data_9ASC
#
_model_server_result.job_id            pmTLQYEaIOd-0RrGb8z5Yg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-04-14 01:11:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9asc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    9ASC 
#
_exptl.entry_id    9ASC 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              404.161 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9ASC 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9ASC 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 138 A ASP 102 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 140 A GLN 104 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc3 E O2A UDP . A UDP 401 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc4 E PB UDP . A UDP 401 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc5 E O1B UDP . A UDP 401 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc6 E O2B UDP . A UDP 401 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 138 B ASP 102 1_555 H MN MN . B MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc8 B OE1 GLN 140 B GLN 104 1_555 H MN MN . B MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc9 G O2A UDP . B UDP 401 1_555 H MN MN . B MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc10 G PB UDP . B UDP 401 1_555 H MN MN . B MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc11 G O1B UDP . B UDP 401 1_555 H MN MN . B MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc12 G O2B UDP . B UDP 401 1_555 H MN MN . B MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc13 C OD2 ASP 138 C ASP 102 1_555 J MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc14 C OE1 GLN 140 C GLN 104 1_555 J MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc15 I O2A UDP . C UDP 401 1_555 J MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc16 I PB UDP . C UDP 401 1_555 J MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc17 I O1B UDP . C UDP 401 1_555 J MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc18 I O2B UDP . C UDP 401 1_555 J MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc19 D OD2 ASP 138 D ASP 102 1_555 L MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc20 D OE1 GLN 140 D GLN 104 1_555 L MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc21 K O2A UDP . D UDP 401 1_555 L MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc22 K PB UDP . D UDP 401 1_555 L MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc23 K O1B UDP . D UDP 401 1_555 L MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc24 K O2B UDP . D UDP 401 1_555 L MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H14 N2 O12 P2' 
_chem_comp.formula_weight    404.161 
_chem_comp.id                UDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 UDP sing 356 n n 
N1 C6 UDP sing 357 n n 
N1 C1' UDP sing 358 n n 
C2 N3 UDP sing 359 n n 
C2 O2 UDP doub 360 n n 
N3 C4 UDP sing 361 n n 
N3 HN3 UDP sing 362 n n 
C4 C5 UDP sing 363 n n 
C4 O4 UDP doub 364 n n 
C5 C6 UDP doub 365 n n 
C5 H5 UDP sing 366 n n 
C6 H6 UDP sing 367 n n 
C1' C2' UDP sing 368 n n 
C1' O4' UDP sing 369 n n 
C1' H1' UDP sing 370 n n 
C2' O2' UDP sing 371 n n 
C2' C3' UDP sing 372 n n 
C2' H2' UDP sing 373 n n 
O2' HO2' UDP sing 374 n n 
C3' C4' UDP sing 375 n n 
C3' O3' UDP sing 376 n n 
C3' H3' UDP sing 377 n n 
C4' O4' UDP sing 378 n n 
C4' C5' UDP sing 379 n n 
C4' H4' UDP sing 380 n n 
O3' HO3' UDP sing 381 n n 
C5' O5' UDP sing 382 n n 
C5' "H5'1" UDP sing 383 n n 
C5' "H5'2" UDP sing 384 n n 
O5' PA UDP sing 385 n n 
PA O1A UDP doub 386 n n 
PA O2A UDP sing 387 n n 
PA O3A UDP sing 388 n n 
O2A HOA2 UDP sing 389 n n 
O3A PB UDP sing 390 n n 
PB O1B UDP doub 391 n n 
PB O2B UDP sing 392 n n 
PB O3B UDP sing 393 n n 
O2B HOB2 UDP sing 394 n n 
O3B HOB3 UDP sing 395 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9ASC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 UDP A 1 401 401 UDP UDP . 
F 3 MN A 1 402 501 MN MN . 
G 2 UDP B 1 401 401 UDP UDP . 
H 3 MN B 1 402 501 MN MN . 
I 2 UDP C 1 401 401 UDP UDP . 
J 3 MN C 1 402 501 MN MN . 
K 2 UDP D 1 401 401 UDP UDP . 
