data_8Z2L
#
_model_server_result.job_id            '_tdL6XCLD435Zlr2qG4eNw' 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-08 11:17:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8z2l 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    8Z2L 
#
_exptl.entry_id    8Z2L 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            8Z2L 
_cell.length_a            96.261 
_cell.length_b            132.452 
_cell.length_c            197.294 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8Z2L 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2ac 2ab' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,E,F,G,K,L,M,Q,S 1 1 
B,D,H,I,J,N,O,P,R,T 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 26 A ASP 24 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 28 A ASN 26 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 30 A ASP 28 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 30 A ASP 28 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? 
metalc ? metalc5 A O LYS 32 A LYS 30 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 34 A ASP 32 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 107 A ASN 105 1_555 E CA CA . A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 181 A ASP 179 1_555 E CA CA . A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? 
metalc ? metalc9 A O TYR 215 A TYR 213 1_555 E CA CA . A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc10 A O LEU 216 A LEU 214 1_555 E CA CA . A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc11 A OE2 GLU 218 A GLU 216 1_555 E CA CA . A CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc12 B OD1 ASN 28 B ASN 26 1_555 I MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASP 30 B ASP 28 1_555 I MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc14 B O LYS 32 B LYS 30 1_555 I MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 34 B ASP 32 1_555 I MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 107 B ASN 105 1_555 H CA CA . B CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 181 B ASP 179 1_555 H CA CA . B CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc18 B O TYR 215 B TYR 213 1_555 H CA CA . B CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? 
metalc ? metalc19 B O LEU 216 B LEU 214 1_555 H CA CA . B CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 218 B GLU 216 1_555 H CA CA . B CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc21 C OD1 ASN 28 C ASN 26 1_555 L MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc22 C OD1 ASP 30 C ASP 28 1_555 L MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc23 C O LYS 32 C LYS 30 1_555 L MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? 
metalc ? metalc24 C OD2 ASP 34 C ASP 32 1_555 L MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc25 C OD1 ASN 107 C ASN 105 1_555 K CA CA . C CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc26 C OD2 ASP 181 C ASP 179 1_555 K CA CA . C CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc27 C O TYR 215 C TYR 213 1_555 K CA CA . C CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? 
metalc ? metalc28 C O LEU 216 C LEU 214 1_555 K CA CA . C CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 218 C GLU 216 1_555 K CA CA . C CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc30 D OD1 ASP 26 D ASP 24 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? 
metalc ? metalc31 D OD1 ASN 28 D ASN 26 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc32 D OD1 ASP 30 D ASP 28 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc33 D OD2 ASP 30 D ASP 28 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? 
metalc ? metalc34 D O LYS 32 D LYS 30 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? 
metalc ? metalc35 D OD2 ASP 34 D ASP 32 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc36 D OD1 ASN 107 D ASN 105 1_555 N CA CA . D CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc37 D OD2 ASP 181 D ASP 179 1_555 N CA CA . D CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc38 D O TYR 215 D TYR 213 1_555 N CA CA . D CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc39 D O LEU 216 D LEU 214 1_555 N CA CA . D CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc40 D OE2 GLU 218 D GLU 216 1_555 N CA CA . D CA 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8Z2L 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010388 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00755 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005069 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 CA A 1 600 600 CA CA . 
F 3 MG A 1 601 601 MG MG . 
G 4 TRS A 1 602 602 TRS TRS . 
H 2 CA B 1 600 600 CA CA . 
I 3 MG B 1 601 601 MG MG . 
J 4 TRS B 1 602 602 TRS TRS . 
K 2 CA C 1 600 600 CA CA . 
L 3 MG C 1 601 601 MG MG . 
M 4 TRS C 1 602 602 TRS TRS . 
N 2 CA D 1 600 600 CA CA . 
O 3 MG D 1 601 601 MG MG . 
P 4 TRS D 1 602 602 TRS TRS . 
Q 5 HOH A 1 701 54 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 2 702 16 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 3 703 10 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 4 704 37 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 5 705 32 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 6 706 14 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 7 707 3 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 8 708 22 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 9 709 9 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 10 710 44 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 11 711 51 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 12 712 57 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 13 713 5 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 14 714 4 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 15 715 46 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 16 716 56 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 17 717 2 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 18 718 60 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 19 719 19 HOH HOH . 
R 5 HOH B 1 701 1 HOH HOH . 
R 5 HOH B 2 702 7 HOH HOH . 
R 5 HOH B 3 703 28 HOH HOH . 
R 5 HOH B 4 704 24 HOH HOH . 
R 5 HOH B 5 705 35 HOH HOH . 
R 5 HOH B 6 706 41 HOH HOH . 
R 5 HOH B 7 707 31 HOH HOH . 
R 5 HOH B 8 708 34 HOH HOH . 
R 5 HOH B 9 709 43 HOH HOH . 
R 5 HOH B 10 710 36 HOH HOH . 
R 5 HOH B 11 711 12 HOH HOH . 
R 5 HOH B 12 712 33 HOH HOH . 
R 5 HOH B 13 713 27 HOH HOH . 
R 5 HOH B 14 714 61 HOH HOH . 
R 5 HOH B 15 715 25 HOH HOH . 
R 5 HOH B 16 716 18 HOH HOH . 
R 5 HOH B 17 717 17 HOH HOH . 
S 5 HOH C 1 701 6 HOH HOH . 
S 5 HOH C 2 702 58 HOH HOH . 
S 5 HOH C 3 703 50 HOH HOH . 
S 5 HOH C 4 704 52 HOH HOH . 
S 5 HOH C 5 705 42 HOH HOH . 
S 5 HOH C 6 706 53 HOH HOH . 
S 5 HOH C 7 707 55 HOH HOH . 
S 5 HOH C 8 708 59 HOH HOH . 
S 5 HOH C 9 709 11 HOH HOH . 
S 5 HOH C 10 710 13 HOH HOH . 
S 5 HOH C 11 711 40 HOH HOH . 
S 5 HOH C 12 712 26 HOH HOH . 
S 5 HOH C 13 713 48 HOH HOH . 
S 5 HOH C 14 714 23 HOH HOH . 
T 5 HOH D 1 701 30 HOH HOH . 
T 5 HOH D 2 702 21 HOH HOH . 
T 5 HOH D 3 703 38 HOH HOH . 
T 5 HOH D 4 704 45 HOH HOH . 
T 5 HOH D 5 705 29 HOH HOH . 
T 5 HOH D 6 706 47 HOH HOH . 
T 5 HOH D 7 707 39 HOH HOH . 
T 5 HOH D 8 708 20 HOH HOH . 
T 5 HOH D 9 709 8 HOH HOH . 
T 5 HOH D 10 710 15 HOH HOH . 
T 5 HOH D 11 711 49 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         K 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               54.419 
_atom_site.Cartn_y               148.274 
_atom_site.Cartn_z               69.256 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        65.33 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           600 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              27 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    42 
_model_server_stats.query_time_ms           274 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#