data_8XZO
#
_model_server_result.job_id            mh8LyTPGezu_NWSqpLMZyg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 10:11:20' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8xzo 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    8XZO 
#
_exptl.entry_id    8XZO 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              202.34 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            SPERMINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8XZO 
_cell.length_a            50.018 
_cell.length_b            57.795 
_cell.length_c            62.454 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8XZO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      2 
_struct_asym.id                             B 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A O3' GTP 1 A GTP 1 1_555 A P G 2 A G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? 
metalc ? metalc1 A O6 G 5 A G 5 1_555 E MG MG . A MG 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc2 A O6 G 38 A G 38 1_555 F MG MG . A MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc3 A O3' U 53 A U 53 1_555 G MG MG . A MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? 
metalc ? metalc4 A O2' U 53 A U 53 1_555 G MG MG . A MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.873 ? 
metalc ? metalc5 D MG MG . A MG 203 1_555 H O HOH . A HOH 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc6 D MG MG . A MG 203 1_555 H O HOH . A HOH 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc7 E MG MG . A MG 204 1_555 H O HOH . A HOH 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc8 E MG MG . A MG 204 1_555 H O HOH . A HOH 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc9 F MG MG . A MG 205 1_555 H O HOH . A HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 205 1_555 H O HOH . A HOH 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc11 F MG MG . A MG 205 1_555 H O HOH . A HOH 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog1 A N1 GTP 1 A GTP 1 1_555 A O2 U 53 A U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog2 A O6 GTP 1 A GTP 1 1_555 A N3 U 53 A U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 G 2 A G 2 1_555 A N3 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 G 2 A G 2 1_555 A O2 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 G 2 A G 2 1_555 A N4 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 G 3 A G 3 1_555 A N3 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 G 3 A G 3 1_555 A O2 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 G 3 A G 3 1_555 A N4 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog9 A N3 U 4 A U 4 1_555 A O6 G 50 A G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog10 A O2 U 4 A U 4 1_555 A N1 G 50 A G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog14 A N3 U 6 A U 6 1_555 A O6 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog15 A O2 U 6 A U 6 1_555 A N1 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog16 A N2 G 7 A G 7 1_555 A N7 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog17 A N3 G 7 A G 7 1_555 A N6 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog18 A N6 A 9 A A 9 1_555 A N3 G 46 A G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog19 A N7 A 9 A A 9 1_555 A N2 G 46 A G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N3 C 10 A C 10 1_555 A N1 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N4 C 10 A C 10 1_555 A O6 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O2 C 10 A C 10 1_555 A N2 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 C 11 A C 11 1_555 A N1 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 C 11 A C 11 1_555 A O6 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 C 11 A C 11 1_555 A N2 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 G 12 A G 12 1_555 A N3 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N2 G 12 A G 12 1_555 A O2 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O6 G 12 A G 12 1_555 A N4 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 U 13 A U 13 1_555 A N1 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O4 U 13 A U 13 1_555 A N6 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog HOOGSTEEN hydrog31 A N3 U 14 A U 14 1_555 A N7 A 17 A A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog HOOGSTEEN hydrog32 A O4 U 14 A U 14 1_555 A N6 A 17 A A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog33 A N6 A 16 A A 16 1_555 A O2 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog34 A N6 A 17 A A 17 1_555 A N3 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 