data_9AVJ
#
_model_server_result.job_id            UZXQTFum_tVXNhrYxmozcA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-30 23:47:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9avj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    9AVJ 
#
_exptl.entry_id    9AVJ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              506.196 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9AVJ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9AVJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 H N N 
? 8 J N N 
? 8 L N N 
? 8 N N N 
? 8 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 151 A THR 176 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc2 H O1G ANP . A ANP 600 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc3 H O2G ANP . A ANP 600 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc4 H O3A ANP . A ANP 600 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc5 J O1G ANP . B ANP 600 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? 
metalc ? metalc6 J O2G ANP . B ANP 600 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc7 J O2B ANP . B ANP 600 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc8 C OG1 THR 151 C THR 176 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc9 L O1G ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc10 L O3G ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc11 L O2B ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc12 L O3A ANP . C ANP 600 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? 
metalc ? metalc13 D OG1 THR 164 D THR 165 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc14 D OE1 GLU 189 D GLU 190 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc15 N O1G ANP . D ANP 500 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? 
metalc ? metalc16 N O2B ANP . D ANP 500 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc17 N O2A ANP . D ANP 500 1_555 O MG MG . D MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc18 F OG1 THR 165 F THR 165 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? 
metalc ? metalc19 P O1G ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc20 P O2B ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? 
metalc ? metalc21 P O1A ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc22 P O2A ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc23 P O3A ANP . F ANP 500 1_555 Q MG MG . F MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    506.196 
_chem_comp.id                ANP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ANP doub 13 n n 
PG O2G ANP sing 14 n n 
PG O3G ANP sing 15 n n 
PG N3B ANP sing 16 n n 
O2G HOG2 ANP sing 17 n n 
O3G HOG3 ANP sing 18 n n 
PB O1B ANP doub 19 n n 
PB O2B ANP sing 20 n n 
PB N3B ANP sing 21 n n 
PB O3A ANP sing 22 n n 
O2B HOB2 ANP sing 23 n n 
N3B HNB1 ANP sing 24 n n 
PA O1A ANP doub 25 n n 
PA O2A ANP sing 26 n n 
PA O3A ANP sing 27 n n 
PA O5' ANP sing 28 n n 
O2A HOA2 ANP sing 29 n n 
O5' C5' ANP sing 30 n n 
C5' C4' ANP sing 31 n n 
C5' "H5'1" ANP sing 32 n n 
C5' "H5'2" ANP sing 33 n n 
C4' O4' ANP sing 34 n n 
C4' C3' ANP sing 35 n n 
C4' H4' ANP sing 36 n n 
O4' C1' ANP sing 37 n n 
C3' O3' ANP sing 38 n n 
C3' C2' ANP sing 39 n n 
C3' H3' ANP sing 40 n n 
O3' HO3' ANP sing 41 n n 
C2' O2' ANP sing 42 n n 
C2' C1' ANP sing 43 n n 
C2' H2' ANP sing 44 n n 
O2' HO2' ANP sing 45 n n 
C1' N9 ANP sing 46 n n 
C1' H1' ANP sing 47 n n 
N9 C8 ANP sing 48 n y 
N9 C4 ANP sing 49 n y 
C8 N7 ANP doub 50 n y 
C8 H8 ANP sing 51 n n 
N7 C5 ANP sing 52 n y 
C5 C6 ANP sing 53 n y 
C5 C4 ANP doub 54 n y 
C6 N6 ANP sing 55 n n 
C6 N1 ANP doub 56 n y 
N6 HN61 ANP sing 57 n n 
N6 HN62 ANP sing 58 n n 
N1 C2 ANP sing 59 n y 
C2 N3 ANP doub 60 n y 
C2 H2 ANP sing 61 n n 
N3 C4 ANP sing 62 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     9AVJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 8 ANP A 1 600 600 ANP ANP . 
I 9 MG A 1 601 601 MG MG . 
J 8 ANP B 1 600 600 ANP ANP . 
K 9 MG B 1 601 601 MG MG . 
L 8 ANP C 1 600 600 ANP ANP . 
M 9 MG C 1 601 601 MG MG . 
N 8 ANP D 1 500 500 ANP ANP . 
O 9 MG D 1 501 501 MG MG . 
P 8 ANP F 1 500 500 ANP ANP . 
