data_9AVJ # _model_server_result.job_id S0pEXtwLkp2cQ8beDBRkCw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 23:39:21' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9avj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":600}' # _entry.id 9AVJ # _exptl.entry_id 9AVJ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9AVJ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9AVJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 H N N ? 8 J N N ? 8 L N N ? 8 N N N ? 8 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG1 THR 151 A THR 176 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc2 H O1G ANP . A ANP 600 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc3 H O2G ANP . A ANP 600 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc4 H O3A ANP . A ANP 600 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc5 J O1G ANP . B ANP 600 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc6 J O2G ANP . B ANP 600 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc7 J O2B ANP . B ANP 600 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc8 C OG1 THR 151 C THR 176 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc9 L O1G ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc10 L O3G ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc11 L O2B ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc12 L O3A ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc13 D OG1 THR 164 D THR 165 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc14 D OE1 GLU 189 D GLU 190 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc15 N O1G ANP . D ANP 500 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc16 N O2B ANP . D ANP 500 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc17 N O2A ANP . D ANP 500 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc18 F OG1 THR 165 F THR 165 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc19 P O1G ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc20 P O2B ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc21 P O1A ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? metalc ? metalc22 P O2A ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc23 P O3A ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 13 n n PG O2G ANP sing 14 n n PG O3G ANP sing 15 n n PG N3B ANP sing 16 n n O2G HOG2 ANP sing 17 n n O3G HOG3 ANP sing 18 n n PB O1B ANP doub 19 n n PB O2B ANP sing 20 n n PB N3B ANP sing 21 n n PB O3A ANP sing 22 n n O2B HOB2 ANP sing 23 n n N3B HNB1 ANP sing 24 n n PA O1A ANP doub 25 n n PA O2A ANP sing 26 n n PA O3A ANP sing 27 n n PA O5' ANP sing 28 n n O2A HOA2 ANP sing 29 n n O5' C5' ANP sing 30 n n C5' C4' ANP sing 31 n n C5' "H5'1" ANP sing 32 n n C5' "H5'2" ANP sing 33 n n C4' O4' ANP sing 34 n n C4' C3' ANP sing 35 n n C4' H4' ANP sing 36 n n O4' C1' ANP sing 37 n n C3' O3' ANP sing 38 n n C3' C2' ANP sing 39 n n C3' H3' ANP sing 40 n n O3' HO3' ANP sing 41 n n C2' O2' ANP sing 42 n n C2' C1' ANP sing 43 n n C2' H2' ANP sing 44 n n O2' HO2' ANP sing 45 n n C1' N9 ANP sing 46 n n C1' H1' ANP sing 47 n n N9 C8 ANP sing 48 n y N9 C4 ANP sing 49 n y C8 N7 ANP doub 50 n y C8 H8 ANP sing 51 n n N7 C5 ANP sing 52 n y C5 C6 ANP sing 53 n y C5 C4 ANP doub 54 n y C6 N6 ANP sing 55 n n C6 N1 ANP doub 56 n y N6 HN61 ANP sing 57 n n N6 HN62 ANP sing 58 n n N1 C2 ANP sing 59 n y C2 N3 ANP doub 60 n y C2 H2 ANP sing 61 n n N3 C4 ANP sing 62 n y # _atom_sites.entry_id 9AVJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 8 ANP A 1 600 600 ANP ANP . I 9 MG A 1 601 601 MG MG . J 8 ANP B 1 600 600 ANP ANP . K 9 MG B 1 601 601 MG MG . L 8 ANP C 1 600 600 ANP ANP . M 9 MG C 1 601 601 MG MG . N 8 ANP D 1 500 500 ANP ANP . O 9 MG D 1 501 501 MG MG . P 8 ANP F 1 500 500 ANP ANP . Q 9 MG F 1 501 501 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . H 8 126.411 98.553 113.156 1 54.4 ? PG ANP 600 A 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . H 8 125.672 97.257 113.057 1 54.4 ? O1G ANP 600 A 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . H 8 126.881 99.003 111.72 1 54.4 ? O2G ANP 600 A 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . H 8 125.462 99.662 113.764 1 54.4 ? O3G ANP 600 A 1 HETATM 5 P PB ANP . . . H 8 128.977 99.382 113.609 1 54.4 ? PB ANP 600 A 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . H 8 128.393 100.731 113.344 1 54.4 ? O1B ANP 600 A 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . H 8 130.102 99.487 114.678 1 54.4 ? O2B ANP 600 A 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . H 8 127.767 98.358 114.148 1 54.4 ? N3B ANP 600 A 1 HETATM 9 P PA ANP . . . H 8 131.047 98.231 112.292 1 54.4 ? PA ANP 600 A 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . H 8 132.043 99.287 112.576 1 54.4 ? O1A ANP 600 A 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . H 8 131.06 97.065 113.284 1 54.4 ? O2A ANP 600 A 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . H 8 129.575 98.815 112.29 1 54.4 ? O3A ANP 600 A 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . H 8 131.274 97.736 110.809 1 54.4 ? O5' ANP 600 A 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . H 8 132.109 96.6 110.52 1 54.4 ? C5' ANP 600 A 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . H 8 133.544 97.059 110.475 1 54.4 ? C4' ANP 600 A 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . H 8 134.148 96.864 111.766 1 54.4 ? O4' ANP 600 A 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . H 8 134.43 96.317 109.471 1 54.4 ? C3' ANP 600 A 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . H 8 134.706 97.131 108.336 1 54.4 ? O3' ANP 600 A 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . H 8 135.711 95.98 110.259 1 54.4 ? C2' ANP 600 A 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . H 8 136.878 96.429 109.579 1 54.4 ? O2' ANP 600 A 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . H 8 135.536 96.742 111.573 1 54.4 ? C1' ANP 600 A 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . H 8 136.1 96.062 112.732 1 54.4 ? N9 ANP 600 A 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . H 8 135.413 95.522 113.787 1 54.4 ? C8 ANP 600 A 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . H 8 136.177 94.964 114.695 1 54.4 ? N7 ANP 600 A 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . H 8 137.46 95.148 114.201 1 54.4 ? C5 ANP 600 A 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . H 8 138.728 94.785 114.695 1 54.4 ? C6 ANP 600 A 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . H 8 138.918 94.133 115.845 1 54.4 ? N6 ANP 600 A 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . H 8 139.809 95.12 113.955 1 54.4 ? N1 ANP 600 A 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . H 8 139.624 95.771 112.803 1 54.4 ? C2 ANP 600 A 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . H 8 138.48 96.166 112.238 1 54.4 ? N3 ANP 600 A 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . H 8 137.428 95.822 112.992 1 54.4 ? C4 ANP 600 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 25 _model_server_stats.query_time_ms 228 _model_server_stats.encode_time_ms 21 _model_server_stats.element_count 31 #