G 21 A G 21 1_555 A N3 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N2 G 21 A G 21 1_555 A O2 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O6 G 21 A G 21 1_555 A N4 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N3 U 22 A U 22 1_555 A N1 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O4 U 22 A U 22 1_555 A N6 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N3 C 23 A C 23 1_555 A N1 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N4 C 23 A C 23 1_555 A O6 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O2 C 23 A C 23 1_555 A N2 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N3 C 24 A C 24 1_555 A N1 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N4 C 24 A C 24 1_555 A O6 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O2 C 24 A C 24 1_555 A N2 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 C 25 A C 25 1_555 A N1 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N4 C 25 A C 25 1_555 A O6 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A O2 C 25 A C 25 1_555 A N2 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N1 A 26 A A 26 1_555 A N3 U 35 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N6 A 26 A A 26 1_555 A O4 U 35 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N1 G 27 A G 27 1_555 A N3 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N2 G 27 A G 27 1_555 A O2 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A O6 G 27 A G 27 1_555 A N4 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A N3 C 28 A C 28 1_555 A N1 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog55 A N4 C 28 A C 28 1_555 A O6 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A O2 C 28 A C 28 1_555 A N2 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H26 N4' 
_chem_comp.formula_weight    202.34 
_chem_comp.id                SPM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              SPERMINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 SPM sing 185 n n 
N1 HN11 SPM sing 186 n n 
N1 HN12 SPM sing 187 n n 
C2 C3 SPM sing 188 n n 
C2 H21 SPM sing 189 n n 
C2 H22 SPM sing 190 n n 
C3 C4 SPM sing 191 n n 
C3 H31 SPM sing 192 n n 
C3 H32 SPM sing 193 n n 
C4 N5 SPM sing 194 n n 
C4 H41 SPM sing 195 n n 
C4 H42 SPM sing 196 n n 
N5 C6 SPM sing 197 n n 
N5 HN5 SPM sing 198 n n 
C6 C7 SPM sing 199 n n 
C6 H61 SPM sing 200 n n 
C6 H62 SPM sing 201 n n 
C7 C8 SPM sing 202 n n 
C7 H71 SPM sing 203 n n 
C7 H72 SPM sing 204 n n 
C8 C9 SPM sing 205 n n 
C8 H81 SPM sing 206 n n 
C8 H82 SPM sing 207 n n 
C9 N10 SPM sing 208 n n 
C9 H91 SPM sing 209 n n 
C9 H92 SPM sing 210 n n 
N10 C11 SPM sing 211 n n 
N10 HN0 SPM sing 212 n n 
C11 C12 SPM sing 213 n n 
C11 H111 SPM sing 214 n n 
C11 H112 SPM sing 215 n n 
C12 C13 SPM sing 216 n n 
C12 H121 SPM sing 217 n n 
C12 H122 SPM sing 218 n n 
C13 N14 SPM sing 219 n n 
C13 H131 SPM sing 220 n n 
C13 H132 SPM sing 221 n n 
N14 HN41 SPM sing 222 n n 
N14 HN42 SPM sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8XZO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019993 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.017303 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.016012 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 SPM A 1 201 201 SPM SPM . 
C 3 GUN A 1 202 101 GUN GUN . 
D 4 MG A 1 203 1 MG MG . 
E 4 MG A 1 204 2 MG MG . 
F 4 MG A 1 205 3 MG MG . 
G 4 MG A 1 206 4 MG MG . 
H 5 HOH A 1 301 1 HOH HOH . 
H 5 HOH A 2 302 12 HOH HOH . 
H 5 HOH A 3 303 8 HOH HOH . 
H 5 HOH A 4 304 17 HOH HOH . 
H 5 HOH A 5 305 5 HOH HOH . 
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H 5 HOH A 7 307 7 HOH HOH . 
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H 5 HOH A 9 309 3 HOH HOH . 
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H 5 HOH A 12 312 13 HOH HOH . 
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H 5 HOH A 20 320 21 HOH HOH . 
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H 5 HOH A 23 323 22 HOH HOH . 
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HETATM 2 C C2 SPM . . . B 2 -10.39 13.273 -27.365 1 62.25 ? C2 SPM 201 A 1 
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HETATM 6 C C6 SPM . . . B 2 -14.576 13.236 -25.998 1 49.44 ? C6 SPM 201 A 1 
HETATM 7 C C7 SPM . . . B 2 -15.651 13.491 -27.054 1 49.24 ? C7 SPM 201 A 1 
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HETATM 10 N N10 SPM . . . B 2 -18.584 14.539 -28.114 1 53.21 ? N10 SPM 201 A 1 
HETATM 11 C C11 SPM . . . B 2 -19.107 14.642 -29.46 1 55.25 ? C11 SPM 201 A 1 
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