Q 9 MG F 1 501 501 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ANP . . . J 8 122.438 130.166 153.753 1 63.11 ? PG ANP 600 B 1 
HETATM 2 O O1G ANP . . . J 8 121.761 131.456 153.412 1 63.11 ? O1G ANP 600 B 1 
HETATM 3 O O2G ANP . . . J 8 121.464 129.298 154.63 1 63.11 ? O2G ANP 600 B 1 
HETATM 4 O O3G ANP . . . J 8 122.778 129.389 152.423 1 63.11 ? O3G ANP 600 B 1 
HETATM 5 P PB ANP . . . J 8 123.585 131.409 155.954 1 63.11 ? PB ANP 600 B 1 
HETATM 6 O O1B ANP . . . J 8 123.435 132.834 155.537 1 63.11 ? O1B ANP 600 B 1 
HETATM 7 O O2B ANP . . . J 8 122.285 130.939 156.664 1 63.11 ? O2B ANP 600 B 1 
HETATM 8 N N3B ANP . . . J 8 123.868 130.449 154.61 1 63.11 ? N3B ANP 600 B 1 
HETATM 9 P PA ANP . . . J 8 124.59 131.491 158.495 1 63.11 ? PA ANP 600 B 1 
HETATM 10 O O1A ANP . . . J 8 124.163 132.872 158.811 1 63.11 ? O1A ANP 600 B 1 
HETATM 11 O O2A ANP . . . J 8 123.63 130.404 158.987 1 63.11 ? O2A ANP 600 B 1 
HETATM 12 O O3A ANP . . . J 8 124.79 131.283 156.934 1 63.11 ? O3A ANP 600 B 1 
HETATM 13 O O5' ANP . . . J 8 126.035 131.297 159.099 1 63.11 ? O5' ANP 600 B 1 
HETATM 14 C C5' ANP . . . J 8 126.735 130.048 158.964 1 63.11 ? C5' ANP 600 B 1 
HETATM 15 C C4' ANP . . . J 8 127.385 129.754 160.29 1 63.11 ? C4' ANP 600 B 1 
HETATM 16 O O4' ANP . . . J 8 128.72 130.307 160.301 1 63.11 ? O4' ANP 600 B 1 
HETATM 17 C C3' ANP . . . J 8 126.671 130.37 161.487 1 63.11 ? C3' ANP 600 B 1 
HETATM 18 O O3' ANP . . . J 8 125.706 129.47 162.017 1 63.11 ? O3' ANP 600 B 1 
HETATM 19 C C2' ANP . . . J 8 127.818 130.622 162.47 1 63.11 ? C2' ANP 600 B 1 
HETATM 20 O O2' ANP . . . J 8 128.104 129.47 163.253 1 63.11 ? O2' ANP 600 B 1 
HETATM 21 C C1' ANP . . . J 8 128.987 130.944 161.535 1 63.11 ? C1' ANP 600 B 1 
HETATM 22 N N9 ANP . . . J 8 129.169 132.371 161.277 1 63.11 ? N9 ANP 600 B 1 
HETATM 23 C C8 ANP . . . J 8 128.364 133.189 160.53 1 63.11 ? C8 ANP 600 B 1 
HETATM 24 N N7 ANP . . . J 8 128.777 134.43 160.462 1 63.11 ? N7 ANP 600 B 1 
HETATM 25 C C5 ANP . . . J 8 129.94 134.428 161.218 1 63.11 ? C5 ANP 600 B 1 
HETATM 26 C C6 ANP . . . J 8 130.861 135.445 161.54 1 63.11 ? C6 ANP 600 B 1 
HETATM 27 N N6 ANP . . . J 8 130.744 136.709 161.124 1 63.11 ? N6 ANP 600 B 1 
HETATM 28 N N1 ANP . . . J 8 131.917 135.11 162.313 1 63.11 ? N1 ANP 600 B 1 
HETATM 29 C C2 ANP . . . J 8 132.035 133.847 162.731 1 63.11 ? C2 ANP 600 B 1 
HETATM 30 N N3 ANP . . . J 8 131.233 132.807 162.491 1 63.11 ? N3 ANP 600 B 1 
HETATM 31 C C4 ANP . . . J 8 130.196 133.169 161.723 1 63.11 ? C4 ANP 600 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    24 
_model_server_stats.query_time_ms           226 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           31 
#