data_8YO7 # _model_server_result.job_id UeCz40uw3bHMA84VDTUxAQ _model_server_result.datetime_utc '2025-01-08 02:17:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8yo7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":101}' # _entry.id 8YO7 # _exptl.entry_id 8YO7 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 393.459 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 K N N ? 6 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C OD2 ASP 488 C ASP 488 1_555 I MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? metalc ? metalc2 D OD1 ASP 488 D ASP 488 1_555 J MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N1 DA 31 E DA 10 1_555 F N3 DT 22 F DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N6 DA 31 E DA 10 1_555 F O4 DT 22 F DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E N3 DT 32 E DT 11 1_555 F N1 DA 21 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E O4 DT 32 E DT 11 1_555 F N6 DA 21 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N1 DA 33 E DA 12 1_555 F N3 DT 20 F DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E N6 DA 33 E DA 12 1_555 F O4 DT 20 F DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog7 E N3 DT 34 E DT 13 1_555 F N1 DA 19 F DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N1 DA 35 E DA 14 1_555 G N3 DT 18 X DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N6 DA 35 E DA 14 1_555 G O4 DT 18 X DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E N3 DC 36 E DC 15 1_555 G N1 DG 17 X DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N4 DC 36 E DC 15 1_555 G O6 DG 17 X DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E O2 DC 36 E DC 15 1_555 G N2 DG 17 X DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E N1 DA 37 E DA 16 1_555 G N3 DT 16 X DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N6 DA 37 E DA 16 1_555 G O4 DT 16 X DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N3 DC 38 E DC 17 1_555 G N1 DG 15 X DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E N4 DC 38 E DC 17 1_555 G O6 DG 15 X DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E O2 DC 38 E DC 17 1_555 G N2 DG 15 X DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N1 DA 39 E DA 18 1_555 G N3 DT 14 X DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N6 DA 39 E DA 18 1_555 G O4 DT 14 X DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog20 E N3 DT 40 E DT 19 1_555 G N1 DA 13 X DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N1 DA 41 E DA 20 1_555 G N3 DT 12 X DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E N6 DA 41 E DA 20 1_555 G O4 DT 12 X DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N3 DT 42 E DT 21 1_555 G N1 DA 11 X DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E O4 DT 42 E DT 21 1_555 G N6 DA 11 X DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 F N1 DA 23 F DA 14 1_555 H N3 DT 30 Y DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 F N6 DA 23 F DA 14 1_555 H O4 DT 30 Y DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 F N3 DT 24 F DT 15 1_555 H N1 DA 29 Y DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 F O4 DT 24 F DT 15 1_555 H N6 DA 29 Y DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 F N1 DA 25 F DA 16 1_555 H N3 DT 28 Y DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 F N6 DA 25 F DA 16 1_555 H O4 DT 28 Y DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 F N3 DC 26 F DC 17 1_555 H N1 DG 27 Y DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 F N4 DC 26 F DC 17 1_555 H O6 DG 27 Y DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 F O2 DC 26 F DC 17 1_555 H N2 DG 27 Y DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 F N1 DA 27 F DA 18 1_555 H N3 DT 26 Y DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 F N6 DA 27 F DA 18 1_555 H O4 DT 26 Y DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog36 F O2 DC 28 F DC 19 1_555 H N2 DG 25 Y DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 F N1 DA 29 F DA 20 1_555 H N3 DT 24 Y DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 F N6 DA 29 