data_9AXL # _model_server_result.job_id r34DjkuzcWwFsJ4iUBGBFw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 22:30:20' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9axl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":1104}' # _entry.id 9AXL # _exptl.entry_id 9AXL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9AXL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9AXL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N ? 5 G N N ? 5 H N N ? 5 I N N ? 5 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 87 A CYS 56 1_555 A SG CYS 96 A CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 138 A CYS 107 1_555 A SG CYS 161 A CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 177 A CYS 146 1_555 A SG CYS 198 A CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 504 A CYS 473 1_555 A SG CYS 515 A CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 521 A CYS 490 1_555 A SG CYS 576 A CYS 545 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 39 B CYS 13 1_555 B SG CYS 461 B CYS 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 42 B CYS 16 1_555 B SG CYS 64 B CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 52 B CYS 26 1_555 B SG CYS 75 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 203 B CYS 177 1_555 B SG CYS 210 B CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 258 B CYS 232 1_555 B SG CYS 299 B CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 400 B CYS 374 1_555 B SG CYS 412 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 463 B CYS 437 1_555 B SG CYS 483 B CYS 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 474 B CYS 448 1_555 B SG CYS 486 B CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 488 B CYS 462 1_555 B SG CYS 497 B CYS 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 499 B CYS 473 1_555 B SG CYS 529 B CYS 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 534 B CYS 508 1_555 B SG CYS 547 B CYS 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 22 H CYS 22 1_555 C SG CYS 96 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf18 C SG CYS 140 H CYS 140 1_555 D SG CYS 213 L CYS 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf19 C SG CYS 152 H CYS 152 1_555 C SG CYS 207 H CYS 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 23 L CYS 23 1_555 D SG CYS 87 L CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf21 D SG CYS 133 L CYS 133 1_555 D SG CYS 193 L CYS 193 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 274 A GLU 243 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 274 A GLU 243 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc3 A O ASP 278 A ASP 247 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc4 A O THR 281 A THR 250 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc5 A OG1 THR 281 A THR 250 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 283 A GLU 252 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 283 A GLU 252 1_555 E CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 328 A ASP 297 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 332 A ASP 301 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc10 A O ARG 334 A ARG 303 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 336 A ASP 305 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 336 A ASP 305 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 398 A ASP 367 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.103 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 400 A ASP 369 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc15 A O TYR 402 A TYR 371 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 404 A ASP 373 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 404 A ASP 373 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 457 A ASP 426 1_555 H CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 459 A ASP 428 1_555 H CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASN 461 A ASN 430 1_555 H CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc21 A O TYR 463 A TYR 432 1_555 H CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 465 A ASP 434 1_555 H CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc23 A OD2 ASP 465 A ASP 434 1_555 H CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc24 B O SER 149 B SER 123 1_555 I CA CA . B CA 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.076 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 152 B ASP 126 1_555 I CA CA . B CA 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 152 B ASP 126 1_555 I CA CA . B CA 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 184 B ASP 158 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASP 243 B ASP 217 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc29 B OD2 ASP 243 B ASP 217 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.06 ? metalc ? metalc30 B O PRO 245 B PRO 219 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc31 B OE1 GLU 246 B GLU 220 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? metalc ? metalc32 B OE2 GLU 246 B GLU 220 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc33 I CA CA . B CA 1000 1_555 L O HOH . B HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc34 K MG MG . B MG 1002 1_555 L O HOH . B HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc35 K MG MG . B MG 1002 1_555 L O HOH . B HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9AXL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 CA A 1 1101 1000 CA CA . F 5 CA A 1 1102 1001 CA CA . G 5 CA A 1 1103 1002 CA CA . H 5 CA A 1 1104 1003 CA CA . I 5 CA B 1 1000 1000 CA CA . J 5 CA B 1 1001 1001 CA CA . K 6 MG B 1 1002 1002 MG MG . L 7 HOH B 1 1101 1005 HOH HOH . L 7 HOH B 2 1102 1006 HOH HOH . L 7 HOH B 3 1103 1008 HOH HOH . L 7 HOH B 4 1104 1004 HOH HOH . L 7 HOH B 5 1105 1003 HOH HOH . L 7 HOH B 6 1106 1009 HOH HOH . L 7 HOH B 7 1107 1007 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 157.19 _atom_site.Cartn_y 143.25 _atom_site.Cartn_z 198.665 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 63 _model_server_stats.parse_time_ms 31 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #