data_8YRK
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#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
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#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 
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_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
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_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
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#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 H N N 
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? 6 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
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_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
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_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
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_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
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_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc7 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? 
metalc ? metalc8 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 502 1_555 Y O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 Y O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 Y O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 Y O HOH . A HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc13 I CA CA . A CA 503 1_555 Y O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc15 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 502 1_555 Z O HOH . B HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.869 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . B MG 502 1_555 Z O HOH . B HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 502 1_555 Z O HOH . B HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 502 1_555 Z O HOH . B HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc20 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc21 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc22 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc23 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc24 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc27 Q O1G GTP . C GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc28 Q O3G GTP . C GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc29 Q O1B GTP . C GTP 501 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc30 R CA CA . C CA 502 1_555 AA O HOH . C HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
metalc ? metalc31 AA O HOH . C HOH 602 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc32 AA O HOH . C HOH 603 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc33 AA O HOH . C HOH 604 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
metalc ? metalc34 AA O HOH . C HOH 607 1_555 T MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc35 U O1B GDP . D GDP 502 1_555 V MG MG . D MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc36 V MG MG . D MG 503 1_555 BA O HOH . D HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc37 V MG MG . D MG 503 1_555 BA O HOH . D HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc38 V MG MG . D MG 503 1_555 BA O HOH . D HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8YRK 
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_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 CL A 1 504 504 CL CL . 
K 9 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 10 MES B 1 503 503 MES MES . 
N 10 MES B 1 504 504 MES MES . 
O 11 GOL B 1 505 505 GOL GOL . 
P 12 A1D62 B 1 506 506 A1D62 LIG . 
Q 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
R 7 CA C 1 502 503 CA CA . 
S 13 EDO C 1 503 504 EDO EDO . 
T 6 MG D 1 501 502 MG MG . 
U 9 GDP D 1 502 501 GDP GDP . 
V 6 MG D 1 503 502 MG MG . 
W 12 A1D62 D 1 504 503 A1D62 LIG . 
X 14 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
Y 15 HOH A 1 601 2 HOH HOH . 
Y 15 HOH A 2 602 3 HOH HOH . 
Y 15 HOH A 3 603 4 HOH HOH . 
Y 15 HOH A 4 604 5 HOH HOH . 
Y 15 HOH A 5 605 1 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 1 601 19 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 2 602 8 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 3 603 10 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 4 604 6 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 5 605 9 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 6 606 7 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 7 607 28 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 8 608 29 HOH HOH . 
Z 15 HOH B 9 609 30 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 1 601 26 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 2 602 13 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 3 603 12 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 4 604 14 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 5 605 15 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 6 606 23 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 7 607 11 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 8 608 32 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 9 609 27 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 10 610 20 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 11 611 21 HOH HOH . 
AA 15 HOH C 12 612 31 HOH HOH . 
BA 15 HOH D 1 601 16 HOH HOH . 
BA 15 HOH D 2 602 24 HOH HOH . 
BA 15 HOH D 3 603 17 HOH HOH . 
BA 15 HOH D 4 604 18 HOH HOH . 
BA 15 HOH D 5 605 33 HOH HOH . 
BA 15 HOH D 6 606 34 HOH HOH . 
CA 15 HOH E 1 201 22 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         V 
_atom_site.label_entity_id       6 
_atom_site.Cartn_x               26.467 
_atom_site.Cartn_y               -9.33 
_atom_site.Cartn_z               -47.345 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        63.82 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           503 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              93 
_model_server_stats.parse_time_ms           17 
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_model_server_stats.query_time_ms           293 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#