F DA 20 1_555 H O4 DT 24 Y DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C21 H19 N3 O3 S' _chem_comp.formula_weight 393.459 _chem_comp.id ASW _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms Amsacrine # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O2 ASW sing 70 n n O2 C3 ASW sing 71 n n O10 S7 ASW doub 72 n n C4 C3 ASW doub 73 n y C4 C5 ASW sing 74 n y C8 S7 ASW sing 75 n n C3 C13 ASW sing 76 n y S7 N6 ASW sing 77 n n S7 O9 ASW doub 78 n n N6 C5 ASW sing 79 n n C5 C11 ASW doub 80 n y C26 C27 ASW doub 81 n y C26 C25 ASW sing 82 n y C27 C28 ASW sing 83 n y C13 N14 ASW sing 84 n n C13 C12 ASW doub 85 n y N14 C15 ASW sing 86 n n C25 C24 ASW doub 87 n y C11 C12 ASW sing 88 n y C28 C15 ASW doub 89 n y C28 C23 ASW sing 90 n y C15 C16 ASW sing 91 n y C24 C23 ASW sing 92 n y C23 N22 ASW doub 93 n y C16 C17 ASW doub 94 n y C16 C21 ASW sing 95 n y C17 C18 ASW sing 96 n y N22 C21 ASW sing 97 n y C21 C20 ASW doub 98 n y C18 C19 ASW doub 99 n y C20 C19 ASW sing 100 n y C1 H1 ASW sing 101 n n C1 H2 ASW sing 102 n n C1 H3 ASW sing 103 n n C4 H4 ASW sing 104 n n N6 H5 ASW sing 105 n n C8 H6 ASW sing 106 n n C8 H7 ASW sing 107 n n C8 H8 ASW sing 108 n n C11 H9 ASW sing 109 n n C12 H10 ASW sing 110 n n N14 H11 ASW sing 111 n n C17 H12 ASW sing 112 n n C18 H13 ASW sing 113 n n C19 H14 ASW sing 114 n n C20 H15 ASW sing 115 n n C24 H16 ASW sing 116 n n C25 H17 ASW sing 117 n n C26 H18 ASW sing 118 n n C27 H19 ASW sing 119 n n # _atom_sites.entry_id 8YO7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 MG C 1 701 2 MG MG . J 5 MG D 1 701 3 MG MG . K 6 ASW E 1 101 1 ASW ASW . L 6 ASW F 1 101 1 ASW ASW . M 7 HOH X 1 101 2 HOH HOH . N 7 HOH Y 1 101 1 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 ASW . . . K 6 124.611 153.227 138.043 1 46.27 ? C1 ASW 101 E 1 HETATM 2 O O2 ASW . . . K 6 125.14 151.975 137.708 1 51.19 ? O2 ASW 101 E 1 HETATM 3 C C3 ASW . . . K 6 125.92 151.955 136.545 1 42.29 ? C3 ASW 101 E 1 HETATM 4 C C4 ASW . . . K 6 126.205 153.129 135.867 1 38.53 ? C4 ASW 101 E 1 HETATM 5 C C5 ASW . . . K 6 126.976 153.096 134.718 1 41.48 ? C5 ASW 101 E 1 HETATM 6 N N6 ASW . . . K 6 127.273 154.332 134.016 1 42.82 ? N6 ASW 101 E 1 HETATM 7 S S7 ASW . . . K 6 126.392 154.776 132.622 1 65.82 ? S7 ASW 101 E 1 HETATM 8 C C8 ASW . . . K 6 127.032 156.353 131.988 1 47.46 ? C8 ASW 101 E 1 HETATM 9 O O9 ASW . . . K 6 124.794 154.944 133.009 1 47.54 ? O9 ASW 101 E 1 HETATM 10 O O10 ASW . . . K 6 126.567 153.609 131.464 1 53.73 ? O10 ASW 101 E 1 HETATM 11 C C11 ASW . . . K 6 127.465 151.889 134.247 1 47.96 ? C11 ASW 101 E 1 HETATM 12 C C12 ASW . . . K 6 127.179 150.714 134.924 1 44.86 ? C12 ASW 101 E 1 HETATM 13 C C13 ASW . . . K 6 126.407 150.75 136.072 1 34.47 ? C13 ASW 101 E 1 HETATM 14 N N14 ASW . . . K 6 126.1 149.53 136.798 1 31.45 ? N14 ASW 101 E 1 HETATM 15 C C15 ASW . . . K 6 127.076 148.503 137.143 1 28.14 ? C15 ASW 101 E 1 HETATM 16 C C16 ASW . . . K 6 126.661 147.137 137.037 1 27.61 ? C16 ASW 101 E 1 HETATM 17 C C17 ASW . . . K 6 125.356 146.78 136.596 1 33.49 ? C17 ASW 101 E 1 HETATM 18 C C18 ASW . . . K 6 124.994 145.437 136.501 1 38.41 ? C18 ASW 101 E 1 HETATM 19 C C19 ASW . . . K 6 125.916 144.438 136.838 1 38.04 ? C19 ASW 101 E 1 HETATM 20 C C20 ASW . . . K 6 127.191 144.785 137.268 1 33.74 ? C20 ASW 101 E 1 HETATM 21 C C21 ASW . . . K 6 127.559 146.16 137.364 1 30.84 ? C21 ASW 101 E 1 HETATM 22 N N22 ASW . . . K 6 128.821 146.448 137.792 1 33.8 ? N22 ASW 101 E 1 HETATM 23 C C23 ASW . . . K 6 129.242 147.739 137.908 1 37.31 ? C23 ASW 101 E 1 HETATM 24 C C24 ASW . . . K 6 130.574 147.977 138.359 1 39.78 ? C24 ASW 101 E 1 HETATM 25 C C25 ASW . . . K 6 131.044 149.275 138.495 1 40.06 ? C25 ASW 101 E 1 HETATM 26 C C26 ASW . . . K 6 130.211 150.353 138.185 1 38.42 ? C26 ASW 101 E 1 HETATM 27 C C27 ASW . . . K 6 128.911 150.118 137.746 1 39.15 ? C27 ASW 101 E 1 HETATM 28 C C28 ASW . . . K 6 128.415 148.789 137.6 1 34.83 ? C28 ASW 101 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 311 _model_server_stats.encode_time_ms 14 _model_server_stats.element_count 28 #