L 3 MN D 1 402 501 MN MN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 UDP . . . G 2 148.851 122.534 129.055 1 45.22 ? N1 UDP 401 B 1 
HETATM 2 C C2 UDP . . . G 2 148.21 121.607 129.851 1 48.29 ? C2 UDP 401 B 1 
HETATM 3 N N3 UDP . . . G 2 147.491 120.655 129.173 1 46.38 ? N3 UDP 401 B 1 
HETATM 4 C C4 UDP . . . G 2 147.354 120.547 127.803 1 48.07 ? C4 UDP 401 B 1 
HETATM 5 C C5 UDP . . . G 2 148.047 121.543 127.049 1 51.03 ? C5 UDP 401 B 1 
HETATM 6 C C6 UDP . . . G 2 148.759 122.488 127.684 1 51.08 ? C6 UDP 401 B 1 
HETATM 7 O O2 UDP . . . G 2 148.272 121.623 131.072 1 51.55 ? O2 UDP 401 B 1 
HETATM 8 O O4 UDP . . . G 2 146.668 119.629 127.327 1 50.82 ? O4 UDP 401 B 1 
HETATM 9 C C1' UDP . . . G 2 149.639 123.58 129.723 1 50.13 ? C1' UDP 401 B 1 
HETATM 10 C C2' UDP . . . G 2 151.117 123.558 129.348 1 56.02 ? C2' UDP 401 B 1 
HETATM 11 O O2' UDP . . . G 2 151.843 122.668 130.186 1 57.48 ? O2' UDP 401 B 1 
HETATM 12 C C3' UDP . . . G 2 151.501 125.017 129.59 1 56.11 ? C3' UDP 401 B 1 
HETATM 13 C C4' UDP . . . G 2 150.246 125.77 129.151 1 54.24 ? C4' UDP 401 B 1 
HETATM 14 O O4' UDP . . . G 2 149.149 124.839 129.309 1 54.76 ? O4' UDP 401 B 1 
HETATM 15 O O3' UDP . . . G 2 151.788 125.268 130.96 1 53.19 ? O3' UDP 401 B 1 
HETATM 16 C C5' UDP . . . G 2 150.269 126.279 127.732 1 53.92 ? C5' UDP 401 B 1 
HETATM 17 O O5' UDP . . . G 2 151.338 125.639 127.007 1 57.61 ? O5' UDP 401 B 1 
HETATM 18 P PA UDP . . . G 2 151.474 125.797 125.44 1 62.77 ? PA UDP 401 B 1 
HETATM 19 O O1A UDP . . . G 2 150.791 124.644 124.71 1 61.37 ? O1A UDP 401 B 1 
HETATM 20 O O2A UDP . . . G 2 152.91 126.025 125.152 1 61.45 ? O2A UDP 401 B 1 
HETATM 21 O O3A UDP . . . G 2 150.636 127.095 125.096 1 53.49 ? O3A UDP 401 B 1 
HETATM 22 P PB UDP . . . G 2 151.212 128.295 124.239 1 64.19 ? PB UDP 401 B 1 
HETATM 23 O O1B UDP . . . G 2 152.23 127.838 123.248 1 59.37 ? O1B UDP 401 B 1 
HETATM 24 O O2B UDP . . . G 2 151.766 129.244 125.303 1 59.09 ? O2B UDP 401 B 1 
HETATM 25 O O3B UDP . . . G 2 149.958 128.899 123.604 1 55.45 ? O3B UDP 401 B 1 
HETATM 26 H HN3 UDP . . . G 2 147.084 120.068 129.65 1 53.44 ? HN3 UDP 401 B 1 
HETATM 27 H H5 UDP . . . G 2 148.002 121.536 126.121 1 55.27 ? H5 UDP 401 B 1 
HETATM 28 H H6 UDP . . . G 2 149.204 123.129 127.18 1 54.93 ? H6 UDP 401 B 1 
HETATM 29 H H1' UDP . . . G 2 149.551 123.495 130.685 1 53.72 ? H1' UDP 401 B 1 
HETATM 30 H H2' UDP . . . G 2 151.227 123.329 128.412 1 55.34 ? H2' UDP 401 B 1 
HETATM 31 H HO2' UDP . . . G 2 151.891 122.995 130.969 1 54.85 ? HO2' UDP 401 B 1 
HETATM 32 H H3' UDP . . . G 2 152.255 125.262 129.032 1 55.98 ? H3' UDP 401 B 1 
HETATM 33 H H4' UDP . . . G 2 150.11 126.517 129.753 1 54.36 ? H4' UDP 401 B 1 
HETATM 34 H HO3' UDP . . . G 2 151.26 124.812 131.445 1 54.25 ? HO3' UDP 401 B 1 
HETATM 35 H "H5'1" UDP . . . G 2 149.425 126.075 127.301 1 54.76 ? "H5'1" UDP 401 B 1 
HETATM 36 H "H5'2" UDP . . . G 2 150.409 127.239 127.735 1 54.71 ? "H5'2" UDP 401 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              13 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
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_model_server_stats.query_time_ms           281 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           36 
#