data_9BDT # _model_server_result.job_id g47ehwr7nJkLwjMw0NCW2w _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 15:14:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9bdt # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":901}' # _entry.id 9BDT # _exptl.entry_id 9BDT _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9BDT _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9BDT _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 9 M N N ? 9 N N N ? 9 O N N ? 9 P N N ? 9 Q N N ? 9 R N N ? 9 S N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 7 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 7 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 7 n H NAG 1 G 1 NAG A 4576 NAG 7 n H NAG 2 G 2 NAG A 4577 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 39 A CYS 39 1_555 A SG CYS 88 A CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 78 A CYS 78 1_555 A SG CYS 97 A CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 186 A CYS 186 1_555 A SG CYS 212 A CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 245 A CYS 245 1_555 A SG CYS 261 A CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 385 A CYS 385 1_555 A SG CYS 390 A CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 478 A CYS 478 1_555 A SG CYS 513 A CYS 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 966 A CYS 966 1_555 A SG CYS 976 A CYS 976 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 22 H CYS 22 1_555 B SG CYS 96 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 150 H CYS 150 1_555 B SG CYS 206 H CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 23 L CYS 23 1_555 C SG CYS 94 L CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 139 L CYS 139 1_555 C SG CYS 199 L CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 22 N CYS 22 1_555 F SG CYS 96 N CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf13 G SG CYS 68 R CYS 68 1_555 G SG CYS 82 R CYS 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf14 G SG CYS 75 R CYS 75 1_555 G SG CYS 95 R CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf15 G SG CYS 89 R CYS 89 1_555 G SG CYS 104 R CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf16 G SG CYS 109 R CYS 109 1_555 G SG CYS 121 R CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf17 G SG CYS 116 R CYS 116 1_555 G SG CYS 134 R CYS 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf18 G SG CYS 128 R CYS 128 1_555 G SG CYS 143 R CYS 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf19 G SG CYS 148 R CYS 148 1_555 G SG CYS 160 R CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf20 G SG CYS 155 R CYS 155 1_555 G SG CYS 173 R CYS 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf21 G SG CYS 167 R CYS 167 1_555 G SG CYS 184 R CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf22 G SG CYS 197 R CYS 197 1_555 G SG CYS 209 R CYS 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf23 G SG CYS 204 R CYS 204 1_555 G SG CYS 222 R CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf24 G SG CYS 216 R CYS 216 1_555 G SG CYS 231 R CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf25 G SG CYS 236 R CYS 236 1_555 G SG CYS 248 R CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf26 G SG CYS 243 R CYS 243 1_555 G SG CYS 261 R CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf27 G SG CYS 255 R CYS 255 1_555 G SG CYS 270 R CYS 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf28 G SG CYS 276 R CYS 276 1_555 G SG CYS 289 R CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf29 G SG CYS 284 R CYS 284 1_555 G SG CYS 302 R CYS 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf30 G SG CYS 296 R CYS 296 1_555 G SG CYS 313 R CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf31 G SG CYS 318 R CYS 318 1_555 G SG CYS 329 R CYS 329 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf32 G SG CYS 325 R CYS 325 1_555 G SG CYS 338 R CYS 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf33 G SG CYS 340 R CYS 340 1_555 G SG CYS 352 R CYS 352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 185 A ASN 185 1_555 J C1 NAG . A NAG 4602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 3101 A ASN 3101 1_555 H C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 3358 A ASN 3358 1_555 I C1 NAG . A NAG 4601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 3411 A ASN 3411 1_555 L C1 NAG . A NAG 4604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 3465 A ASN 3465 1_555 K C1 NAG . A NAG 4603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale6 H O4 NAG . G NAG 1 1_555 H C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? metalc ? metalc1 G OD1 ASP 90 R ASP 90 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc2 G OD2 ASP 90 R ASP 90 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc3 G O GLN 92 R GLN 92 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc4 G OD1 ASP 94 R ASP 94 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc5 G OD2 ASP 94 R ASP 94 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc6 G OE1 GLU 101 R GLU 101 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.094 ? metalc ? metalc7 G OE2 GLU 101 R GLU 101 1_555 M CA CA . R CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc8 G O PHE 126 R PHE 126 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc9 G OD1 ASP 129 R ASP 129 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc10 G O ASP 131 R ASP 131 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc11 G O ASP 139 R ASP 139 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc12 G OD1 ASP 139 R ASP 139 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.989 ? metalc ? metalc13 G OD2 ASP 139 R ASP 139 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc14 G OE2 GLU 140 R GLU 140 1_555 N CA CA . R CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc15 G O TRP 165 R TRP 165 1_555 O CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc16 G O ALA 166 R ALA 166 1_555 O CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? metalc ? metalc17 G OD2 ASP 168 R ASP 168 1_555 O CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc18 G O ASP 170 R ASP 170 1_555 O CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc19 G OD1 ASP 170 R ASP 170 1_555 O CA CA . R CA 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc20 G O TRP 214 R TRP 214 1_555 P CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc21 G OD1 ASP 217 R ASP 217 1_555 P CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc22 G OD2 ASP 217 R ASP 217 1_555 P CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? metalc ? metalc23 G O GLY 219 R GLY 219 1_555 P CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc24 G OD2 ASP 227 R ASP 227 1_555 P CA CA . R CA 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc25 G OD1 ASP 256 R ASP 256 1_555 Q CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc26 G O ASP 266 R ASP 266 1_555 Q CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc27 G OD1 ASP 266 R ASP 266 1_555 Q CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.063 ? metalc ? metalc28 G OD2 ASP 266 R ASP 266 1_555 Q CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc29 G OE2 GLU 267 R GLU 267 1_555 Q CA CA . R CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc30 G O LYS 294 R LYS 294 1_555 S CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc31 G OD1 ASN 297 R ASN 297 1_555 S CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc32 G OD2 ASP 301 R ASP 301 1_555 S CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc33 G OD2 ASP 307 R ASP 307 1_555 S CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc34 G OE2 GLU 308 R GLU 308 1_555 S CA CA . R CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc35 G O GLY 314 R GLY 314 1_555 R CA CA . R CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc36 G OD1 ASP 331 R ASP 331 1_555 R CA CA . R CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc37 G O LEU 332 R LEU 332 1_555 R CA CA . R CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9BDT _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 8 NAG A 1 4601 4569 NAG NAG . J 8 NAG A 1 4602 4570 NAG NAG . K 8 NAG A 1 4603 4571 NAG NAG . L 8 NAG A 1 4604 4575 NAG NAG . M 9 CA R 1 901 2 CA CA . N 9 CA R 1 902 3 CA CA . O 9 CA R 1 903 4 CA CA . P 9 CA R 1 904 5 CA CA . Q 9 CA R 1 905 6 CA CA . R 9 CA R 1 906 1001 CA CA . S 9 CA R 1 907 1005 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 9 _atom_site.Cartn_x 408.281 _atom_site.Cartn_y 249.603 _atom_site.Cartn_z 282.415 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 138.36 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 901 _atom_site.auth_asym_id R _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 62 _model_server_stats.query_time_ms 298 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #