data_8YS5
#
_model_server_result.job_id            dxv3rJ7PyCyB6cYaLKT50A 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-30 19:31:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8ys5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    8YS5 
#
_exptl.entry_id    8YS5 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8YS5 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8YS5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 I N N 
? 5 J N N 
? 5 K N N 
? 5 N N N 
? 5 O N N 
? 5 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 19 D CYS 19 1_555 I FE1 SF4 . D SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 22 D CYS 22 1_555 I FE4 SF4 . D SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 25 D CYS 25 1_555 I FE2 SF4 . D SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 29 D CYS 29 1_555 J FE3 SF4 . D SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 56 D CYS 56 1_555 J FE2 SF4 . D SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc6 A O CYS 59 D CYS 59 1_555 J FE1 SF4 . D SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 59 D CYS 59 1_555 J FE1 SF4 . D SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 62 D CYS 62 1_555 J FE4 SF4 . D SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 66 D CYS 66 1_555 I FE3 SF4 . D SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 19 C CYS 19 1_555 K FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 22 C CYS 22 1_555 K FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 53 C CYS 53 1_555 K FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 95 C ASP 95 1_555 L MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASN 123 C ASN 123 1_555 L MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 202 C CYS 202 1_555 K FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . C MG 302 1_555 M O2A TPP . C TPP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . C MG 302 1_555 M O3B TPP . C TPP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . C MG 302 1_555 M O1B TPP . C TPP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? 
metalc ? metalc19 E SG CYS 19 F CYS 19 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc20 E SG CYS 22 F CYS 22 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc21 E SG CYS 25 F CYS 25 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc22 E SG CYS 29 F CYS 29 1_555 O FE3 SF4 . F SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc23 E SG CYS 56 F CYS 56 1_555 O FE2 SF4 . F SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc24 E SG CYS 59 F CYS 59 1_555 O FE1 SF4 . F SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc25 E SG CYS 62 F CYS 62 1_555 O FE4 SF4 . F SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc26 E SG CYS 66 F CYS 66 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc27 G SG CYS 19 H CYS 19 1_555 P FE1 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc28 G SG CYS 22 H CYS 22 1_555 P FE2 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc29 G SG CYS 53 H CYS 53 1_555 P FE3 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc30 G OD1 ASP 95 H ASP 95 1_555 Q MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc31 G OD1 ASN 123 H ASN 123 1_555 Q MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc32 G ND2 ASN 123 H ASN 123 1_555 Q MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? 
metalc ? metalc33 G O ILE 125 H ILE 125 1_555 Q MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? 
metalc ? metalc34 G SG CYS 202 H CYS 202 1_555 P FE4 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc35 Q MG MG . H MG 302 1_555 R O2B TPP . H TPP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc36 Q MG MG . H MG 302 1_555 R O3A TPP . H TPP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.878 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 288 n n 
FE1 S3 SF4 sing 289 n n 
FE1 S4 SF4 sing 290 n n 
FE2 S1 SF4 sing 291 n n 
FE2 S3 SF4 sing 292 n n 
FE2 S4 SF4 sing 293 n n 
FE3 S1 SF4 sing 294 n n 
FE3 S2 SF4 sing 295 n n 
FE3 S4 SF4 sing 296 n n 
FE4 S1 SF4 sing 297 n n 
FE4 S2 SF4 sing 298 n n 
FE4 S3 SF4 sing 299 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8YS5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 5 SF4 D 1 201 1 SF4 SF4 . 
J 5 SF4 D 1 202 2 SF4 SF4 . 
K 5 SF4 C 1 301 3 SF4 SF4 . 
L 6 MG C 1 302 4 MG MG . 
M 7 TPP C 1 303 5 TPP TPP . 
N 5 SF4 F 1 201 1 SF4 SF4 . 
O 5 SF4 F 1 202 2 SF4 SF4 . 
P 5 SF4 H 1 301 3 SF4 SF4 . 
Q 6 MG H 1 302 4 MG MG . 
R 7 TPP H 1 303 5 TPP TPP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . P 5 131.092 139.391 109.432 1 121.33 ? FE1 SF4 301 H 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . P 5 131.999 141.645 110.688 1 116.97 ? FE2 SF4 301 H 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . P 5 131.74 139.312 112.089 1 122.64 ? FE3 SF4 301 H 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . P 5 129.512 140.668 111.263 1 109.62 ? FE4 SF4 301 H 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . P 5 131.077 141.389 112.755 1 113.8 ? S1 SF4 301 H 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . P 5 129.883 138.423 111.106 1 114.05 ? S2 SF4 301 H 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . P 5 130.227 141.493 109.262 1 113.66 ? S3 SF4 301 H 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . P 5 133.153 139.709 110.349 1 113.6 ? S4 SF4 301 H 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           23 
_model_server_stats.create_model_time_ms    15 
_model_server_stats.query_time_ms           379 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           8 
#