data_8XZR
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-08 13:54:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          8xzr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":107}' 
#
_entry.id    8XZR 
#
_exptl.entry_id    8XZR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
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_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.entry_id            8XZR 
_cell.length_a            50.299 
_cell.length_b            58.59 
_cell.length_c            61.119 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8XZR 
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_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
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#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 D N N 
? 4 E N N 
? 4 F N N 
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A O3' GTP 1 A GTP 1 1_555 A P G 2 A G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.565 ? 
metalc ? metalc1 A O6 G 5 A G 5 1_555 E MG MG . A MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc2 A O2' U 14 A U 14 1_555 H MG MG . A MG 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc3 A OP2 C 15 A C 15 1_555 H MG MG . A MG 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc4 A O2' U 29 A U 29 1_555 G MG MG . A MG 106 2_664 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? 
metalc ? metalc5 A O3' U 53 A U 53 1_555 D MG MG . A MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 
metalc ? metalc6 A O2' U 53 A U 53 1_555 D MG MG . A MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc7 E MG MG . A MG 104 1_555 K O HOH . A HOH 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc8 E MG MG . A MG 104 1_555 K O HOH . A HOH 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc9 F MG MG . A MG 105 1_555 K O HOH . A HOH 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 106 1_555 K O HOH . A HOH 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 107 1_555 K O HOH . A HOH 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 108 1_555 K O HOH . A HOH 235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? 
metalc ? metalc13 J MG MG . A MG 109 1_555 K O HOH . A HOH 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc14 J MG MG . A MG 109 1_555 K O HOH . A HOH 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc15 J MG MG . A MG 109 1_555 K O HOH . A HOH 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc16 J MG MG . A MG 109 1_555 K O HOH . A HOH 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc17 J MG MG . A MG 109 1_555 K O HOH . A HOH 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc18 J MG MG . A MG 109 1_555 K O HOH . A HOH 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog1 A N1 GTP 1 A GTP 1 1_555 A O2 U 53 A U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog2 A O6 GTP 1 A GTP 1 1_555 A N3 U 53 A U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 G 2 A G 2 1_555 A N3 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 G 2 A G 2 1_555 A O2 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 G 2 A G 2 1_555 A N4 C 52 A C 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 G 3 A G 3 1_555 A N3 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 G 3 A G 3 1_555 A O2 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 G 3 A G 3 1_555 A N4 C 51 A C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog9 A N3 U 4 A U 4 1_555 A O6 G 50 A G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog10 A O2 U 4 A U 4 1_555 A N1 G 50 A G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 49 A C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog14 A N3 U 6 A U 6 1_555 A O6 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_28_PAIR hydrog15 A O2 U 6 A U 6 1_555 A N1 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog16 A N2 G 7 A G 7 1_555 A N7 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog17 A N3 G 7 A G 7 1_555 A N6 A 47 A A 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog18 A N6 A 9 A A 9 1_555 A N3 G 46 A G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog TYPE_11_PAIR hydrog19 A N7 A 9 A A 9 1_555 A N2 G 46 A G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N3 C 10 A C 10 1_555 A N1 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N4 C 10 A C 10 1_555 A O6 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O2 C 10 A C 10 1_555 A N2 G 45 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 C 11 A C 11 1_555 A N1 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 C 11 A C 11 1_555 A O6 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 C 11 A C 11 1_555 A N2 G 44 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 G 12 A G 12 1_555 A N3 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N2 G 12 A G 12 1_555 A O2 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O6 G 12 A G 12 1_555 A N4 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'U-A PAIR' hydrog29 A O2 U 13 A U 13 1_555 A N6 A 16 A A 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N3 U 13 A U 13 1_555 A N1 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O4 U 13 A U 13 1_555 A N6 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog HOOGSTEEN hydrog32 A N3 U 14 A U 14 1_555 A N7 A 17 A A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog HOOGSTEEN hydrog33 A O4 U 14 A U 14 1_555 A N6 A 17 A A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog34 A N6 A 16 A A 16 1_555 A O2 C 43 A C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog35 A N6 A 17 A A 17 1_555 A N3 A 42 A A 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N1 G 21 A G 21 1_555 A N3 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N2 G 21 A G 21 1_555 A O2 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O6 G 21 A G 21 1_555 A N4 C 40 A C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N3 U 22 A U 22 1_555 A N1 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O4 U 22 A U 22 1_555 A N6 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 C 23 A C 23 1_555 A N1 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N4 C 23 A C 23 1_555 A O6 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O2 C 23 A C 23 1_555 A N2 G 38 A G 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N3 C 24 A C 24 1_555 A N1 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N4 C 24 A C 24 1_555 A O6 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A O2 C 24 A C 24 1_555 A N2 G 37 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N3 C 25 A C 25 1_555 A N1 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N4 C 25 A C 25 1_555 A O6 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A O2 C 25 A C 25 1_555 A N2 G 36 A G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N1 A 26 A A 26 1_555 A N3 U 35 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N6 A 26 A A 26 1_555 A O4 U 35 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N1 G 27 A G 27 1_555 A N3 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N2 G 27 A G 27 1_555 A O2 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O6 G 27 A G 27 1_555 A N4 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog55 A N3 C 28 A C 28 1_555 A N1 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A N4 C 28 A C 28 1_555 A O6 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A O2 C 28 A C 28 1_555 A N2 G 32 A G 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8XZR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019881 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.017068 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.016362 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 ANG A 1 101 101 ANG ANG . 
C 3 SPM A 1 102 201 SPM SPM . 
D 4 MG A 1 103 1 MG MG . 
E 4 MG A 1 104 2 MG MG . 
F 4 MG A 1 105 3 MG MG . 
G 4 MG A 1 106 4 MG MG . 
H 4 MG A 1 107 5 MG MG . 
I 4 MG A 1 108 6 MG MG . 
J 4 MG A 1 109 7 MG MG . 
K 5 HOH A 1 201 15 HOH HOH . 
K 5 HOH A 2 202 43 HOH HOH . 
K 5 HOH A 3 203 40 HOH HOH . 
K 5 HOH A 4 204 23 HOH HOH . 
K 5 HOH A 5 205 37 HOH HOH . 
K 5 HOH A 6 206 50 HOH HOH . 
K 5 HOH A 7 207 51 HOH HOH . 
K 5 HOH A 8 208 46 HOH HOH . 
K 5 HOH A 9 209 35 HOH HOH . 
K 5 HOH A 10 210 14 HOH HOH . 
K 5 HOH A 11 211 10 HOH HOH . 
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