data_9BDE # _model_server_result.job_id oosy152t2IUKG2-q8NXfEQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 15:11:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9bde # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":907}' # _entry.id 9BDE # _exptl.entry_id 9BDE _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9BDE _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9BDE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 L N N ? 8 M N N ? 8 N N N ? 8 O N N ? 8 P N N ? 8 Q N N ? 8 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 22 H CYS 22 1_555 A SG CYS 96 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 150 H CYS 150 1_555 A SG CYS 206 H CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 23 L CYS 23 1_555 C SG CYS 94 L CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 C SG CYS 139 L CYS 139 1_555 C SG CYS 199 L CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 22 N CYS 22 1_555 E SG CYS 96 N CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 F SG CYS 68 R CYS 68 1_555 F SG CYS 82 R CYS 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 F SG CYS 75 R CYS 75 1_555 F SG CYS 95 R CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf8 F SG CYS 89 R CYS 89 1_555 F SG CYS 104 R CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 F SG CYS 109 R CYS 109 1_555 F SG CYS 121 R CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 F SG CYS 116 R CYS 116 1_555 F SG CYS 134 R CYS 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf11 F SG CYS 128 R CYS 128 1_555 F SG CYS 143 R CYS 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 148 R CYS 148 1_555 F SG CYS 160 R CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf13 F SG CYS 155 R CYS 155 1_555 F SG CYS 173 R CYS 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf14 F SG CYS 167 R CYS 167 1_555 F SG CYS 184 R CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf15 F SG CYS 197 R CYS 197 1_555 F SG CYS 209 R CYS 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf16 F SG CYS 204 R CYS 204 1_555 F SG CYS 222 R CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf17 F SG CYS 216 R CYS 216 1_555 F SG CYS 231 R CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf18 F SG CYS 236 R CYS 236 1_555 F SG CYS 248 R CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf19 F SG CYS 243 R CYS 243 1_555 F SG CYS 261 R CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf20 F SG CYS 255 R CYS 255 1_555 F SG CYS 270 R CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf21 F SG CYS 276 R CYS 276 1_555 F SG CYS 289 R CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf22 F SG CYS 284 R CYS 284 1_555 F SG CYS 302 R CYS 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf23 F SG CYS 296 R CYS 296 1_555 F SG CYS 313 R CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf24 F SG CYS 318 R CYS 318 1_555 F SG CYS 329 R CYS 329 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf25 F SG CYS 325 R CYS 325 1_555 F SG CYS 338 R CYS 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf26 F SG CYS 340 R CYS 340 1_555 F SG CYS 352 R CYS 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? covale ? covale1 B ND2 ASN 2779 A ASN 2779 1_555 H C1 NAG . A NAG 4602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 3101 A ASN 3101 1_555 I C1 NAG . A NAG 4603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 3336 A ASN 3336 1_555 G C1 NAG . A NAG 4601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 3411 A ASN 3411 1_555 J C1 NAG . A NAG 4604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 3465 A ASN 3465 1_555 K C1 NAG . A NAG 4605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? metalc ? metalc1 F O TRP 87 R TRP 87 1_555 L CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc2 F OD1 ASP 90 R ASP 90 1_555 L CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? metalc ? metalc3 F OD2 ASP 90 R ASP 90 1_555 L CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc4 F O GLN 92 R GLN 92 1_555 L CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc5 F OD1 ASP 94 R ASP 94 1_555 L CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc6 F OE2 GLU 101 R GLU 101 1_555 L CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc7 F O PHE 126 R PHE 126 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc8 F OD1 ASP 129 R ASP 129 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc9 F O ASP 131 R ASP 131 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc10 F O ASP 139 R ASP 139 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc11 F OD1 ASP 139 R ASP 139 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? metalc ? metalc12 F OD2 ASP 139 R ASP 139 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc13 F OE2 GLU 140 R GLU 140 1_555 M CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc14 F O GLN 163 R GLN 163 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc15 F O LEU 164 R LEU 164 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc16 F O TRP 165 R TRP 165 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc17 F O ALA 166 R ALA 166 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc18 F OD1 ASP 168 R ASP 168 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc19 F OD1 ASP 170 R ASP 170 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? metalc ? metalc20 F OD2 ASP 170 R ASP 170 1_555 N CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.177 ? metalc ? metalc21 F O TRP 214 R TRP 214 1_555 O CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc22 F OD1 ASP 217 R ASP 217 1_555 O CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc23 F O GLY 219 R GLY 219 1_555 O CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc24 F OD2 ASP 227 R ASP 227 1_555 O CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc25 F OD1 ASP 256 R ASP 256 1_555 P CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc26 F O ASP 266 R ASP 266 1_555 P CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.173 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 267 R GLU 267 1_555 P CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc28 F OD1 ASN 297 R ASN 297 1_555 Q CA CA . R CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc29 F OD2 ASP 301 R ASP 301 1_555 Q CA CA . R CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? metalc ? metalc30 F OE2 GLU 308 R GLU 308 1_555 Q CA CA . R CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc31 F O GLY 314 R GLY 314 1_555 R CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.163 ? metalc ? metalc32 F OD1 ASP 331 R ASP 331 1_555 R CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc33 F OD2 ASP 331 R ASP 331 1_555 R CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc34 F O LEU 332 R LEU 332 1_555 R CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9BDE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 7 NAG A 1 4601 4574 NAG NAG . H 7 NAG A 1 4602 4576 NAG NAG . I 7 NAG A 1 4603 4578 NAG NAG . J 7 NAG A 1 4604 4579 NAG NAG . K 7 NAG A 1 4605 4580 NAG NAG . L 8 CA R 1 901 2 CA CA . M 8 CA R 1 902 3 CA CA . N 8 CA R 1 903 4 CA CA . O 8 CA R 1 904 5 CA CA . P 8 CA R 1 905 6 CA CA . Q 8 CA R 1 906 7 CA CA . R 8 CA R 1 907 8 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id R _atom_site.label_entity_id 8 _atom_site.Cartn_x 310.154 _atom_site.Cartn_y 205.439 _atom_site.Cartn_z 196.737 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 84.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 907 _atom_site.auth_asym_id R _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #