data_8ZB8 # _model_server_result.job_id wqqIM2VZKsVdv_as1lDS3Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 18:46:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8zb8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":501}' # _entry.id 8ZB8 # _exptl.entry_id 8ZB8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8ZB8 _cell.length_a 105.599 _cell.length_b 158.202 _cell.length_c 180.521 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8ZB8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.088 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc4 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc6 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? metalc ? metalc7 G O3G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc8 G O2B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc9 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc10 K O2A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc ? metalc11 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc12 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc13 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc14 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc15 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc16 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc17 O O3G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc18 O O2B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 279 n n PG O2G GTP sing 280 n n PG O3G GTP sing 281 n n PG O3B GTP sing 282 n n O2G HOG2 GTP sing 283 n n O3G HOG3 GTP sing 284 n n O3B PB GTP sing 285 n n PB O1B GTP doub 286 n n PB O2B GTP sing 287 n n PB O3A GTP sing 288 n n O2B HOB2 GTP sing 289 n n O3A PA GTP sing 290 n n PA O1A GTP doub 291 n n PA O2A GTP sing 292 n n PA O5' GTP sing 293 n n O2A HOA2 GTP sing 294 n n O5' C5' GTP sing 295 n n C5' C4' GTP sing 296 n n C5' H5' GTP sing 297 n n C5' "H5''" GTP sing 298 n n C4' O4' GTP sing 299 n n C4' C3' GTP sing 300 n n C4' H4' GTP sing 301 n n O4' C1' GTP sing 302 n n C3' O3' GTP sing 303 n n C3' C2' GTP sing 304 n n C3' H3' GTP sing 305 n n O3' HO3' GTP sing 306 n n C2' O2' GTP sing 307 n n C2' C1' GTP sing 308 n n C2' H2' GTP sing 309 n n O2' HO2' GTP sing 310 n n C1' N9 GTP sing 311 n n C1' H1' GTP sing 312 n n N9 C8 GTP sing 313 n y N9 C4 GTP sing 314 n y C8 N7 GTP doub 315 n y C8 H8 GTP sing 316 n n N7 C5 GTP sing 317 n y C5 C6 GTP sing 318 n n C5 C4 GTP doub 319 n y C6 O6 GTP doub 320 n n C6 N1 GTP sing 321 n n N1 C2 GTP sing 322 n n N1 HN1 GTP sing 323 n n C2 N2 GTP sing 324 n n C2 N3 GTP doub 325 n n N2 HN21 GTP sing 326 n n N2 HN22 GTP sing 327 n n N3 C4 GTP sing 328 n n # _atom_sites.entry_id 8ZB8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00947 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006321 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00554 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 8 GOL A 1 504 504 GOL GOL . K 9 GDP B 1 501 501 GDP GDP . L 6 MG B 1 502 502 MG MG . M 10 MES B 1 503 503 MES MES . N 11 A1D8I B 1 504 601 A1D8I KKK . O 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . P 6 MG C 1 502 502 MG MG . Q 7 CA C 1 503 503 CA CA . R 9 GDP D 1 501 501 GDP GDP . S 11 A1D8I D 1 502 601 A1D8I KKK . T 12 ACP F 1 401 401 ACP ACP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . G 5 26.68 -73.681 -46.189 1 63.62 ? PG GTP 501 A 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . G 5 26.466 -72.207 -46.506 1 40.67 ? O1G GTP 501 A 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . G 5 25.466 -74.456 -45.641 1 52.24 -1 O2G GTP 501 A 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . G 5 27.838 -74.039 -45.28 1 62.82 ? O3G GTP 501 A 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . G 5 27.224 -74.174 -47.599 1 51.63 ? O3B GTP 501 A 1 HETATM 6 P PB GTP . . . G 5 26.463 -75.333 -48.362 1 42.75 ? PB GTP 501 A 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . G 5 27.363 -75.719 -49.501 1 51.83 -1 O1B GTP 501 A 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . G 5 26.064 -76.406 -47.396 1 48.55 ? O2B GTP 501 A 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . G 5 25.156 -74.608 -48.918 1 52.63 ? O3A GTP 501 A 1 HETATM 10 P PA GTP . . . G 5 23.957 -75.331 -49.693 1 42.88 ? PA GTP 501 A 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . G 5 24.435 -76.61 -50.311 1 47.02 -1 O1A GTP 501 A 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . G 5 22.758 -75.518 -48.794 1 47.17 ? O2A GTP 501 A 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . G 5 23.671 -74.212 -50.803 1 42.3 ? O5' GTP 501 A 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . G 5 22.426 -73.588 -50.867 1 41.99 ? C5' GTP 501 A 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . G 5 21.897 -73.895 -52.249 1 45.12 ? C4' GTP 501 A 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . G 5 21.822 -75.3 -52.375 1 42.85 ? O4' GTP 501 A 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . G 5 20.522 -73.306 -52.446 1 44.61 ? C3' GTP 501 A 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . G 5 20.51 -72.841 -53.774 1 47.23 ? O3' GTP 501 A 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . G 5 19.621 -74.505 -52.208 1 43.53 ? C2' GTP 501 A 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . G 5 18.464 -74.449 -53.001 1 49.44 ? O2' GTP 501 A 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . G 5 20.492 -75.68 -52.623 1 46.16 ? C1' GTP 501 A 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . G 5 20.311 -76.917 -51.855 1 46.49 ? N9 GTP 501 A 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . G 5 20.658 -77.173 -50.562 1 43.91 ? C8 GTP 501 A 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . G 5 20.345 -78.466 -50.299 1 43.81 ? N7 GTP 501 A 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . G 5 19.828 -79.043 -51.405 1 42.69 ? C5 GTP 501 A 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . G 5 19.344 -80.314 -51.702 1 43.92 ? C6 GTP 501 A 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . G 5 19.343 -81.232 -50.857 1 44.42 ? O6 GTP 501 A 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . G 5 18.853 -80.537 -52.97 1 41.96 ? N1 GTP 501 A 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . G 5 18.851 -79.542 -53.914 1 41.51 ? C2 GTP 501 A 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . G 5 18.386 -79.733 -55.145 1 41.73 ? N2 GTP 501 A 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . G 5 19.338 -78.312 -53.605 1 45.26 ? N3 GTP 501 A 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . G 5 19.812 -78.067 -52.378 1 44.59 ? C4 GTP 501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 353 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 32 #