data_9B90 # _model_server_result.job_id CkJD0y1wgu1ZDkmSddKxOA _model_server_result.datetime_utc '2025-07-30 12:39:14' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9b90 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":2001}' # _entry.id 9B90 # _exptl.entry_id 9B90 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 N N N ? 2 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 993 A CYS 993 1_555 A SG CYS 1011 A CYS 1011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 993 B CYS 993 1_555 B SG CYS 1011 B CYS 1011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 993 C CYS 993 1_555 C SG CYS 1011 C CYS 1011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 993 D CYS 993 1_555 D SG CYS 1011 D CYS 1011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 270 A ASP 270 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc2 A O ALA 392 A ALA 392 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 395 A ASP 395 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 395 A ASP 395 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 396 A GLU 396 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 828 A GLU 828 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 828 A GLU 828 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLN 831 A GLN 831 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 868 A ASP 868 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 270 B ASP 270 1_555 I CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc11 B O ALA 392 B ALA 392 1_555 I CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 395 B ASP 395 1_555 I CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 395 B ASP 395 1_555 I CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc14 B OE2 GLU 396 B GLU 396 1_555 I CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.001 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 828 B GLU 828 1_555 H CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc16 B OE2 GLU 828 B GLU 828 1_555 H CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLN 831 B GLN 831 1_555 H CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 868 B ASP 868 1_555 H CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc19 C OD2 ASP 270 C ASP 270 1_555 L CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc20 C O ALA 392 C ALA 392 1_555 L CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 395 C ASP 395 1_555 L CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 395 C ASP 395 1_555 L CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc23 C OE2 GLU 396 C GLU 396 1_555 L CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.001 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 828 C GLU 828 1_555 K CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 828 C GLU 828 1_555 K CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc26 C OE1 GLN 831 C GLN 831 1_555 K CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 868 C ASP 868 1_555 K CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 270 D ASP 270 1_555 O CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc29 D O ALA 392 D ALA 392 1_555 O CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASP 395 D ASP 395 1_555 O CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc31 D OD2 ASP 395 D ASP 395 1_555 O CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc32 D OE2 GLU 396 D GLU 396 1_555 O CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.001 ? metalc ? metalc33 D OE1 GLU 828 D GLU 828 1_555 N CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc34 D OE2 GLU 828 D GLU 828 1_555 N CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc35 D OE1 GLN 831 D GLN 831 1_555 N CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc36 D OD2 ASP 868 D ASP 868 1_555 N CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9B90 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 CA A 1 2001 2001 CA CA . F 2 CA A 1 2002 2002 CA CA . G 3 ATP A 1 2003 2004 ATP ATP . H 2 CA B 1 2001 2001 CA CA . I 2 CA B 1 2002 2002 CA CA . J 3 ATP B 1 2003 2004 ATP ATP . K 2 CA C 1 2001 2001 CA CA . L 2 CA C 1 2002 2002 CA CA . M 3 ATP C 1 2003 2004 ATP ATP . N 2 CA D 1 2001 2001 CA CA . O 2 CA D 1 2002 2002 CA CA . P 3 ATP D 1 2003 2004 ATP ATP . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 195.116 _atom_site.Cartn_y 153.899 _atom_site.Cartn_z 136.83 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 122.95 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 2001 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 87 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 122 _model_server_stats.query_time_ms 453 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #