A N2 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8XZE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01989 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.017204 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.016104 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 THG A 1 101 101 THG THG . C 3 MG A 1 102 1 MG MG . D 3 MG A 1 103 2 MG MG . E 3 MG A 1 104 3 MG MG . F 3 MG A 1 105 4 MG MG . G 4 SPM A 1 106 101 SPM SPM . H 5 IR A 1 107 1 IR IR . I 5 IR A 1 108 2 IR IR . J 5 IR A 1 109 3 IR IR . K 6 HOH A 1 201 2 HOH HOH . K 6 HOH A 2 202 6 HOH HOH . K 6 HOH A 3 203 4 HOH HOH . K 6 HOH A 4 204 1 HOH HOH . K 6 HOH A 5 205 3 HOH HOH . K 6 HOH A 6 206 13 HOH HOH . K 6 HOH A 7 207 8 HOH HOH . K 6 HOH A 8 208 12 HOH HOH . K 6 HOH A 9 209 11 HOH HOH . K 6 HOH A 10 210 9 HOH HOH . K 6 HOH A 11 211 10 HOH HOH . K 6 HOH A 12 212 14 HOH HOH . K 6 HOH A 13 213 15 HOH HOH . K 6 HOH A 14 214 5 HOH HOH . K 6 HOH A 15 215 7 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 41.253 _atom_site.Cartn_y 17.848 _atom_site.Cartn_z 23.646 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 60.09 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 102 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #